Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa."— Zapis prezentacji:

1 Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa

2 Podobieństwo między rodzicem a potomkiem ½ ½ R RP = ½

3 Podobieństwo pełnego rodzeństwa (FS full sibs ) 1 ½ ½ 0 R FS = ½ ½ 1 0 ½ ½ 0 1 ½ 0 ½ ½

4 Podobieństwo pół rodzeństwa (HS half sibs) ½ 0 R HS = ¼ 0 ½ ½ 0 0 ½

5 Co to jest inbred – kojarzenie FS F = 1 /

6 Co to jest inbred – kojarzenie HS F = 1 /

7 Podobieństwo pół rodzeństwa (inbred przodka) ½ ½ R HS = ½ ½ ½

8 Inbred – kojarzenie HS (przodek homozygotyczny) F = ¼

9 Inbred Miara wynikająca ze spokrewnienia (podobieństwa) gamet tworzących zygotę. Inbred to prawdopodobieństwo, że obydwie gamety na tym samym locus mają identyczne allele. Identyczne czyli stanowiące kopię allelu wspólnego przodka. Biorąc pod uwagę wiele loci – liczba informująca o homozygotyczności o wartości od 0 do

10 Model 1 locus AA Aa aa AAaa AAAa aaAa +x -x

11 Model jednego locus A 2 A 2 A 1 A 2 A 1 A 1 - a 0 d a P(A 1 )=p; P(A 2 )=q; p+q=

12 Średnia wartość populacji

13 Inbred w modelu jednego locus W populacji frekwencje genotypów AA, Aa, aa wynoszą p 2, 2pq i q 2. W populacji z kojarzeniami w pokrewieństwie genotypy homozygotyczne są częstsze, zatem frekwencja genotypów niech będzie p 2 + , 2pq-2  i q 2 + . Wartość  możemy wyznaczyć opierając się na definicji inbredu jako korelacji między gametami, zakładając wartość gamety z allelem A na poziomie 1, a gamety z allelem a równą

14 Inbred w modelu jednego locus Gameta żeńska oznaczona będzie przez X, a męska literą Y. Rozkład alleli w gamecie allelczęstość A pEX = EY = p a qD 2 X = D 2 Y = pq W wyniku kojarzenia dochodzi do połączenia gamet: gameta X gameta YXYczęstośćallel wartość A1 A1 1p 2 +  A1 a0 0pq -  a0 A1 0pq -  a0 a0 0q 2 + 

15 Inbred w modelu jednego locus EXY = 1 x (p 2 +  )+0 x (pq-  )+0 x (pq-  )+0 x (q 2 +  ) = p 2 +  COVXY = EXY – EX x EY = p 2 +  - p 2 =  w populacji zinbredowanej genotypczęstość AA p 2 +pqF Aa 2pq(1-F) aa q 2 +pqF

16 Depresja inbredowa ( ID ) w jednym locus dla wielu loci 0 AA aa a -a d

17 Rodowód uporządkowany zestaw przodków

18

19

20

21 Rodowód strzałkowy AB C E F H M N L

22 Współczynnik inbredu Gdzie: F A - współczynnik inbredu wspólnego przodka F Z – współczynnik inbredu osobnika Z n 1 (n 2 ) – liczba ścieżek między rodzicami osobnika Z (np. X Y) a wspólnym przodkiem

23 Współczynnik spokrewnienia Gdzie: F A - współczynnik inbredu wspólnego przodka F X (F Y ) – współczynnik inbredu osobnika X (Y) n 1 (n 2 ) – liczba ścieżek między osobnikiem X (Y) a wspólnym przodkiem

24 Relacja między współczynnikami inbredu i spokrewnienia Współczynnik inbredu jest połową spokrewnienia rodziców jeśli nie są oni zinbredowani

25 Rodowód strzałkowy AB C E F H P N L R AB = 0 R AE = ½ R CN = ¼

26 Rodowód strzałkowy AB C E F H P N L Ścieżki P N P L E N P L E B H N P L F B H N P L F B E N P L F A E N

27 Połowa wartości w kolumnach A oraz B Jeden plus połowa wartości na skrzyżo- waniu H oraz E

28 Średnie spokrewnienie osobników w stadzie

29 Współczynnik inbredu prawdopodobieństwo homozygotyczności w konsekwencji kojarzeń w pokrewieństwie Współczynnik kinship (wspólnego pochodzenia) dotyczy dwóch osobników i oznacza inbred hipotetycznego potomka Mean Kinship Średnia wsp. kinship osobnika ze wszystkimi innymi w populacji Mierzy podobieństwo osobnika do całej populacji

30 Udział założycieli Proporcja genów założycieli w genotypie osobnika

31 Udział założycieli

32 Unikalność Prawdopodobieństwo posiadania unikalnych dla populacji genów

33 Tempo wzrostu homozygotyczności

34 F t = 1 / 2 (1+F t-1 )F t = 1 / 4 (1+2F t-1 +F t-2 ) pokolenie samozapłodnieniekojarzenia FS ,50,25 30,750,375 40,8750,5 50,93750, ,968750, , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , Narastanie poziomu inbredu

35 przyrost inbredu na pokolenie jest funkcją efektywnej wielkości stada (populacji) wielkość inbredu w pokoleniu t w populacji o jednakowej efektywnej wielkości

36 Poziom inbredu w pokoleniach zależnie od Ne

37 Depresja inbredowa Różnica między średnią wartością cechy w populacji zinbredowanej i outbredowej Może być względna (względem populacji outbredowej)

38 Wyjaśnienie depresji inbredowej: dużo loci o małym efekcie albo mało loci o dużym efekcie

39 ocena depresji inbredowej dla przeżywalności S W przedziałowym szeregu rozdzielczym szacowana przeżywalność w populacji outbredowej bo F=0 2  1 letalny równoważnik genotypu szacowana przeżywalność w populacji inbredowej

40 Przykład dla okapi: e -0,48 = 0,619 Jeśli F=0,25 e -0,48-0,25  1,80 = 0,

41 Jeśli przeżywalność będzie zmienną o rozkładzie dwupunktowym Regresja logistyczna:. Analiza wariancji

42 Gatunek N Średni inbred % osobników o F>0 Lew azjatycki ( Panthera leo persica ) 151 0,19780,8 Koń Przewalskiego ( Equus przewalskii ) ,20795,7 Hipopotam karłowaty ( Choeropsis liberiensis ) 641 0,05725,9 Muntiak ( Muntiacus reevesi ) 136 0,11269,1 Jeleń ( Cervus eldi thamin ) 314 0,11051,6 Gaur ( Bos gaurus ) 518 0,14569,5 Żubr ( Bison bonasus ) ,24793,8 Gazela dorkas ( Gazella dorcas ) 184 0,11860,3 Gazela spekei ( Gazella spekei ) 164 0,16682,9 Poziom inbredu dla populacji w niewoli

43 gatunek cechaDepresja na 1% of F absolutnawzględna [%] bydłoWydajność mleka - 12 ; -19 kg Wydajność tłuszczu-0.84 kg0.51 trzodaWielkość miotu (dzień 0)-0.02 szt0.46 Wielkość miotu (wiek 5 m-cy) szt0.55 Masa ciała (5 m-cy) kg0.27 owceWydajność wełny-0.03 kg0.55 wysadność cm0.13 Masa ciała (1 rok) kg0. 37 kurynieśność-0.93 szt0.62 % wyklucia %0.64 Masa ciała kg0.50 Wielkość depresji inbredowej

44 Wpływ inbredu na śmiertelność młodych % śmiertelnościPLiczebność gatunekF=0F>0F=0F>0 kudu28,627,3 ns 1411 zebra25,940,0 ns 275 jeleń Dawida11,813,6 ns 1722 żyrafa21,460,0, słoń indyjski15,366,7, hipopotam karłowaty24,554,9, oryks0,1100,

45 Depresja inbredowa u wilka (Canis lupus) CechaN Wielkość depresji na 1 % inbredu Masa ciała w wieku 8 m-cy [kg] 48-0,232*** Długość życia [dni] ,78 Plenność samic [szt] 36-0,

46 rządgatunekWiek [dni] NDokładność oszacowania Koszt inbredu F=0.25 [%] torbaczeopos walabia naczelnelemur czarny lemur brązowy makak szympans gryzonieszczur akuczi drapieżnewilk grzywiasty tygrys sumatrzański ,3 nieparzystokopytne zebra parzystokopytnehipopotam karłowaty jeleń Dawida żyrafa kudu bongo gaur oryks gazela Spekes’a

47 Dziękuję, na dzisiaj wystarczy


Pobierz ppt "Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa."

Podobne prezentacje


Reklamy Google