Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa."— Zapis prezentacji:

1 Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa

2 Podobieństwo między rodzicem a potomkiem ½ ½ R RP = ½ 2015-10-292

3 Podobieństwo pełnego rodzeństwa (FS full sibs ) 1 ½ ½ 0 R FS = ½ ½ 1 0 ½ ½ 0 1 ½ 0 ½ ½ 1 2015-10-293

4 Podobieństwo pół rodzeństwa (HS half sibs) ½ 0 R HS = ¼ 0 ½ ½ 0 0 ½ 2015-10-294

5 Co to jest inbred – kojarzenie FS F = 1 / 4 2015-10-295

6 Co to jest inbred – kojarzenie HS F = 1 / 8 2015-10-296

7 Podobieństwo pół rodzeństwa (inbred przodka) ½ ½ R HS = ½ ½ ½ 2015-10-297

8 Inbred – kojarzenie HS (przodek homozygotyczny) F = ¼ 2015-10-298

9 Inbred Miara wynikająca ze spokrewnienia (podobieństwa) gamet tworzących zygotę. Inbred to prawdopodobieństwo, że obydwie gamety na tym samym locus mają identyczne allele. Identyczne czyli stanowiące kopię allelu wspólnego przodka. Biorąc pod uwagę wiele loci – liczba informująca o homozygotyczności o wartości od 0 do 1 2015-10-299

10 Model 1 locus AA Aa aa AAaa AAAa aaAa +x -x 0 2015-10-2910

11 Model jednego locus A 2 A 2 A 1 A 2 A 1 A 1 - a 0 d a P(A 1 )=p; P(A 2 )=q; p+q=1 2015-10-2911

12 Średnia wartość populacji 2015-10-2912

13 Inbred w modelu jednego locus W populacji frekwencje genotypów AA, Aa, aa wynoszą p 2, 2pq i q 2. W populacji z kojarzeniami w pokrewieństwie genotypy homozygotyczne są częstsze, zatem frekwencja genotypów niech będzie p 2 + , 2pq-2  i q 2 + . Wartość  możemy wyznaczyć opierając się na definicji inbredu jako korelacji między gametami, zakładając wartość gamety z allelem A na poziomie 1, a gamety z allelem a równą 0. 2015-10-2913

14 Inbred w modelu jednego locus Gameta żeńska oznaczona będzie przez X, a męska literą Y. Rozkład alleli w gamecie allelczęstość A pEX = EY = p a qD 2 X = D 2 Y = pq W wyniku kojarzenia dochodzi do połączenia gamet: gameta X gameta YXYczęstośćallel wartość A1 A1 1p 2 +  A1 a0 0pq -  a0 A1 0pq -  a0 a0 0q 2 +  2015-10-2914

15 Inbred w modelu jednego locus EXY = 1 x (p 2 +  )+0 x (pq-  )+0 x (pq-  )+0 x (q 2 +  ) = p 2 +  COVXY = EXY – EX x EY = p 2 +  - p 2 =  w populacji zinbredowanej genotypczęstość AA p 2 +pqF Aa 2pq(1-F) aa q 2 +pqF 2015-10-2915

16 Depresja inbredowa ( ID ) w jednym locus dla wielu loci 0 AA aa a -a d 2015-10-2916

17 Rodowód uporządkowany zestaw przodków 2015-10-2917

18 2015-10-2918

19 2015-10-2919

20 2015-10-2920

21 Rodowód strzałkowy AB C E F H M N L 2015-10-2921

22 Współczynnik inbredu Gdzie: F A - współczynnik inbredu wspólnego przodka F Z – współczynnik inbredu osobnika Z n 1 (n 2 ) – liczba ścieżek między rodzicami osobnika Z (np. X Y) a wspólnym przodkiem 2015-10-2922

23 Współczynnik spokrewnienia Gdzie: F A - współczynnik inbredu wspólnego przodka F X (F Y ) – współczynnik inbredu osobnika X (Y) n 1 (n 2 ) – liczba ścieżek między osobnikiem X (Y) a wspólnym przodkiem 2015-10-2923

24 Relacja między współczynnikami inbredu i spokrewnienia Współczynnik inbredu jest połową spokrewnienia rodziców jeśli nie są oni zinbredowani 2015-10-2924

25 Rodowód strzałkowy AB C E F H P N L R AB = 0 R AE = ½ R CN = ¼ 2015-10-2925

26 Rodowód strzałkowy AB C E F H P N L Ścieżki P N P L E N P L E B H N P L F B H N P L F B E N P L F A E N 2015-10-2926

27 Połowa wartości w kolumnach A oraz B Jeden plus połowa wartości na skrzyżo- waniu H oraz E 2015-10-2927

28 Średnie spokrewnienie osobników w stadzie 2015-10-2928

29 Współczynnik inbredu prawdopodobieństwo homozygotyczności w konsekwencji kojarzeń w pokrewieństwie Współczynnik kinship (wspólnego pochodzenia) dotyczy dwóch osobników i oznacza inbred hipotetycznego potomka Mean Kinship Średnia wsp. kinship osobnika ze wszystkimi innymi w populacji Mierzy podobieństwo osobnika do całej populacji 2015-10-2929

30 Udział założycieli Proporcja genów założycieli w genotypie osobnika 2015-10-2930

31 Udział założycieli 2015-10-2931

32 Unikalność Prawdopodobieństwo posiadania unikalnych dla populacji genów 2015-10-2932

33 Tempo wzrostu homozygotyczności 2015-10-2933

34 F t = 1 / 2 (1+F t-1 )F t = 1 / 4 (1+2F t-1 +F t-2 ) pokolenie samozapłodnieniekojarzenia FS 100 20,50,25 30,750,375 40,8750,5 50,93750,59375 60,968750,671875 70,9843750,734375 80,99218750,78515625 90,996093750,826171875 100,9980468750,859375 110,9990234380,886230469 120,9995117190,907958984 130,9997558590,925537109 140,999877930,939758301 150,9999389650,951263428 160,9999694820,960571289 170,9999847410,968101501 180,9999923710,974193573 190,9999961850,979122162 Narastanie poziomu inbredu 2015-10-2934

35 przyrost inbredu na pokolenie jest funkcją efektywnej wielkości stada (populacji) wielkość inbredu w pokoleniu t w populacji o jednakowej efektywnej wielkości 2015-10-2935

36 Poziom inbredu w pokoleniach zależnie od Ne 2015-10-2936

37 Depresja inbredowa Różnica między średnią wartością cechy w populacji zinbredowanej i outbredowej Może być względna (względem populacji outbredowej) 2015-10-2937

38 Wyjaśnienie depresji inbredowej: dużo loci o małym efekcie albo mało loci o dużym efekcie 2015-10-2938

39 ocena depresji inbredowej dla przeżywalności S W przedziałowym szeregu rozdzielczym szacowana przeżywalność w populacji outbredowej bo F=0 2  1 letalny równoważnik genotypu szacowana przeżywalność w populacji inbredowej 2015-10-2939

40 Przykład dla okapi: e -0,48 = 0,619 Jeśli F=0,25 e -0,48-0,25  1,80 = 0,395 2015-10-2940

41 Jeśli przeżywalność będzie zmienną o rozkładzie dwupunktowym Regresja logistyczna:. Analiza wariancji 2015-10-2941

42 Gatunek N Średni inbred % osobników o F>0 Lew azjatycki ( Panthera leo persica ) 151 0,19780,8 Koń Przewalskiego ( Equus przewalskii ) 1940 0,20795,7 Hipopotam karłowaty ( Choeropsis liberiensis ) 641 0,05725,9 Muntiak ( Muntiacus reevesi ) 136 0,11269,1 Jeleń ( Cervus eldi thamin ) 314 0,11051,6 Gaur ( Bos gaurus ) 518 0,14569,5 Żubr ( Bison bonasus ) 2878 0,24793,8 Gazela dorkas ( Gazella dorcas ) 184 0,11860,3 Gazela spekei ( Gazella spekei ) 164 0,16682,9 Poziom inbredu dla populacji w niewoli 2015-10-2942

43 gatunek cechaDepresja na 1% of F absolutnawzględna [%] bydłoWydajność mleka - 12 ; -19 kg0.32 - 0.5 Wydajność tłuszczu-0.84 kg0.51 trzodaWielkość miotu (dzień 0)-0.02 szt0.46 Wielkość miotu (wiek 5 m-cy)-0.044 szt0.55 Masa ciała (5 m-cy)-0.153 kg0.27 owceWydajność wełny-0.03 kg0.55 wysadność-0.012 cm0.13 Masa ciała (1 rok)-0.132 kg0. 37 kurynieśność-0.93 szt0.62 % wyklucia-0.436 %0.64 Masa ciała-0.001 kg0.50 Wielkość depresji inbredowej 2015-10-2943

44 Wpływ inbredu na śmiertelność młodych % śmiertelnościPLiczebność gatunekF=0F>0F=0F>0 kudu28,627,3 ns 1411 zebra25,940,0 ns 275 jeleń Dawida11,813,6 ns 1722 żyrafa21,460,0,107 145 słoń indyjski15,366,7,025 136 hipopotam karłowaty24,554,9,000 18451 oryks0,1100,000 375 2015-10-2944

45 Depresja inbredowa u wilka (Canis lupus) CechaN Wielkość depresji na 1 % inbredu Masa ciała w wieku 8 m-cy [kg] 48-0,232*** Długość życia [dni] 129-14,78 Plenność samic [szt] 36-0,027 2015-10-2945

46 rządgatunekWiek [dni] NDokładność oszacowania Koszt inbredu F=0.25 [%] torbaczeopos752510.8010 walabia180170.4734 naczelnelemur czarny180430.8750 lemur brązowy1801360.9490 makak1802370.567 szympans1802470.6723 gryzonieszczur45490.02-4 akuczi135360.1742 drapieżnewilk grzywiasty1803380.77-19 tygrys sumatrzański18042700,3 nieparzystokopytne zebra18050-32 parzystokopytnehipopotam karłowaty1804190.4533 jeleń Dawida180390.7415 żyrafa18019-43 kudu18025- bongo180740.74-15 gaur1801820.3612 oryks18081-69 gazela Spekes’a30640.9254 2015-10-2946

47 Dziękuję, na dzisiaj wystarczy 2015-10-2947


Pobierz ppt "Zarządzanie populacjami zwierząt Relacje między osobnikami w populacji – spokrewnienie i inbred Depresja inbredowa."

Podobne prezentacje


Reklamy Google