Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Mapowanie loci genów cech ilościowych 2007. Aby zmapować gen cechy ilościowej cecha powinna być uwarunkowa genem o dużym efekcie, jego locus to QTL musimy.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Mapowanie loci genów cech ilościowych 2007. Aby zmapować gen cechy ilościowej cecha powinna być uwarunkowa genem o dużym efekcie, jego locus to QTL musimy."— Zapis prezentacji:

1 Mapowanie loci genów cech ilościowych 2007

2 Aby zmapować gen cechy ilościowej cecha powinna być uwarunkowa genem o dużym efekcie, jego locus to QTL musimy znać mapę markerową, tzn. markery i odległości genetyczne między nimi konieczna jest nierównowaga gametyczna między QTL i najbliższym markerem w populacji należy zbadać genotypy markerowe zwierząt i fenotypy (np. przyrost dzienny)

3 ABCDE abcde ABcde abCDE qq Qq QQ Poligeniczny i mieszany model dziedziczenia cechy ilościowej poligeny poligeny + gen o dużym efekcie

4 Mapy markerowe To zestawy markerów zebranych w grupy sprzężeniowe i przypisane do konkretnych chromosomów 120 cM 0 cM 50 cM Pozycja markerów musi być znana. Mikrosatelity to bardzo dobre markery do mapowania wstępnego. Dokładne mapowanie w oparciu o SNP markery o znanych pozycjach

5 Częstość rekombinacji r = 2 / (4 50) = 0,01

6 Rekonbinacje a crossing over Rekombinacje obserwujemy tylko przy nieparzystej liczbie crossing over między dwoma loci.

7 Odległość genetyczna ABC x AC = x AB + x BC r AC r AB + r BC Częstość rekombinacji NIE jest addytywna ! Częstość rekombinacji należy przeliczyć na częstość crossing over. Zastosuj funkcję mapową. chromosom markery

8 Funkcja mapowa Kosambiego x = 25 ln[ (1+2 r) / (1-2 r) ] r = 0,5 [ (e 0,04x - 1) / (e 0,04x + 1)] x = liczba centimorganów r = częstość rekombinacji

9 Funkcje mapowe

10 Nierównowaga gametyczna Qq Mp Q p M +Dp q p M -D mp Q p m -Dp q p m +D QTL marker...gdy haplotypy występują w populacji w innych proporcjach niż wynika to z częstości genów

11 Nierównowaga gametyczna D t =D 0 (1-r) t NG utrzymuje się długo jeśli rekombinacja między genami zachodzi rzadko. pokolenie nierównowaga

12 Nierównowaga gametyczna Równowaga Grupy markerowe mają taką samą średnią fenotypową. ponieważ w każdej genotypy QTL są w tych samych proporcjach. Nierównowaga W grupie mm genotyp qq występuje bardzo często i obniża on średnią fenotypową w tej grupie.

13 F0 MM QQ mm qq F1 Mm Qq F2 MM QQ Qq qq Mm QQ Qq qq mm QQ Qq qq Doświadczenie F2 Pomiar fenotypów tylko w pokoleniu F2 Badanie genotypów we wszystkich 3 pokoleniach

14 Doświadczenie F2

15 L 1 = P( QQ | MM ) × f( y 1 | µ QQ, ) + P( Qq | MM ) × f( y 1 | µ Qq, ) + P( qq | MM ) × f( y 1 | µ qq, ) Świnia F2 o genotypie MM i fenotypie y 1 Wszystkie swinie F2 L = L 1 × L 2 × L 3 ×...

16 Doświadczenie F2 LR = -2ln[ maxLr / maxL] LOD LR/4,61 cM LOD MaxLr = maksymalna funkcja L przy braku QTL (np przy µ QQ = µ Qq = µ qq ) MaxL = maksymalna funkcja L przy QTL w danej pozycji Obliczenia powtarzamy dla każdej hipotetycznej pozycji QTL, np. co 5 cM 0120

17 Mapowanie przedziałowe P( QQ | AA BB ) = (1-r AQ ) 2 (1-r QB ) 2 / (1-r AB ) 2 P( Qq | AA BB ) = 2 r AQ r QB (1-r AQ ) (1-r QB ) / (1-r AB ) 2 P( qq | AA BB ) = r AQ 2 r QB 2 / (1-r AB ) 2 AB Hipotetyczna pozycja QTL x AQ =20cM r AQ =0,19 x QB =30cM r QB =0,27

18 Fałszywe QTL QTL1QTL2 Composite interval mapping Gdy model zakłada pojedynczy QTL, gdy faktycznie są dwa lub więcej, wyniki mogą być fałszywe. W composite interval mapping zmieniamy sposób obliczeń by obejść ten problem. Zwykłe mapowanie przedziałowe


Pobierz ppt "Mapowanie loci genów cech ilościowych 2007. Aby zmapować gen cechy ilościowej cecha powinna być uwarunkowa genem o dużym efekcie, jego locus to QTL musimy."

Podobne prezentacje


Reklamy Google