Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2."— Zapis prezentacji:

1 Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2.

2 Co można wyczytać z sekwencji? 20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka 20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo.... Skład aminokwasów odpowiada za właściwości fizyczne białka

3 Aminokwasy hydrofobowe/niepolarne A V L I P Y F W M C AlaValLeuIlePro TyrPheTrpCys Met alifatyczne aromatyczne zawierające siarkę

4 Aminokwasy hydrofilowe/polarne N Q S T K R H D E N, AsnQ, GlnS, SerT, ThrK, Lys R, ArgH, His D, AspE, Glu naładowane (+) naładowane (-)

5 Diagram Venna Specyficzne własności reszt aminokwasowych decydują o strukturze i aktywności biologicznej białek.

6 cechy: hydrofobowe/hydrofilowe alifatyczne aromatyczne, oddziaływujące warstwowo polarne-neutralne polarne naładowane dodatnio/ujemnie kwasowe, zasadowe C-β rozgałęzione małe/duże zawierające siarkę tworzące wiązania wodorowe wzmacniacze/łamacze struktur masa stała dysocjacji współczynnik ekstyncji średnia objętość w strukturze natywnej średnia liczba cząsteczek wody masa stała dysocjacji współczynnik ekstyncji średnia objętość w strukturze natywnej średnia liczba cząsteczek wody

7 M = V r = 67 Å 3 (0.067nm 3 ) v r = 0.74 cm 3 /g h r = 1 (mol/mol)...w liczbach Ala, A His, H M = V r = 118 Å 3 (0.118 nm 3 ) v r = 0.67 cm 3 /g h r = 4 (mol/mol) pK a =6.2 ε = 5860 λ max = 211.nm

8 Proste dodawanie masa objętość całkowita objętość właściwa stopień hydratacji

9 Lizozym (białko jaja kurzego) M w masa = Da V objętość całkowita = Å 3 v 2 objętość właściwa = cm 3 /g h r stopień hydratacji = 270 mol/mol >6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCE KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGS TDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVS DGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL >6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCE KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGS TDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVS DGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

10 Molowy współczynnik absorpcji absorpcja Tyr, Trp i Cys nie różni się znacząco w różnych roztworach białka nie zawierają innych chromoforów w UV (model Edelhocha, roztwór denaturujący:6M Gdn-HCl ) λ=280 nmε MTyr = 1280 ε MTrp = 5690 ε MCys = 180 ε MCys-Cys = 120 ε MGdn = (N Tyr ) ε MTyr + (N Trp ) ε MTrp + (N Cys ) ε MCys

11 Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym) λ=280 nm ε MGdn = (M -1 cm -1 ) (kalulator) ε MGdn = (M -1 cm -1 ) (literatura) (N Tyr )=3 (N Trp )=6 (N Tyr ) =4

12 Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym w roztworze natywnym) λ=280 nm Prawo Beera: A Gdn =ε MGdn lc MGdn A nativ =ε M lc M l = 1cm c M = c MGdn ε M = A nativ /A Gdn ε MGdn ε M = M -1 cm -1 ε = 2.65 cm -2 g -1 c M na 1OD 280 = 2.6 ×10 -5 M c na 1OD 280 = gcm -3

13 pH punktu izoelektrycznego i ładunek ładunek dodatni pK ai : Arg 12.48Lys 10.53His6.00 ładunek ujemny pK aj : Asp 3.86 Glu 4.25Tyr 10.07Cys 8.33 pI = pH(net Charge =0) N i – suma Arg, Lys i His, N j – suma Asp, Glu, Tyr, Cys

14 Krzywa miareczkowania Lizozym: pI max ładunek dodatni: 9 max ładunek ujemny: 20

15 Zadanie: znaleźć sekwencję: kurzej owalbuminy (ovalbumin chicken) BSA (bovine serum albumin) obliczyć: masę cząsteczek pH punktu izoelektrycznego współczynnik ekstynkcji

16

17 Masa: Cohn & Edsal, Proteins, Amino Acids and Peptides, Reinhold, New York (1943) Objętość: Creighton, Proteins Structure and Molecular Properties, W. H. Freeman & Co., NY (1994), p.4 Objętość właściwa: Cohn & Edsal, ref. cited Hydratacja: Bigelow, J. Theoretical Biology 16, (1971) pKa grupy bocznej: Tanford, Adv. Protein Chem. 17, (1962) Współczynnki ekstynkcji:


Pobierz ppt "Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2."

Podobne prezentacje


Reklamy Google