Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Fenotyp zwierząt: bez miary, wagi i ultrasonografu Maciej Szydłowski 2007.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Fenotyp zwierząt: bez miary, wagi i ultrasonografu Maciej Szydłowski 2007."— Zapis prezentacji:

1 Fenotyp zwierząt: bez miary, wagi i ultrasonografu Maciej Szydłowski 2007

2 Świat: 1-61 cech, średnio 31 Bezpośrednie mniejszość np. wydajność mleczna Pośrednie większość skorelowane ze zdrowiem, płodnością i kosztami utrzymania np. 16 cech typu i budowy Wykorzystanie fenotypów w hodowli: bydło mleczne Mark 2004 J Dairy Sci. 87:

3 Problemy oceny fenotypów Drogie w pomiarze: np. próbne udoje Pracochłonne w pomiarze: np. zawartość mięsa w tuszy Wymagają doświadczenia, np. cechy budowy

4 Problemy oceny fenotypów – c.d. Niektóre cechy mierzalne po śmierci lub pod koniec życia Cechy mierzone w różnych warunkach i przez różne osoby Brak standardów międzynarodowych utrudnia wymianę materiału hodowlanego

5 Ekspresja genów DNA Gen RNA Białko Poziom RNA różny dla różnych genów różny w poszczególnych tkankach

6 Mikromacierz Mikromacierz firmy Affymetrix Pozwala określić poziom ekspresji większości genów osobnika kura28 tys. genów bydło 23 tys. genów świnia 20 tys. genów pies20 tys. genów Uwaga! Ekspresja jest mierzona tylko w pewnym zakresie

7 Poziom RNA przypomina zwykłą cechę produkcyjną zmienny w czasie zmienny między osobnikami częściowo odziedziczalny

8 Regulator Gen RNA Autoregulacja Regulacja przez produkty odległych genów Regulacja lokalna Ekspresja Poziom RNA pojedynczego genu zależy od wielu genów. Białko DNA Genetyczna determinacja poziomu RNA

9 Genom (w 611 częściach) Liczba powiązań z ekspresją różnych genów Gorące miejsca regulacji poziomu RNA Większość części genomu reguluje ekspresję kilku różnych RNA Genetyczna determinacja poziomu RNA Rockman i Kruglyak 2006 Nature Reviews Genetics 7:

10 Poziom RNA podlega wpływom środowiska Badania kanadyjskie: 100 jałówek 2 grupy: żywione normalnie i głodzone przez 24h Wynik: 66 genów o bardzo różnej ekspresji inhibitory i transport kwasów tłuszczowych odpowiedź immunologiczna synteza cholesterolu Doelman i wsp JDS 90, sup 1: 85

11 cecha poligeniczna odziedziczalność: 0-100%, średnia 0,2 nieliczne geny główne wyjaśniają co najwyżej 25% zmienności obecność dominacji i epistazy zazwyczaj duży efekt środowiska Dixon i wsp Nature Genetics 39,10: Determinacja poziomu RNA

12 Poziom RNA ma związek z cechami produkcyjnymi Badania hiszpańskie: 370 wieprzków duroc po 5 knurach Tłuszcz śródmięśniowy, skład kwasów tłuszczowych w mięśniach Wynik: 1007 genów o ekspresji powiązanej z cechami otłuszczenia czynniki transkrypcyjne metabolizm tłuszczu dojrzewanie mRNA Canovas i wsp JAS 85, sup 1: 14 Także ważne w mapowaniu genów!

13 Profil ekspresji genów Zestaw obserwacji poziomu wielu tysięcy różnych sekwencji RNA osobnika Drążenie danych odkrywa w danych wzorce przydatne w predykcji Ważne cechy zwierzęcia Wykorzystanie ekspresji genów w hodowli Przewidywanie Etap 1 Etap 2

14 Porównanie Doskonalenie długowieczności krów Tradycyjna metoda 16 cech typu i budowy duży wpływ klasyfikatora pomiar wieku dorosłym Nowe podejście poziom różnych sekwencji RNA pomiar obiektywny pomiar już u cielęcia

15 Wykorzystanie ekspresji genów w hodowli Eliminacja potrzeby pomiaru wielu cech zmniejszenie kosztów obiektywizm oceny Wczesna ocena zwierząt zmniejszenie odstępu pokoleń buhajki-bracia mają różną ocenę Spokrewnienie na podstawie ekspresji genów zamiast rodowodu wszystkie osobniki będą spokrewnione zwiększenie dokładności oceny

16 Ominięcie wielu informacji nieistotnych część polimorfizmu DNA nie ma znaczenia (która?) Więcej informacji istotnych RNA matki pomiary można powtarzać (genotyp jest stały) Wykorzystanie sprawdzonych metod statystycznych oceny wartości hodowlanej na podstawie cech ciągłych Porównanie z selekcją na podstawie genomu Selekcja na podstawie genomu wykorzystuje informacje o polimorfizmie DNA zwierząt w całym obszarze genomu

17 Poziom RNA może odzwierciedlać zmienność liczby kopii regionów DNA Zmienność liczby kopii (CNV) duże fragmenty DNA (10 tys-5 mln pz) znanych ok fragmentów u człowieka liczba kopii 0-5 zamiast dwóch (od ojca i matki) fragmenty obejmują geny kształtujące system immunologiczny, rozwój mózgu i aktywność Niektóre choroby (np malaria) powiązane z CNV Poziom ekspresji RNA powiązany z: SNP 83,6% CVN 17,7% Porównanie z selekcją na podstawie genomu Stranger i wsp Science 9:

18 RNA może odzwierciedlać pewne mechanizmy epigenetyczne Doświadczenia szwedzkie kury Leghorn wykazały zmniejszoną umiejętność uczenia się i inną ekspresję genów w odpowiedzi na stres zmiana ta została przeniesiona następnemu pokoleniu Porównanie z selekcją na podstawie genomu Lindqvist i wsp PloS ONE

19 Hodowla zygot in vitro Mejoza in vitro Profil ekspresji genów Gamety Zapłodnienie in vitro Nowe kombinacje genów Selekcja Klonowanie Biorczynie Wizja przyszłości

20 Podsumowanie Mikromacierze dostarczają nową klasę cech ilościowych zwierząt (poziom RNA) Poziom RNA ma związek z cechami ważnymi dla hodowli Istnieje możliwość ich wykorzystania w selekcji pośredniej (to wymaga potwierdzenia) Czy profil RNA zarodka ma związek ze produkcyjnością, reprodukcją i zdrowiem osobnika dorosłego?


Pobierz ppt "Fenotyp zwierząt: bez miary, wagi i ultrasonografu Maciej Szydłowski 2007."

Podobne prezentacje


Reklamy Google