Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Współczynnik spokrewnienia addytywnego Metoda tabelaryczna.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Współczynnik spokrewnienia addytywnego Metoda tabelaryczna."— Zapis prezentacji:

1 Współczynnik spokrewnienia addytywnego Metoda tabelaryczna

2 Współczynnik spokrewnienia addytywnego  Kopie takich samych genów, które dwa osobniki odziedziczyły po wspólnym przodku, nazywamy genami identycznymi dzięki pochodzeniu, zaś podwojona frakcja tych genów stanowi współczynnik spokrewnienia addytywnego (a ij ).  W metodzie tej współczynniki spokrewnienia tworzą uporządkowaną tablicę liczb zwaną macierzą spokrewnień.

3  Rodowód tabelaryczny  Utworzenie listy wszystkich zwierząt w porządku chronologicznym Tworzenie macierzy spokrewnień F ED ACAB IDojciecmatka A-- B-- C-- DAB EAC FED Najstarsze Najmłodsze

4 1A. Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A B C D E F Każdemu osobnikowi, który nie posiada informacji o obojgu rodziców wpisujemy jedynki na przekątnej diagonalnej. Nad przekątną wpisujemy zera zakładając, że osobniki te nie są ze sobą spokrewnione. Przyjmuje się wtedy, że spokrewnienie pomiędzy osobnikiem a nim samym wynosi 1.

5 1B. Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A100 B10 C1 D E F Każdemu osobnikowi, który nie posiada informacji o obojgu rodziców wpisujemy jedynki na przekątnej diagonalnej. Nad przekątną wpisujemy zera zakładając, że osobniki te nie są ze sobą spokrewnione. Przyjmuje się wtedy, że spokrewnienie pomiędzy osobnikiem a nim samym wynosi 1.

6 2A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A100 B10 C1 D E F Osobnik i spokrewniony jest z osobnikiem j w wysokości równej średniej ze spokrewnień między nim (i) a rodzicami drugiego osobnika (j, rodzice p i q). i i j – osobniki dla których liczymy wsp. spokrewnienia (i – starszy, wcześniej w tabeli; j – młodszy, dalej w tabeli) p i q – rodzice osobnika j a ij =0,5(a ip + a iq )

7 2A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 C1 D E F Spokrewnienie osobnika D z osobnikiem A Rodzicami osobnika młodszego D są osobniki A i B, więc: a DA =0,5(a AA + a AB )=0,5(1+0)=0,5

8 2A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 C1 D E F Spokrewnienie osobnika E z osobnikiem A Rodzicami osobnika młodszego E są osobniki A i C, więc: a EA =0,5(a AA + a AC )=0,5(1+0)=0,5

9 2A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 0 C1 D E F Spokrewnienie osobnika E z osobnikiem B Rodzicami osobnika młodszego E są osobniki A i C, więc: a EB =0,5(a BA + a BC )=0,5(0+0)=0

10 2A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 00,25 C1 D E F Spokrewnienie osobnika F z osobnikiem B Rodzicami osobnika młodszego F są osobniki E i D, więc: a FB =0,5(a BE + a BD )=0,5(0+0,5)=0,25

11 3A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 00,25 C100,50,25 D E F Obliczamy element diagonalny dla osobnika D. Jest równy jedności plus wartość współczynnika inbredu dla tego zwierzęcia (połowa spokrewnienia pomiędzy rodzicami) i – osobnik dla którego liczymy wsp. spokrewnienia p i q – rodzice osobnika i a ii =1 + 0,5a pq

12 3A.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B10 00,25 C100,50,25 D1 E F Obliczamy element diagonalny dla osobnika D. a DD =1 + 0,5a AB =1+0 * 0=1

13 4.Tworzenie macierzy spokrewnień Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B010 00,25 C00100,50,25 D0,5 010,250,625 E0,50 0,2510,625 F0,50,25 0,625 1,125 Ponieważ macierz jest symetryczna uzupełniamy elementy poniżej przekątnej Obliczamy element diagonalny dla osobnika F. a FF =1 + 0,5 ED =1+0,5 * 0,25=1,125

14 5A.Współczynnik spokrewnienia w ujęciu klasycznym Aby z tak skonstruowanej macierzy spokrewnień obliczyć wsp. spokrewnienia w ujęciu klasycznym, należy podzielić spokrewnienie pomiędzy osobnikami a ij poprzez elementy leżące na przekątnej dla tych osobników a ii i a jj Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B010 00,25 C00100,50,25 D0,5 010,250,625 E0,50 0,2510,625 F0,50,25 0,625 1,125

15 5A.Współczynnik spokrewnienia w ujęciu klasycznym Obliczamy współczynnik spokrewnienia w ujęciu klasycznym dla osobników E i F Rodzice:-,- A-BA-CE-D IDABCDEF A1000,5 B010 00,25 C00100,50,25 D0,5 010,250,625 E0,50 0,2510,625 F0,50,25 0,625 1,125

16 Zadanie 1. YX BCBA DEEDED IDojciecmatka D-- E-- AD- BDE C-E XBA YBC

17 X AB ZJZS SS Zadanie 2.


Pobierz ppt "Współczynnik spokrewnienia addytywnego Metoda tabelaryczna."

Podobne prezentacje


Reklamy Google