Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Oddziaływanie ludzkiej topoizomerazy I z białkami Krzysztof Staroń styczeń 2006.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Oddziaływanie ludzkiej topoizomerazy I z białkami Krzysztof Staroń styczeń 2006."— Zapis prezentacji:

1 Oddziaływanie ludzkiej topoizomerazy I z białkami Krzysztof Staroń styczeń 2006

2 Problemy topologiczne dwuniciowego DNA C B A

3 Ludzkie topoizomerazy

4 Mechanizm relaksacji DNA przez topoizomerazę I (1)

5 Mechanizm relaksacji DNA przez topoizomerazę I (2)

6 Kamptotecyna Topotecan (Hycamtin®) Irinotecan(Camptosar®)

7 NT CRLKCT CapSubdomain III Struktura ludzkiej topoizomerazy I

8 Aktywności topoizomerazy I Kinazowa Relaksacyjna NT CRLKCT CapSubdomain III ASF/SF2 pBR322 CPT - + Nacinanie DNA

9 Splicing factor SFRS4 (SRp75) Splicing factor SFRS6 (SRp55) Splicing factor SFRS5 (SRp40) Splicing factor ASF/SF2 (SRp30a) Splicing factor SC35 (SRp30b) Splicing factor SFRS9 (SRp30c) P P P P P P P | | | | | | |...SYGRSRSRSRSRSRSRSRSNSR... Substraty aktywności kinazowej topoizomerazy I

10 A.Identyfikacja partnerów białkowych ludzkiej topoizomerazy I

11 Koimmunoprecypitacja MS analysis SDS-PAGE

12 Koimmunoprecypitacja NT CRLKCT CapSubdomain III Poliklonalne przeciwciała anty-topo I

13 Chromatografia powinowactwa MS analysis SDS-PAGE

14 NT CRLKCT CapSubdomain III Chromatografia powinowactwa SDS-PAGE HeLa nuclear extract resinGST M.W.

15 NT CRLKCT CapSubdomain III Identyfikacja partnerów topoizomerazy I Fibrillarin AAH19260 RNA processing N-acetylotransferase BAB13995 Acetylation B23 nucleophosmin CAA34809 Ribosome biogenesis DNA-PK A57099 Transcription, DNA repair DEAH 68 protein A RNA metabolism H1d NP_ Chromatin structure H1X NP_ Chromatin structure hnRNP A1 P09651 RNA metabolism hnRNP A2/B1 NP_ RNA metabolism hnRNP C NP_ RNA metabolism hnRNP R NP_ RNA metabolism hnRNP U S22765 RNA metabolism Hu R NP_ RNA metabolism Ki-67 P46013 Proliferation NDH II Q08211 RNA metabolism Nopp140 P41777 Nucleologenesis nucleolin NP_ Ribosome biogenesis p120 AAA36398 Proliferation PARP-1 P09874 DNA repair RH II/Gu AAF78930 RNA metabolism RH p72 Q92841 RNA metabolism SF2/ASF Q07955 RNA splicing TCOF1 AAH27252 Ribosome biogenesis Topo II A40493 Topology control U2snRNP A' NP_ RNA splicing U5snRNP 100 AAB87902 RNA splicing U5snRNP 116 Q15029 RNA splicing U5snRNP 200 NP_ RNA splicing U5snRNP 220 NP_ RNA splicing B23 nucleophosmin CAA34809 Ribosome biogenesis DEAH 68 protein A RNA metabolism H1d NP_ Chromatin structure H1X NP_ Chromatin structure hnRNP A1 P09651 RNA metabolism hnRNP A2/B1 NP_ RNA metabolism hnRNP A3 AAQ63629 RNA metabolism hnRNP C NP_ RNA metabolism hnRNP K P61978 RNA metabolism hnRNP L P14866 RNA metabolism hnRNP R NP_ RNA metabolism hnRNP U S22765 RNA metabolism Hu R NP_ RNA metabolism NDH II Q08211 RNA metabolism nucleolin NP_ Ribosome biogenesis p54 nrb Q15233 RNA splicing PARP-1 P09874 DNA repair PSF CAA50283 RNA splicing RH II/Gu AAF78930 RNA metabolism RH p72 Q92841 RNA metabolism SF2/ASF Q07955 RNA splicing SF3b130 NP_ RNA splicing SF3b155 NP_ RNA splicing Topo II A40493 Topology control

16 Białka oddziałujące z topoizomerazą I zidentyfikowane we wcześniejszych pracach Znalezione w tej pracy: H1d H1x nucleolin PARP-1 PSF p54 nrb SF2/ASF fibrillarin Nieznalezione w tej pracy: ARF CK2 PCNA RNA polymerase II TBP topors WRN p53

17 PARP-1 hnRNP A3 nucleolin fibrillarin RHp72 (DDX17) RHp68 (DDX5) RHII/Gu (DDX21) hnRNP U B23 H1d H1x hnRNP A1 hnRNP C hnRNP K hnRNP L hnRNP A2/B1 Hu R hnRNP R PSF DNA-PKcs NDHII (DDX9) Topo II SF2/ASF p54 nrb U5snRNP 116 U5snRNP 100 U5snRNP 200 U5snRNP 220 SF3B 155 SF3B 130 U2snRNP A Ki 67 Nopp 140 TCOF 1 p120 N-acetylotranferase Wzajemne oddziaływania między białkami wiążącymi się do topoizomerazy I (baza HPRD)

18 Splicing and RNA metabolism Ribosome biogenesis and nucleologenesis DNA repair Proliferation Chromatin structure Other Funkcje białek wiążących się do topoizomerazy I

19 B. Białka wiążące się do rejonu cap Cap

20 B23 nucleophosmin H1X hnRNP A1 hnRNP A2/B1 hnRNP A3 hnRNP C hnRNP K hnRNP L hnRNP R hnRNP U Hu R NDH II nucleolin PARP-1 p54 nrb PSF RH II/Gu RHp68 RH p72 SF2/ASF SF3b130 SF3b155 Topo II Białka wiążące się do rejonu cap i posiadające tandem domen RRM Cap

21 Domena RRM Wiązanie RNA Wiązanie białek UHM Cap

22 Białko SF2/ASF DGPRSPSYGRSRSRSRSRSRSRSRSNSRSRSYSPRRSRGSPRYSPRHSRSRSRT Cap

23 NT CRLKCT CapSubdomain III ? Mapowanie miejsc wiązania białka SF2/ASF na topoizomerazie I Cap

24 Cap 1195 Mapowanie miejsc wiązania topoizomerazy I na białku SF2/ASF control Cap

25 Dokowanie białek z tandemem RRM na topoizomerazie I p54 nrb SF2/ASF Cap

26 Dokowanie SF2/ASF na topoizomerazie I bez DNA i w obecności DNA - DNA+ DNA Cap

27 Cap GST + DNA + DNA Konkurencja między tandemem RRM a DNA: wiązanie do cap

28 SF2/ASF + camptothecin- Odwracanie nacinania DNA przez SF2/ASF Cap

29 Konkurencja między tandemem RRM a DNA: hamowanie nacinania DNA w obecności kamptotecyny control Cap

30 Fosforylacja H Relaksacja Wzajemne hamowanie aktywności topoizomerazy I przez substraty obu reakcji Cap SF2/ASF + camptothecin- DNA CPT

31 Wybór białek do analizy Y2H hnRNP A1 hnRNP A2/B1 hnRNP A3 hnRNP L Hu R p54 nrb PSF SF2/ASF hnRNP R nucleolin Cap

32

33 C. Białka wiążące się do domeny N-końcowej 1215 NT

34 Phage display (PhD) DNA sequencing 1215 NT

35 KLWVIPQ KLWVLPK KLWQVFP KVWILTP KVWTIPR KVWYITP KVWDLRS KCCYIPT KGPPITR YVTREPR K [WC]xxP DNA-PK PhD dla domeny N-końcowej 1215 NT

36 1215 NT Indukcja apoptozy przez DNA-PK

37 1. Kowalska-Loth, B., Girstun, A., Piekiełko A., Staroń, K. (2002). SF2/ASF protein inhibits camptothecin-induced DNA cleavage by human topoisomerase I. Eur. J. Biochem. 269, Trzcińska, A.M., Girstun, A., Kowalska-Loth, B., Staroń, K. (2002) Potential protein partners for the N-terminal domain of human topoisomerase I revealed by phage display. Mol. Biol. Rep. 29, Czubaty, A., Girstu, A., Kowalska-Loth, B., Trzcińska, A.M., Purta, E., Winczura, A., Grajkowski, W., Staroń, K. (2005) Proteomic analysis of complexes formed by human topoisomerase I. Biochim. Biophys. Acta 1749, Kowalska-Loth, B., Girstun, A., Trzcińska, A.M., Piekieko-Witkowska, A., Staroń, K. (2005) SF2/ASF protein binds to the cap region of human topoisomerase I through two RRM domains. Biochem. Biophys. Res. Commun. 331,

38 Agnieszka Girstun, Alicja Czubaty, Krzysztof Staroń, Agata M. Trzcińska, Barbara Kowalska-Loth Wojciech Grajkowski, Aleksander Jamsheer, Agnieszka Piekiełko-Witkowska, Elżbieta Purta, Alicja Winczura oraz:


Pobierz ppt "Oddziaływanie ludzkiej topoizomerazy I z białkami Krzysztof Staroń styczeń 2006."

Podobne prezentacje


Reklamy Google