Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

RNA i transkrypcja u eukariontów. Rodzaje sekwencji w DNA (sekwencje kodujące w genomie człowieka – 0,015% (+niekodujące sekwencje regulatorowe – promotory/enhancery/izolatory)

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "RNA i transkrypcja u eukariontów. Rodzaje sekwencji w DNA (sekwencje kodujące w genomie człowieka – 0,015% (+niekodujące sekwencje regulatorowe – promotory/enhancery/izolatory)"— Zapis prezentacji:

1 RNA i transkrypcja u eukariontów

2 Rodzaje sekwencji w DNA (sekwencje kodujące w genomie człowieka – 0,015% (+niekodujące sekwencje regulatorowe – promotory/enhancery/izolatory) Kodujące Single copy genes

3 Rozmieszczenie sekwencji w chromosomach Konstytutywna heterochro- matyna

4 Rozproszone rodziny genowe Ludzkie geny globinowe typu α i β Ψ - pseudogeny ξ,ε,γ -globiny płodowe

5 Zwarte rodziny genowe a, b, c, d, e – krótkie sekwencje rozdzielajace poszczególne geny Geny kodujące histony w genomie Drosophila

6 Geny nieciągłe Zawartość genów nieciągłych: Drożdże – 5% (ale 26% wszystkich transkryptów) Rośliny i zwierzęta – większość genów ( 85%) Początek pierwszego eksonu (5 koniec mRNA) Kraniec ostatniego eksonu (3 koniec mRNA) Gen Dystrofiny (dystrofia mięśniowa Duchennea) – 75 intronów 2,5 mln pz.; Eksony – pz. (0,5% genu) Długość intronów: 31 pz (SV-40) – pz (Dystrofina) Sens biologiczny intronów? 60% genów ludzkich – alternatywny splicing

7 Transkrypcja w komórce eukariotycznej Transkrypt – kopia nici matrycowej DNA o sekwencji Identycznej z sekwencją nici kodującej DNA Trzy fazy transkrypcji: inicjacja, elongacja, terminacja Podstawowe elementy systemu transkrypcji: polimerazy RNA czynniki transkrypcyjne sekwencje regulatorowe w DNA

8 Bakteryjna polimeraza RNA Białko o masie ok.480 kd Cztery podjednostki: alfa (α), beta (β), beta (β) i sigma (δ); tylko pierwsze trzy niezbędne do aktywności enzymatycznej (rdzeń polimerazy) Czynnik sigma niezbędny dla wiązania RNA polimerazy do promotora; enzym ma ogólne powinowactwo do DNA, w obecności czynnika sigma wiąże się jednak wyłącznie do promotora.

9 Eukariotyczna Polimeraza RNA Cztery typy Mitochondrialna – 1 (u roślin także – chloroplastowa) Jądrowe: - 3 Typ Produkt Lokalizacja Budowa α-amanityna RNA Polymerase I rRNA jąderko Podjedn. Niewrażliwa RNA Polymerase II hnRNA nukleoplazma Podjedn. B. wrażliwa snRNA (splicing) RNA Polymerase III tRNA nukleoplazma Podjedn. Umiark. wrażliwa 5S rRNA Masa Pol II ponad 500 kd Dwie duże podjednostki; ok. 10 małych podjednostek; największa podjednostka: homologiczna do β', następna co do wielkości – do β. Dla wiązania się z DNA potrzeba wielu czynników nie należących do kompleksu polimerazy

10 Polimerazy RNA Homologi Homlogi Eukarionty Prokarionty

11 Transkrypcja u bakterii - inicjacja

12 Transkrypcja u bakterii - elongacja

13 Promotor u prokariontów

14 Sekwencje regulatorowe Pol II Eukarionty

15 Sekwencje regulatorowe Pol I i Pol III Pol I – promotor dwuskładnikowy Pol III – dwa typy promotorów -107 do do +20 Zewnętrzny (zawiera TATA) Wewnętrzny +55 do +80 5s rRNA snRNA

16 Składniki kompleksu transkrypcyjnego A) Ogólne Czynniki Transkrypcyjne (GTF) – takie same dla wszystkich genów transkrybowanych przez daną polimerazę RNA - wraz z polimerazą stanowią tzw. Podstawowy Aparat Transkrypcyjny, wiążą się do sekwencji w obrębie bliskiego promotora i miejsca startu transkrypcji. B) Aktywatory – Czynniki Transkrypcyjne (TF) oddziałujące bezpośrednio z DNA, wiążą się do sekwencji dalszego promotora i sekwencji w enhancerach. C) Koaktywatory i Korepresory – białka nie oddziałujące bezpośrednio z DNA, stanowią ogniwo pośrednie umożliwiające oddziaływania między TF związanymi z dalszym promotorem i enhancerami a Podstawowym Aparatem Transkrypcyjnym.

17 Porównanie inicjacji transkrypcji u pro- i eukariontów

18 Sekwencje w promotorze Pol II

19 Czynnik transkrypcyjny AP1 ma domenę z motywem suwaka leucynowego

20 Suwak leucynowy

21 Czynnik transkrypcyjny Sp1 ma domenę z motywem palców cynkowych

22 Motyw palców cynkowych

23 Czynniki transkrypcyjne z motywem H-T-H (Helix-Turn-Helix)

24 Oddziaływanie z DNA warunkuje interakcje

25 Inicjacja transkrypcji Pol II TFIID

26 Inicjacja transkrypcji Pol II- budowa TFIID TAF - TBP-Associated Factors TBP – TATA-Binding Protein GTF – General Transcription Factor

27 Działanie enhancerów

28 Drożdżowy system dwuhybrydowy

29 Enhancery działają na odległość

30 Funkcja i rozmieszczenie izolatorów

31 Komplikowanie się obrazu transkrypcji Pol II

32 Szczeble regulacji transkrypcji

33 Dodawanie czapeczki na 5 końcu transkryptu

34 Sekwencje rozpoznawane przez system splicingu

35 Mechanizm splicingu

36 Splicing alternatywny

37 Poliadenylacja 3 końca mRNA

38 Struktura 3 szpilki w mRNA histonów

39 NMD- Nonsense-Mediated Decay System degradacji nieprawidłowych mRNA, zawierających PTC (Premature Terminantion Codon) - przedwczesne kodony terminacyjne translacji Ścieżka NMD wywiera bezpośredni wpływ na setki zaburzeń genetycznych w populacji ludzkiej. ¼ wszystkich znanych mutacji u człowieka indukuje NMD


Pobierz ppt "RNA i transkrypcja u eukariontów. Rodzaje sekwencji w DNA (sekwencje kodujące w genomie człowieka – 0,015% (+niekodujące sekwencje regulatorowe – promotory/enhancery/izolatory)"

Podobne prezentacje


Reklamy Google