Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Wykład 5 Dynamika molekularna. Dynamika molekularna.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Wykład 5 Dynamika molekularna. Dynamika molekularna."— Zapis prezentacji:

1 Wykład 5 Dynamika molekularna

2 Dynamika molekularna

3 Alorytm Verleta:

4 Prędkościowy algorytm Verleta (velocity Verlet) Krok 1: Krok 2:

5 Algorytm zabiego skoku (leapfrog): Wszystkie trzy algorytmy są algorytmami symplektycznymi, tj, całkowita energia układu oscyluje wokół pewnej stałej wartości bliskiej początkowej energii całkowitej (inaczej: zachowują cień hamiltonianu (shadow Hamiltonian). Takiej właściwości nie mają wszystkie algorytmy dynamiki molekularnej (np. algorytm Geara). Algorytmy symplektyczne zaprojektowano również do symulacji MD w warunkach izokinetycznych (stała temperatura) oraz izotermiczno- izobarycznych (stała temperatura i ciśnienie).

6 Energia kinetyczna Energia potencjalna Energia całkowita Energia [kcal/mol] Czas [ns] Zależność składowych energii i energii całkowitej od czasu dla symulacji MD Ac-Ala 10 -NHMe (Khalili et al., J. Phys. Chem. B, 2005, 109, )

7 Sprzężenie z termostatem (metoda Berendsena) f – liczba stopni swobody (3n) – parametr sprzężenia t – krok czasowy E k – energia kinetyczna

8 Modele wody używane w symulacjach dynamiki molekularnej

9 Dynamika Langevina prawo Stokesa proces Wienera dynamika brownowska

10

11

12

13

14 Literatura dotycząca algorytmów całkowania równań dynamiki molekularnej: 1.Frenkel, D.; Smit, B. Understanding molecular simulations, Academic Press, 1996, rozdział 4. 2.Calvo, M. P.; Sanz-Serna, J. M. Numerical Hamiltonian Problems; Chapman & Hall: London, U. K., Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, Swope, W. C.; Andersen, H. C.; Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1982, 76, Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, Ciccotti, G.; Kalibaeva, G. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2004, 362, 1583.


Pobierz ppt "Wykład 5 Dynamika molekularna. Dynamika molekularna."

Podobne prezentacje


Reklamy Google