Każda cząsteczka mRNA ( messenger RNA, informacyjny RNA ) organizmów eukariotycznych i większości wirusów posiada na swoim końcu 5nietypową strukturę zwaną

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
ZJAWISKO FIZYCZNE A REAKCJA CHEMICZNA
Advertisements

Regulacja aktywności enzymów
Prezentacja na lekcję chemii
OGNIWA PALIWOWE.
Aktywność katalityczna enzymów
Aktywność katalityczna enzymów
Kwasy nukleinowe jako leki
1,3–DIPOLARNA CYKLOADDYCJA TLENKU MEZYTYLONITRYLU DO CHIRALNYCH OLEFIN
Wpływ per[2,3,6-tri-O-(2’-metoksy)etylo]-α-cyklodekstryny na katalityczną aktywność L-tryptofan indol liazy Praca magisterska wykonana w Pracowni Węglowodanów,
Uniwersytet Warszawski Pracownia Radiochemii
Kierownik i opiekun pracy: dr inż. J. Skupińska WSTĘP Reakcje karbonylowania nitrozwiązków są doskonałą alternatywą dla reakcji z zastosowaniem toksycznego.
Oddziaływanie pomiędzy modyfikowanymi cyklodekstrynami a L-tryptofan indol liazą. Praca magisterska wykonana w Pracowni Węglowodanów,
Pracownia Peptydów Wydziału Chemii UW Jarosław Stańczewski
Próba syntezy multimerycznej formy aktywnego analogu lamininy YIGSR
Zastosowanie programu SYBYL do wygładzania przybliżonych modeli białkowych SEKWENCJA AMINOKWASOWA MODELOWANIE METODĄ DYNAMIKI MONTE CARLO NA TRÓJWYMIAROWEJ.
Metoda ekspresji i oczyszczania białka eIF4E jako
Uniwersytet Warszawski
Uniwersytet Warszawski
Ogłoszenie Zamknięcie: dla nowych instrumentów, 6 marca 2003 (pierwszy etap); 26 czerwca, 2003 (drugi etap). Dla pozostałych, 10 kwiecień (jeden.
Alkohole Typ wody.
Aminy – właściwości fizyczne
Geny i genomy Biologia.
Metody obliczeniowe przewidywania interakcji białek z RNA
Podsumowanie – wykład 3 1. Technologia DNA
Sposoby łączenia się atomów w cząsteczki
BUDOWA I FUNKCJE UKŁADU ODDECHOWEGO
PODSUMOWANIE METOD KINETYCZNYCH
CHEMIA ORGANICZNA WYKŁAD 7.
ENZYMY.
„Wszystko powinno być wykonane tak prosto jak to możliwe, ale nie prościej.” Albert Einstein.
Kierunki przemian metabolicznych
CHEMIA ORGANICZNA WYKŁAD 4.
KWAS SIARKOWY (VI).
PRACOWNIA FIZYKOCHEMICZNYCH PODSTAW TECHNOLOGII CHEMICZNEJ
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski informatyka +
Aldehydy.
POLIMERAZY RNA Biorą udział w syntezie RNA na matrycy DNA- transkrypcji Początek i koniec transkrypcji regulują sekwencje DNA i wiążące się do nich białka.
Co to jest mol?.
Regulacja ekspresji genu
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski informatyka +
Materiał edukacyjny wytworzony w ramach projektu „Scholaris - portal wiedzy dla nauczycieli” współfinansowanego przez Unię Europejską w ramach Europejskiego.
Autorzy: Beata i Jacek Świerkoccy
OLIGONUKLEOTYDY ANTYSENSOWNE (ASO)
CHEMIA ORGANICZNA WYKŁAD 5.
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski informatyka +
Znaczenie końca 3’ mRNA w regulacji translacji – rola białka CPEB
Estry kwasów karboksylowych
SubstanCje O znaczeNiu biologIcznym- Białka
   BARBARA KUKUŁA PRÓBY OPRACOWANIA NOWEJ METODY SYNTEZY KOMPLEKSÓW MIEDZI(II) Z ALKOHOLAMI DIAZOLOWYMI.
EKSPERYMENTY I OBSERWACJE NA LEKCJACH BIOLOGII I PRZYRODY
Biotechnologia a medycyna
Amidy kwasów karboksylowych i mocznik
Typy reakcji w chemii organicznej
2.22. Procesy i zasady kodowania informacji genetycznej
Otrzymywanie fenolu metod ą kumenow ą Literatura [1] R. Bogoczek, E. Kociołek-Balawejder, „Technologia chemiczna organiczna. Surowce i półprodukty”, wyd.
Cykloalkany Budowa, Szereg homologiczny,
NUKLEOZYDY I NUKLEOTYDY BUDOWA I ROLA ATP I NAD+ KWASY NUKLEINOWE
Opracowali: Aleks i Kordian. Alkohole od strony chemii:  Alkohole są pochodnymi węglowodorów, które mają w cząsteczkach grupę funkcyjną –OH, zwaną grupą.
1.22. Odczytywanie informacji genetycznej – przepis na białko
Wydział Chemiczny, Politechnika Warszawska Edyta Molga, Arleta Madej, Anna Łuczak, Sylwia Dudek Opiekun grupy: dr hab. inż. Wanda Ziemkowska Charakterystyka.
Otrzymywanie kwasu asparaginowego jako surowca dla przemysłu farmaceutycznego w skali t/rok. Tomasz Jaskulski, Wiktor Kosiński, Mariusz Krajewski.
KOD GENETYCZNY I JEGO CECHY
Informacja komórki krótka wersja
Szybkość reakcji i rzędowość reakcji
Informacja komórki.
Halogenki kwasowe – pochodne kwasów karboksylowych
Biosynteza białka-translacja
Estry kwasów nieorganicznych
Mechanizmy reakcji organicznych
Chemia w kuchni Julia Mroszczyk kl. Ia.
Zapis prezentacji:

Każda cząsteczka mRNA ( messenger RNA, informacyjny RNA ) organizmów eukariotycznych i większości wirusów posiada na swoim końcu 5nietypową strukturę zwaną kapem. Składa się ona z 7- metyloguanozyny połączonej wiązaniem 5, 5 – trifosforanowym z kolejnym nukleozydem, co jest zapisywane skrótowo jako MMG-kap (monometyloguanozyno kap ). Główną funkcją pełnioną przez kap jest jego udział w procesie inicjacji translacji. Cząsteczka mRNA zostaje wprowadzona do maszynerii translacyjnej poprzez oddziaływanie jej struktury kapu z białkowym faktorem inicjującym eIF4E. Oddziaływanie to jest etapem limitującym szybkość całego procesu biosyntezy białka. NPE - 2-(4-nitrophenyl)ethanol DBU - 1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene DIAD - diisopropyl azodicarboxylate Cel pracy magisterskiej : opracowanie i zoptymalizowanie drogi syntetycznej prowadzącej do otrzymania N 2,N 2 dimetyloguanozyny optymalizacja warunków reakcji fosforylacji metodą Yoshikawy otrzymanie pięciu mononukleotydowych analogów TMG kapu zawierających w pozycji N7 dimetyloguanozyny różne podstawniki alkilowe (etylowy, n-propylowy, izopropylowy, n-butylowy oraz izobutylowy) Mechanizm wiązania MMG kapu z faktorem eIF4E został rozszyfrowany dzięki wieloletnim badaniom, w których wykorzystano całą gamę chemicznie zmodyfikowanych analogów kapu. U nicieni znaczna część cząsteczek mRNA posiada na swoim końcu 5 zamiast MMG kapu jego formę hipermetylowaną tzw. TMG kap (trimetyloguanozyno kap), zawierającą 7-metyloguanozynę z dwiema dodatkowymi grupami metylowymi w pozycji N 2. W organizmach tych wykryto, obok białka oddziałującego z MMG kapem, izoformy faktora eIF4E, które wiążą zarówno MMG jak i TMG kap. Do tej pory nie udało się niestety ustalić jak wygląda molekularny mechanizm oddziaływania tych białek z TMG kapem. Niewątpliwie, tak jak w przypadku badań nad oddziaływaniem eIF4E z MMG kapem, pomocne byłyby badania z wykorzystaniem różnie zmodyfikowanych analogów TMG kapu. Substratem wyjściowym do syntezy takich związków jest N 2,N 2 -dimetyloguanozyna (m 2 2,2 Guo), której otrzymywanie stwarza od lat problemy chemikom. Synteza N 2,N 2 dimetyloguanozyny Synteza N7 alkilopochodnych monofosforanu N 2,N 2 dimetyloguanozyny Uzyskane przeze mnie analogi mają w przyszłości posłużyć jako narzędzie do badań prowadzących do uzyskania odpowiedzi, czy i w jaki sposób, wielkość oraz rozgałęzienie podstawnika alkilowego w pozycji N7 dimetyloguanozyny wpływa na specyficzność oddziaływań struktury końca 5 mRNA z białkami rozpoznającymi kap. jodek alkilu ( RI ) czas reakcji / temp. wydajność jodek etylu 20h / RT57% 1-jodopropan 26h / RT45% 2-jodopropan 24h / 60 o C40% 1-jodobutan 48h / 60 o C30% 2-jodobutan 48h / 60 o C 18% Synteza 5monofosforanu N 2, N 2 -dimetyloguanozyny Syntezę N 2,N 2 dimetyloguanozyny przeprowadziłam wprowadzając grupę aminodimetylową w pozycję N2 układu purynowego drogą substytucji nukleofilowej. Do zabezpieczenia pozycji O6 guanozyny wykorzystałam reakcję Mitsunobu. Wielką zaletą tej reakcji jest jej uniwersalność i możliwość stosowania łagodnych warunków. Niestety, podobnie jak inni, napotykałam problemy z wyodrębnieniem produktu finalnego z mieszniny reakcyjnej. W celu wprowadzenia grupy fosforanowej w pozycję 5 m 2 2,2 Guo zastosowałam metodę fosforylacji przy użyciu trichlorku tlenku fosforu w fosforanie trimetylu. Manipulując czynnikiem temperaturowym oraz czasem prowadzenia reakcji udało mi się doprowadzić do osiągnięcia prawie 100% wydajności tej reakcji.