Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett."— Zapis prezentacji:

1 Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett

2 Kolekcja założona w roku 1995 w Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) część NIZP, a następnie NIL, w postaci: Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Mikrobiologii Molekularnej i Samodzielnej Pracowni Wirusologii (łącznie w praktyce ok. 20 pracowników naukowych, 3 techników, 5 osób personelu pomocniczego)

3 Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze MIKROBANK

4 Znaczenie kolekcji Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki

5 Szczególny charakter, znaczenie i źródła różnorodności bakterii zgromadzonych w kolekcji

6 Podstawowe fakty (1) Kolekcja liczy blisko izolatów: Kolekcja liczy blisko izolatów: międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych

7 Podstawowe fakty (2) Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70 o C) utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70 o C) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych klimatyzację pomieszczenia zamrażarek klimatyzację pomieszczenia zamrażarek wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO 2 wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO 2 monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii

8 Podstawowe fakty (3) Wobec przychodzącego materiału: Wobec przychodzącego materiału: sprawdzana jest czystość miokrobiologiczna sprawdzana jest czystość miokrobiologiczna często potwierdzana jest przynależność gatunkowa często potwierdzana jest przynależność gatunkowa czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka metodami serologicznymi i wykorzystującymi analizę DNA (PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka metodami serologicznymi i wykorzystującymi analizę DNA (PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja)

9 Problemy (1) brak pracowników, których podstawowym zajęciem jest utrzymanie kolekcji brak pracowników, których podstawowym zajęciem jest utrzymanie kolekcji brak informatyka stale i na bieżąco współpracującego z pracownikami związanymi z kolekcją brak informatyka stale i na bieżąco współpracującego z pracownikami związanymi z kolekcją brak awaryjnej, pustej zamrażarki brak awaryjnej, pustej zamrażarki

10 Problemy (2) trudności z dostosowaniem struktury bazy danych do rzeczywistej różnorodności napływającego materiału trudności z dostosowaniem struktury bazy danych do rzeczywistej różnorodności napływającego materiału skłonność pracowników do chomikowania swoich danych – umieszczanie i analiza szczegółowych danych w rozproszonych plikach Excela skłonność pracowników do chomikowania swoich danych – umieszczanie i analiza szczegółowych danych w rozproszonych plikach Excela

11 Sukcesy i osiągnięcia (1) kolekcja istnieje już 11 lat kolekcja istnieje już 11 lat stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący pracownicy zespołu prowadzą pracownicy zespołu prowadzą Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów)

12 Sukcesy i osiągnięcia (2) wprowadzono dalsze zmiany w bazie danych kolekcji usprawniające wprowadzanie i analizę danych wprowadzono dalsze zmiany w bazie danych kolekcji usprawniające wprowadzanie i analizę danych dzięki finansowaniu KSIB mamy nowy komputer dedykowany do obsługi kolekcji, z monitorem ułatwiającym korzystanie z modułu półautomatycznego wprowadzania danych o minimalnych stężeniach hamujących (MIC) dzięki finansowaniu KSIB mamy nowy komputer dedykowany do obsługi kolekcji, z monitorem ułatwiającym korzystanie z modułu półautomatycznego wprowadzania danych o minimalnych stężeniach hamujących (MIC)

13 Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [1]

14 Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [2]

15 Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [3]

16 Sukcesy (3) w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o 2489 izolatach bakteryjnych w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o 2489 izolatach bakteryjnych liczba rekordów udostępnionych do GBIF nie jest może imponująca ale liczba rekordów udostępnionych do GBIF nie jest może imponująca ale znaczna ich liczba niesie wielki ładunek informacji (dane MLST) znaczna ich liczba niesie wielki ładunek informacji (dane MLST) nasze dane mają ogromny udział wśród ogółu danych o niektórych gatunkach bakterii dostępnych za pośrednictwem GBIF nasze dane mają ogromny udział wśród ogółu danych o niektórych gatunkach bakterii dostępnych za pośrednictwem GBIF kolekcja stanowi materialną podstawę dziesiątek publikacji w czasopismach z Listy Filadelfijskiej oraz doniesień zjazdowych kolekcja stanowi materialną podstawę dziesiątek publikacji w czasopismach z Listy Filadelfijskiej oraz doniesień zjazdowych

17

18

19 * * * * * * * * * * *

20

21

22 Istotne publikacje w roku 2006 i mające się ukazać w 2007 (1) Szczypa K, Sadowy E, Izdebski R, Strakova L, Hryniewicz W. Group A streptococci from invasive-disease episodes in Poland are remarkably divergent at the molecular level. J Clin Microbiol Nov;44(11): Epub 2006 Sep 6. Skoczynska A, Kadlubowski M, Wasko I, Hryniewicz W. Characterisation of Neisseria meningitidis C:2b:P1.2,5 isolates in Poland. Clin Microbiol Infect Oct;12(10): Fiett J, Baraniak A, Mrowka A, Fleischer M, Drulis-Kawa Z, Naumiuk L, Samet A, Hryniewicz W, Gniadkowski M. Molecular epidemiology of acquired-metallo-beta-lactamase- producing bacteria in Poland. Antimicrob Agents Chemother Mar;50(3): Skoczynska A, Kadlubowski M, Knap J, Szulc M, Janusz-Jurczyk M, Hryniewicz W. Invasive meningococcal disease associated with a very high case fatality rate in the North-West of Poland. FEMS Immunol Med Microbiol Mar;46(2): Sadowy E, Skoczynska A, Fiett J, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Multilocus sequence types, serotypes, and variants of the surface antigen PspA in Streptococcus pneumoniae isolates from meningitis patients in Poland. Clin Vaccine Immunol Jan;13(1):

23 Sadowy E, Izdebski R, Skoczynska A, Grzesiowski P, Gniadkowski M, Hryniewicz W Penicillin-nonsusceptibile Streptococcus pneumoniae in Poland – phenotypic and molecular analysis. Antimicrob Agents Chemother Jan; 16(1) Kawalec M, Pietras Z, Danilowicz E, Jakubczak A, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Willems RJ. Clonal structure of Enterococcus faecalis isolated from Polish hospitals: the characterization of epidemic clones. J Clin Microbiol Jan;45(1) Livermore DM, Canton R, Gniadkowski M, Nordmann P, Rossolini GM, Arlet G, Ayala J, Coque TM, Kern-Zdanowicz I, Luzzaro F, Poirel L, Woodford N. CTX-M: changing the face of ESBLs in Europe. J Antimicrob Chemother Luczak-Kadlubowska A, Krzyszton-Russjan J, Hryniewicz W. Characteristics of Staphylococcus aureus strains isolated in Poland in 1996 to 2004 that were deficient in species-specific proteins. J Clin Microbiol Nov;44(11): Epub 2006 Sep 27. Istotne publikacje w roku 2006 i mające się ukazać w 2007 (2)

24


Pobierz ppt "Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett."

Podobne prezentacje


Reklamy Google