Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Metody analizy zależności filogenetycznych. Metoda UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arthmatic Mean) d ij ABCDE B2 C44 D666 E6664 F88888 Macierz.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Metody analizy zależności filogenetycznych. Metoda UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arthmatic Mean) d ij ABCDE B2 C44 D666 E6664 F88888 Macierz."— Zapis prezentacji:

1 Metody analizy zależności filogenetycznych

2 Metoda UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arthmatic Mean) d ij ABCDE B2 C44 D666 E6664 F88888 Macierz odległości miedzy 6 OTU Wybieramy parę o najmniejszej odległości, czyli A i B (różnią się dwiema substytucjami) Punkt rozgałęzienia sytuujemy w odległości równej d AB /2, czyli 1substytucja A B 1 1

3 Kalkulacja nowej macierzy odległości (traktujemy parę AB jako osobny OTU stanowiący całość): Drugi cykl : Znajdujemy nową parę o najmniejszej odległości (DE) d ij ABCDE C4 D66 E664 F8888 D E 2 2 d ij ABCDE C4 66 F888

4 Trzecia iteracja Czwarta iteracja A B 1 1 C 1 2 d ij AB,CDE 6 F88 A B 1 1 C 1 2 D E d ij ABC, DE F8

5 Ostatni krok-przyłączanie OTU F i ukorzenianie drzewa A B 1 1 C 1 2 D E F 4 1 ROOT Midpoint rooting – teoretyczny wspólny przodek powinien być równoodległy od wszystkich OTU, czyli ; d(ABCDE,F)/2 = 8/2 =4

6 Założenia i ograniczenia metody UPGMA Jednakowe tempo mutacji wzdłuż wszystkich gałęzi drzewa Są spełnione założenia three point conditions; Dla każdych trzech taksonów A,B, C prawdziwy jest warunek że: d AC <=max(d AB,d BC ) Analiza skupień działa dobrze tylko jeżeli dane są ultrameryczne

7 Metoda NJ (Neighbor Joining) OTU – operational taxonomic unit Pair of neighbors- para sąsiadów – dwie jednostki taksonomiczne połączone jednym wewnętrznym węzłem na nieukorzenionym bifurkacyjnym drzewie filogenetycznym A B C D E F Para sąsiadów Względem węzła A 1,2,3 4 Para sąsiadów względem węzła B

8 Macierz odległości N OTU = 6 A,B,C,D,E,F Elementy macierzy (d ij ) -odległości między OTU liczone jako liczba różnic między każda parą dopasowanych sekwencji (np. liczba substytucji zaobserwowanych między sekwencja A i B) Net divergence- r i – suma odległości miedzy OTU i-tym a wszystkimi pozostałymi OTU Kalkulacja nowej macierzy odległości wg formuły: d ij ABCDE B5 C47 D7107 E6965 F R(X)

9 Nowa macierz odległości M ij ABCDE B -13 C D E F Drzewko wyjściowe- star tree A B C D E F 1 wspólny węzeł Wybieramy 1 z dwóch par o minimalnej wartości Mij

10 Dodawanie węzła UCDE C3 D67 E565 F7898 A B C D E F U S AU Kalkulujemy odległości między węzłem U a pozostałymi OUTu

11 Iteracja powtórzenie całej procedury dla N OTU =N-1=5 i macierzy odległości ; Liczymy r(X) i nową macierz M ij wyznaczamy parę OTU o minimalnej wartości M ij wstawiamy kolejny węzeł W UCDE C3 D67 E565 F7898

12 Metoda FM (Fitch-Margoliash) ABC A-2239 B--41 C--- Algebraiczna kalkulacja długości gałęzi a+b=22 a+c=39 b+c=41 a=10 b-=12 c=29 c a b A B C

13 ABCDE A B-- 43 C D E----- ABCDE A B C---19 DE----

14 C DEABC sr D E ABC sr --- A B D E a b c e d f g średnia odległość między D i ABC= 32.7 =d+m, gdzie m=g+[(c+2f+a+b)/2] E i ABC = 34.7 = e + m 10=d+e układ trzech równań z trzema niewiadomymi – wyliczamy m, d i e ( )/3 ( )/3

15 SSQ suma kwadratów odchyleń Average percent standard deviation


Pobierz ppt "Metody analizy zależności filogenetycznych. Metoda UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arthmatic Mean) d ij ABCDE B2 C44 D666 E6664 F88888 Macierz."

Podobne prezentacje


Reklamy Google