Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

WPROWADZENIE rok akademicki 2013/2014 dr Jacek Śmietański Instytut Informatyki UJ 1 Jacek Śmietański,

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "WPROWADZENIE rok akademicki 2013/2014 dr Jacek Śmietański Instytut Informatyki UJ 1 Jacek Śmietański,"— Zapis prezentacji:

1 WPROWADZENIE rok akademicki 2013/2014 dr Jacek Śmietański Instytut Informatyki UJ 1 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

2 Termin 2 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Piątki, godz – sala 1073 / 1074

3 Tematyka 3 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Wiodącym tematem w tym semestrze będą interakcje białko-białko oraz RNA-białko. Wiodący temat nr. 2: sieci HTM i ich wykorzystanie w diagnostyce medycznej. Wskazanej tematyki będą dotyczyły propozycje artykułów do zreferowania. Niezależnie od powyższego, każdy może zaproponować swój własny temat z dowolnego obszaru, mający związek z bioinformatyką.

4 BIAŁKA, RNA i INTERAKCJE 4 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

5 Przepływ informacji 5 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

6 Białka 6 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Podstawowy rodzaj cząstek występujących z organizmach żywych: - budują szkielet organizmu - pełnią przeróżne funkcje

7 Białka - budowa 7 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ H 3 N + -Gly-Ile-Val-Cys-Glu-Gln Thr-Leu-His-Lys-Asn-COO - N-terminus C-terminus

8 Białka – poziomy organizacji 8 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Poziomy przestrzennej organizacji białek: I rzędowa – sekwencja aminokwasów II rzędowa – struktura α-helisy i β-kartki III rzędowa – zwinięty łańcuch polipeptydowy IV rzędowa – połączone wszystkie podjednostki białka

9 Białka – wizualizacja struktur 9 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

10 RNA 10 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Rodzaj kwasu nukleinowego: - kluczowy pośrednik pomiędzy informacją genetyczną a białkiem - niektóre rodzaje pełnią inne ważne funkcje w organizmie

11 Rodzaje RNA 11 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ mRNA – matrycowy (informacyjny) tRNA – transportujący rRNA – rybosomowy niskocząsteczkowe RNA (np. miRNA, siRNA)

12 Struktura drugorzędowa RNA 12 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

13 Struktura drugorzędowa tRNA 13 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

14 Parowanie 14 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ -zwykle łańcuch jednoniciowy (mRNA) ale niektóre cząsteczki tworzą strukturę i biorą udział w funkcjach katalitycznych; -pary nie zawsze tworzone są zgodnie z zasadą komplementarności (choć pary C-G i A-U dominują; częste są też pary G-U).

15 Obszary parowania 15 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

16 Typy par 16 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

17 Metody przewidywania struktur drugorzędowych RNA 17 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ 1.ab initio 2.porównawcze

18 Interakcje białko-białko 18 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

19 Interakcje białko-RNA 19 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ 4KJI 4JNG

20 BAZY DANYCH 20 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

21 PDB (Protein data Bank) – baza struktur białkowych 21 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

22 Propozycja referatu (1) 22 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Protein Data Bank Przedstawienie zawartości i funkcjonalności bazy PDB. M.in. statystyki; opcje filtracji i wyszukiwania; wyświetlane informacje; wizualizacja struktur. Szczególną uwagę proszę zwrócić na sposób zapisu informacji w formacie PDB, zwłaszcza w kontekście możliwości automatycznego parsowania i przetwarzania dostępnych informacji. Źródła wiedzy: baza PDB, powiązane artykuły, dokumentacja formatu:

23 Propozycja referatu (2) 23 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Automatyczne przetwarzanie informacji zgromadzonych w bazie PDB Temat na pracę magisterską. Problem: pliki typu PDB posiadają istotne ograniczenia; ponadto informacje w nich zawarte często są niespójne i niekompletne Cel: identyfikacja i eliminacja problemu niespójności danych Rozwiązanie: ? Źródła wiedzy: baza PDB, artykuły naukowe Cel referatu: przedstawienie problemu w szerszym kontekście; ew. próby jego rozwiązania.

24 Propozycja referatu (3) 24 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Bazy danych interakcji białko-białko Przedstawienie i omówienie baz danych zawierających informacje o interakcjach białko-białko. W szczególności baza STRING

25 Propozycja referatu (4) 25 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Bazy danych interakcji białko-RNA Przedstawienie i omówienie baz danych zawierających informacje o interakcjach białko-RNA W szczególności baza RPISeq

26 Inne 26 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ UniProt/SwissProt PISA

27 INTERAKCJE: ALGORYTMY 27 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

28 Propozycja referatu (5-...) 28 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Metody przewidywania interakcji białko-białko i RNA-białko

29 HTM 29 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ

30 Propozycja referatu (xx) 30 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Hierarchical Temporal Memory

31 Zasady zaliczenia 31 Jacek Śmietański, Kraków 2013Instytut Informatyki UJ Warunki konieczne: 1. Przygotowanie i wygłoszenie referatu 2. Obecność i aktywność na zajęciach (dopuszczalne 3 nieobecności) Domyślna ocena 5.0. W przypadku większej liczby nieobecności bądź słabej jakości referatu, może zostać stosownie obniżona.


Pobierz ppt "WPROWADZENIE rok akademicki 2013/2014 dr Jacek Śmietański Instytut Informatyki UJ 1 Jacek Śmietański,"

Podobne prezentacje


Reklamy Google