Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Biologiczne bazy danych. Tablica PAM250 Tablica BLOSUM62.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Biologiczne bazy danych. Tablica PAM250 Tablica BLOSUM62."— Zapis prezentacji:

1 Biologiczne bazy danych

2 Tablica PAM250

3 Tablica BLOSUM62

4 Podstawowe bazy sekwencji European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. (http://www.ebi.ac.uk/) Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury. (http://www.rcsb.org/pdb/) National Center for Biotechnology Information (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) -- ogólne źródło informacji dotyczącej biologii molekularnej. Wiele baz danych, np. genom człowieka.(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

5 Podstawowe bazy sekwencji, c.d. SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/) -- baza białek wraz z opisami. (http://www.expasy.ch/sprot/) DNA Data Bank of Japan (http://www.ddbj.nig.ac.jp) -- analiza genomów, baza białek wraz z ich strukturą. (http://www.ddbj.nig.ac.jp)

6 Jest dużo innych baz w internecie... Clusters of Ortologous Groups of Proteins (COGs) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) -- klastry białek będących ortologami (podobne, ale z różnych gatunków). (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) Baza kompletnych genomów (http://www. genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)(http://www. genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)

7 Jak wyglądają rekordy w bazach danych? Hemoglobina: –w PDB (1HGA);PDB –w EBI (P01922);EBI –SWISSPROT (P01922).SWISSPROT

8 Eksperyment: hemoglobina (P01922) – poszukujemy podobnych w: Wirusy;Wirusy Archea;Archea Bakterie;Bakterie Eukarioty. (kilka organizmów)Eukariotyorganizmów

9 Wielokrotne uliniowienia Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz.proteaz Uliniowienie kilku białek hemoglobiny.hemoglobiny Uliniowienie globin (według bazy Pfam).globin

10 Porównanie hemoglobiny człowieka i... Szympansa ;Szympansa Goryla ;Goryla Myszy ;Myszy Szczura ;Szczura Muszki owocowej.Muszki owocowej


Pobierz ppt "Biologiczne bazy danych. Tablica PAM250 Tablica BLOSUM62."

Podobne prezentacje


Reklamy Google