Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Bioinformatyka II mgr Joanna Kasprzak. Organizacja zajęć Wykład: dr Iza Makałowska, prof. dr hab. Janusz Bujnicki Ćwiczenia: mgr Michał Szcześniak, mgr.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Bioinformatyka II mgr Joanna Kasprzak. Organizacja zajęć Wykład: dr Iza Makałowska, prof. dr hab. Janusz Bujnicki Ćwiczenia: mgr Michał Szcześniak, mgr."— Zapis prezentacji:

1 Bioinformatyka II mgr Joanna Kasprzak

2 Organizacja zajęć Wykład: dr Iza Makałowska, prof. dr hab. Janusz Bujnicki Ćwiczenia: mgr Michał Szcześniak, mgr Joanna Kasprzak Termin zajęć wtorek godz – 18.15, S2 6 spotkań, 18godzin Kontakt: Materiały na zajęcia dostępne na stronie: Termin dyżuru: środa BHP

3 Warunki zaliczenia obecność na zajęciach przygotowanie do zajęć (aktywność na zajęciach) zadania domowe, protokoły z zajęć kolokwium ocena wg systemu punktowego ocena końcowa – na podstawie ocen z obu części

4 Tematyka zajęć struktura białek, wprowadzenie do baz i programów potrzebnych w dalszej części zajęć format PDB, baza PDB, klasyfikacja struktur białkowych – CATH i SCOP DeepView, diagramy topologiczne białek Metaserwer, modelowanie homologiczne białek, ocena modelu, CASP struktura II i III-rzędowa RNA, PyMOL kolokwium

5 Sekwencja białkowa Struktura białka Specyficzność substratowa Aktywność katalityczna Oddziaływanie białko-białko

6

7 Eksperymentalne metody rozwiązywania struktur Krystalografia RTG Na ogół bardziej dokładne niż NMR ~ struktur w PDB zwykle jedna konformacja Regiony nieuporządkowane niewidoczne Struktura zamrożona Bardzo droga i czasochłonna NMR Mniej dokładny od krystalografii głównie dla małych białek (<20kD) ~6500 struktur w PDB wiele konformacji alternatywne konformacje regionów nieuporządkowanych (ruch wewnątrz białek) Stryktura analizowana w roztworze Drogi i czasochłonny

8

9

10 Ogólna budowa aminokwasów grupa aminowa - NH 2 grupa karboksylowa - COOH w neutralnym pH

11 cechy/kryteria: hydrofobowe/hydrofilowe alifatyczne aromatyczne, oddziaływujące warstwowo polarne-neutralne polarne naładowane dodatnio/ujemnie kwasowe, zasadowe C- β rozgałęzione małe/duże zawierające siarkę tworzące wiązania wodorowe wzmacniacze/łamacze struktur

12 Struktura białka Struktura pierwszorzędowa = sekwencja Struktura drugorzędowa= konformacja lokalna stabilizowana przez wiązania wodorowe -helisa -wstęga

13 Struktura trzeciorzędowa = architektura domen Zwój białka: unikalna aranżacja alfa helis i beta wstęg w 3D Topologia: opisuje powiązania i kolejność tych elementów N-koniec C-koniec

14 Struktura czwartorzędowa Aranżacja domen i/lub podjednostek

15

16

17 Ludvig Edward Boltzmann Charles Darwin EVOLUTIONARY BIOLOGY STATISTICAL THERMODYNAMICS TWO DIFFERENT PERSPECTIVES ON PROTEIN STRUCTURE PREDICTION

18

19 Etapy modelowania homologicznego

20 Programy do modelowania SwissModel Modeller

21 Ocena poprawności modelu A) struktura krystaliczna B) model homologiczny C) model z przesunięciem 1ego aminokwasu

22


Pobierz ppt "Bioinformatyka II mgr Joanna Kasprzak. Organizacja zajęć Wykład: dr Iza Makałowska, prof. dr hab. Janusz Bujnicki Ćwiczenia: mgr Michał Szcześniak, mgr."

Podobne prezentacje


Reklamy Google