Mechanizmy reakcji enzymatycznych (I)

Prezentacja na temat: "Mechanizmy reakcji enzymatycznych (I)"— Zapis prezentacji:

1 Mechanizmy reakcji enzymatycznych (I)
Enzymologia-7 Mechanizmy reakcji enzymatycznych (I)

2 KLASY I PODKLASY ENZYMÓW
OKSYDOREDUKTAZY 2. TRANSFERAZY dehydrogenazy - transaldolaza oksydazy - trasketolaza reduktazy - acylo-, metylo-, amino-, glukonylo- peroksydazy i fosforylo- transferazy katalaza - kinazy oksygenazy - fosfomutazy hydroksylazy 3. HYDROLAZY LIAZY - esterazy dekarboksylazy - glikozydazy - aldolazy - peptydazy - ketolazy - tiolazy hydratazy - fosfolipazy - dehydratazy - amidazy syntazy - dezamidazy - liazy 5. IZOMERAZY LIGAZY - racemazy - syntetazy - epimerazy - karboksylazy - mutazy

3 OKSYDOREDUKTAZY Stopnie utlenienia atomów węgla w metabolitach
Schemat ogólny reakcji redoks Utlenienie: usunięcie elektronów. Akceptor: koenzym lub grupa prostetyczna (jon metalu); w drugim przypadku jon pełni rolę pośrednika, a końcowym akceptorem jest cząsteczka O2 ulegająca dwuelektronowej redukcji do H2O2 lub czteroelektronowej redukcji do H2O

4 Potencjał oksydoredukcyjny
Potencjał oksydoredukcyjny pary X: X- odpowiada napięciu (SEM) ogniwa, w którym elektrodą odniesienia jest standardowa elektroda wodorowa. Silne reduktory wykazują ujemny potencjał redoks, a silne utleniacze – dodatni. Stan standardowy przyjęty przez biochemików odpowiada [H+] = 10-7 M, czyli pH = 7

5 Standardowe potencjały redoks niektórych reakcji biochemicznych
Reakcja E0’ (V) ½ O2 + 2H+ + 2e H2O 0,82 Fe(III) + e- Fe(II) 0,77 cytochrom c /Fe(III)/ + e- cytochrom c /Fe(II)/ 0,22 Fumaran + 2H+ + 2e- bursztynian 0,03 FAD + 2H+ + 2e FADH NAD(P)+ + H+ + 2e- NAD(P)H ,32 2H+ + 2e H ,42 octan + CO2 + 2H+ + 2e- pirogronian ,70

6 E0 = E0(red) – E 0(utl) = - 0.19 V – (- 0.32 V) = + 0.13 V
OKSYDOREDUKTAZY Przewidywanie kierunku reakcji redoks Reakcja redukcji pirogronianu ma większą wartość E0 niż reakcja redukcji NAD+, zatem w tym układzie pirogronian jest redukowany do mleczanu zaś NADH - utleniany do NAD+ E0 = E0(red) – E 0(utl) = V – ( V) = V

7 Dwie możliwości tworzenia produktu pośredniego
w procesach przeniesienia dwuelektronowego

8 Fizjologiczne „pułapki” wolnych rodników

9 Dehydrogenazy wykorzystujące dinukleotydy nikotynamidoadeninowe

10 Typy reakcji katalizowanych przez enzymy wykorzystujące NAD(P)+/NAD(P)H
Reakcja Przykładowe enzymy Dehydrogenaza alkoholowa Dehydrogenaza mleczanowa Dehydrogenaza jabłczanowa Dehydrogenaza glutaminanowa Dehydrogenaza izocytrynianowa Dehydrogenaza aldehydowa Reduktaza steroidowa Reduktaza dihydrofolianowa

11 Dehydrogenaza alkoholowa

12 Reakcje enzymatycznego utleniania i redukcji z udziałem
nukleotydów flawinowych FAD

13 Flawoenzymy Dehydrogenazy O2 nie jest akceptorem elektronów. Reakcja często zachodzi w etapach jednoelektronowych, a akceptorami elektronów sa: chinony, cytochromy lub niehemowe kompleksy żelazo-siarka Oksydazy Akceptorem elektronów jest O2 redukowany w procesie dwuelektronowym do H2O2 Oksydazodekarboksylazy Akceptorem elektronów jest O2 redukowany w procesie czteroelektronowym do H2O Monooksygenazy Akceptorem elektronów jest O2, przy czym produktami reakcji są woda i hydroksylowany produkt Dioksygenazy Akceptorem elektronów jest O2, przy czym oba atomy tlenu zostają związane w produkcie Metaloflawoenzymy Akceptorem elektronów może być O2, Wymagana jest obecność jonu metalu (Fe2+, Fe3+, Mo4+) służącego jako przenośnik elektronów Flawodoksyny Elektrony przenoszone są w etapach jednoelektronowych. Bez wątpienia reakcje te zachodzą z utworzeniem semichinonu

14 Dehydrogenazy flawinowe
Dehydrogenaza bursztynianowa

15 Oksydazy flawinowe Schemat ogólny reakcji Etapy reakcji

16 Reakcja katalizowana przez oksydazę D-aminokwasową

17 Reakcja katalizowana przez oksydazę D-aminokwasową
Mechanizm reakcji

18 Monooksygenazy flawinowe
XH – zwykle NADH lub NADPH Mechanizm reakcji katalizowanej prze lucyferazę bakteryjną

19 Monooksygenazy pterynowe
Hydroksylaza fenyloalaninowa Etapy reakcji: a/ tetrahydrobiopteryna związana z enzymem redukuje Fe(III) do Fe (II); b/ jon Fe(II) łączy się z anionorodnikiem nadtlenkowym – tworzy się kompleks Fe(II): anionorodnik; c/ kompleks służy jako czynnik epoksydujący pierścień L-Phe; d/ przegrupowanie

20 O2 + O2 + 2H+ O2 + H2O2 Oksydazy zawierające jony miedzi
Oksydaza aminowa Dysmutaza nadtlenkowa O2 + O2 + 2H+ O2 + H2O2

21 Enzymy hemoproteinowe
Struktura cytochromu c Położenie hemu w cytochromach tyou c

22 Enzymy hemoproteinowe
Monooksygenazy cytochromu P450 RH + O2 + NADPH + H+  ROH + H2O + NADP+ Działanie cytochromu P450

23 Dioksygenazy Cyklooksygenaza prostaglandynowa
Aktywność cyklooksygenazową wykazuje syntaza prostaglandyny H2

24 Transferazy Koenzymy współpracujące z transferazami
Przenoszona grupa funkcyjna Koenzym metylowa, metylenowa, kwasy tetrahydrofoliowe formylowa, formiminwa S-adenozylometionina kobalamina aldehydowe i ketonowe pirofosforan tiaminy acylowe koenzym A lipoamid aminowe fosforan pirydoksalu

25 Struktura kwasów tetrahydrofoliowych

26 Transferazy przenoszące grupy jednowęglowe
Hydroksymetylaza serynowa Etap I

27 Etap II

28 S-adenozynometionina jako donor grupy metylowej lub...

29 Acylotransferazy Struktura acylokoenzymu A

30 Mechanizm reakcji katalizowanej przez syntazę kwasu -aminolewulinowego

31 Fosfotransferazy FOSFATAZY FOSFODIESTERAZY KINAZY FOSFORYLAZY

32 Przeniesienie fosforylu - kinazy
Przeniesienie pirofosforylu Przeniesienie adenylilu Przeniesienie adenozylu

33 aminokwas1 + -ketokwas2 aminokwas2 + -ketokwas1
Aminotransferazy Aminotransferazy katalizują przeniesienie grupy aminowej z aminokwasu na -ketokwas. Aminotransferazy współpracują z fosforanem pirydoksalu (PLP) aminokwas1 + -ketokwas2 aminokwas2 + -ketokwas1

34 aminokwas1 + E-PLP -ketokwas2 + E-PMP
Aminotransferazy Pierwsza połowa reakcji katalizowanej przez aminotransferazę aminokwas1 + E-PLP -ketokwas2 + E-PMP Druga połowa reakcji jest niejako odwróceniem reakcji pierwszej -ketokwas2 + E-PMP aminokwas2 + E-PLP

35 Aminotransferazy Struktura aminotransferazy asparaginianowej

36 Enzymy wykorzystujące PLP jako koenzym należą do różnych klas
np. aminotransferazy, racemazy aminokwasowe np. dekarboksylazy aminokwasowe, syntaza kwasu -aminolewulinowego Sprotonowana forma aldoiminy pełni rolę pułapki elektronowej. Ładunek dodatni na atomie azotu stabilizuje intermediat np. aldolazy, hydroksymetylotransferaza serynowa