Wykorzystanie techniki mikromacierzy DNA oraz sekwencjonowania nowej generacji w identyfikacji predyspozycji genetycznych do raka jelita grubego . Odważna.

Prezentacja na temat: "Wykorzystanie techniki mikromacierzy DNA oraz sekwencjonowania nowej generacji w identyfikacji predyspozycji genetycznych do raka jelita grubego . Odważna."— Zapis prezentacji:

1 Wykorzystanie techniki mikromacierzy DNA oraz sekwencjonowania nowej generacji w identyfikacji predyspozycji genetycznych do raka jelita grubego . Odważna J1, Wróblewska-Kabba S1, Humińska K1, Bociąg P1, Jurkowska M2,Sikorski A1, Kaszuba M1, Wojciechowicz J1 1Centrum Badań DNA sp. z o.o., Poznań, ul. Mickiewicza 31, Poznań 2Zakład Biochemii i Biologii Molekularnej, Instytut Reumatologii, Warszawa, ul. Spartańska 1, Warszawa WPROWADZENIE Rak jelita grubego (RJG) stanowi drugi co do częstości występowania nowotwór złośliwy zarówno u kobiet jaki i mężczyzn. Wysoka częstość występowania, śmiertelność pacjentów oraz wysokie koszty związane z leczeniem RJG stanowią istotny problem natury społecznej i ekonomicznej. Ze względu na dużą heterogenność mutacji związanych z warunkowaniem RJG, poszukiwanie nowych metod skriningowych stanowi obszar zainteresowań wielu ośrodków badawczych. Nowe techniki biologii molekularnej mogą stanowić atrakcyjną alternatywę dla konwencjonalnie stosowanych metod (schemat 1). WYNIKI W badanej grupie pilotażowej wśród 9 (25% grupy badanej) pacjentów zidentyfikowano 6 różnych mutacji: 83C>T (1 pacjent), 1321G>A (1 pacjent) oraz 1852_1853delAAinsGC (2 pacjenci) w genie MLH1, IVS2+1G>A ( 1 pacjent) w genie CHEK2, T>C (2 pacjenci) w genie MSH2 oraz 3020insC (2 pacjenci) w genie NOD2. W grupie pacjentów z rozpoznaniem klinicznym HNPCC zidentyfikowano obecność mutacji: 83C>T (MLH1) oraz T>C (MSH2) w dwóch przypadkach (33%). [Rys. 1] MATERIAŁ I METODY Pacjenci. W badaniu pilotażowym w Wielkopolsce poddanych zostało 36 pacjentów z RJG. Sześciu z nich spełniało zmodyfikowane kryteria Amsterdamskie dla HNPCC, a pozostali wykazywali rodzinną agregację nowotworów. Metody. Identyfikację mutacji przeprowadzono przy użyciu metody mikromacierzy DNA typu SNP w technologii APEX (INNO GENE s.a., Polska), umożliwiającej wykrycie 169 wyselekcjonowanych mutacji w pięciu genach (MLH1, MSH2, MSH6, CHEK2 i NOD2). Mikromacierz DNA typu SNP NGS Materiał do badań Wymaz/krew obwodowa Spektrum analizowanych mutacji 169 Całe geny Weryfikacja uzyskanych wyników Tak (sekwencjonowanie) Nie wymaga Czas analizy 3-4 dni Ok. 7 dni Koszt analizy 1800 PLN ( w kalkulacji) PERSPEKTYWY Przeprowadzenie analizy w badanej grupie z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS – MiSeq, Illumina). Przeprowadzenie walidacji metod na szerszej grupie osób. Proponowany schemat postępowania diagnostycznego WNIOSKI Diagnostyka molekularna nosicielstwa mutacji predysponujących do rozwoju RJG może stanowić czułe i efektywne narzędzie przedobjawowego rozpoznania osób z grupy wysokiego ryzyka wystąpienia RJG. Wykorzystanie mikromacierzy DNA typu SNP oraz sekwencjonowania nowej generacji z powodzeniem może stanowić korzystną alternatywę dla stosowanych do tej pory metod identyfikacji pacjentów ze zwiększoną genetyczną predyspozycją do RJG. Zalety stosowania powyższych metod stanowią m.in.: nieinwazyjne pobranie materiału, szeroka skala skrinningu (>100 mutacji w jednej reakcji), skrócony czas analizy (do kilku dni), relatywnie niskie koszty analizy.