Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett

Kolekcja założona w roku 1995 w Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) część NIZP, a następnie NIL, w postaci: Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Mikrobiologii Molekularnej i Samodzielnej Pracowni Wirusologii Zespół prowadzi również dwa Krajowe Ośrodki Referencyjne

Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze „MIKROBANK” i „MIKROBANK-2”

Znaczenie kolekcji Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki

Charakterystyka kolekcji Kolekcja liczy ponad 34000 izolatów: międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) własne szczepy referencyjne szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych a także szczepy wytworzone na drodze manipulacji genetycznych

Bezpieczeństwo kolekcji Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70oC) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych klimatyzację pomieszczenia zamrażarek wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO2 monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii

Schemat postępowania z izolatami Wobec przychodzącego materiału: sprawdzana jest czystość mikrobiologiczna często potwierdzana jest przynależność gatunkowa czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka (metodami serologicznymi oraz z wykorzystaniem analizy DNA (PCR, RT PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja) polegająca na: ustalaniu relacji miedzy izolatami – typowanie określaniu obecności poszczególnych mechanizmów oporności na antybiotyki, wirulencji itp

Problemy problemy z infrastrukturą informatyczną pogorszenie dostępu do danych za pośrednictwem strony GBIF (?!); dostarczone dane o szczepach są nadal „okrojone” opóźnienia w indeksowaniu przez GBIF wprowadzonych rekordów

Sukcesy i osiągnięcia kolekcja istnieje już 13 lat stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący pracownicy zespołu prowadzą Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów) prowadzimy Narodowy Program Ochrony Antybiotyków

Wybrane istotne publikacje w roku 2008 Molecular surveillance of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by multiple-locus variable number tandem repeat fingerprinting (formerly multiple-locus variable number tandem repeat analysis) and spa typing in a hierarchic approach. Karynski M, Sabat AJ, Empel J, Hryniewicz W. Diagn Microbiol Infect Dis. 2008 Nov;62(3):255-62. Countrywide molecular survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains in Poland. Łuczak-Kadłubowska A, Sulikowska A, Empel J, Piasecka A, Orczykowska M, Kozinska A, Hryniewicz W. J Clin Microbiol. 2008 Sep;46(9):2930-7. Molecular survey of beta-lactamases conferring resistance to newer beta-lactams in Enterobacteriaceae isolates from Polish hospitals. Empel J, Baraniak A, Literacka E, Mrówka A, Fiett J, Sadowy E, Hryniewicz W, Gniadkowski M; Beta-PL Study Group. Antimicrob Agents Chemother. 2008 Jul;52(7):2449-54. Highly variable penicillin resistance determinants PBP 2x, PBP 2b, and PBP 1a in isolates of two Streptococcus pneumoniae clonal groups, Poland 23F-16 and Poland 6B-20. Izdebski R, Rutschmann J, Fiett J, Sadowy E, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Hakenbeck R. Antimicrob Agents Chemother. 2008 Mar;52(3):1021-7.

Współpraca z KSIB/GBIF w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o ponad 5000 izolatach bakteryjnych (w tym roku przygotowano ponad 1000 rekordów) dostępne (indeksowane) są 2483 (?!)

Sprawy informatyczno - bioróżnorodnościowe (wyjątki z korespondencji informatyka z biologiem) Udostępnionych na zewnątrz jest 5169 szczepów (baza mysql na serwerze cls.edu.pl) Dostęp do nich jest możliwy poprzez dwa protokoły: biocase - dostęp poprzez ten protokół jest zarejestrowany w GBIF i KSIB. (Punkt dostępu: http://cls.edu.pl/biocase/pywrapper.cgi?dsa=kolekcja) Ale…

…nasz serwer …

... ma kłopoty z pythonem

Na szczęście…

tapir…

Punkt dostępu: http://cls.edu.pl/ksib/tapir/www/tapir.php/Kolekcja … jest to drugi protokół, poprzez który można [będzie] dostawać się do naszej bazy. Punkt dostępu:   http://cls.edu.pl/ksib/tapir/www/tapir.php/Kolekcja

Nad sprawami informatyki czuwają…

Na koniec trochę agitacji…

LOCUS FJ360884 1074 bp DNA linear BCT 01-NOV-2008 DEFINITION Escherichia coli clone 421 extended-spectrum beta-lactamase TEM-167 (blaTEM-167) gene, complete cds. ACCESSION FJ360884 VERSION FJ360884.1 GI:209974341 KEYWORDS . SOURCE Escherichia coli ORGANISM Escherichia coli Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. REFERENCE 1 (bases 1 to 1074) AUTHORS Gharout,A., Brasme,L., Touati,A., Madoux,J., Benallaoua,S. and de Champs,C. TITLE Escherichia coli isolate from hospital environment producing a TEM-type extended-spectrum beta-lactamase in Bejaia, Algeria

Wkrótce w kinach film z udziałem dwóch innych gatunków zwierząt…

Dziękuje Państwu za uwagę i za współpracę. Powodzenia!