prof. Jacek Komasa (UAM) dr Krzysztof Kurowski (PCSS) Wprowadzenie do użytkowania infrstruktury PLGrid. Usługi QCG dla gridu dziedzinowego: chemia kwantowa i fizyka molekularna czyli PLGrid Plus i Chemia kwantowa prof. Jacek Komasa (UAM) dr Krzysztof Kurowski (PCSS) Piotr Kopta (PCSS) Tomasz Piontek (PCSS) Mariusz Mamoński (PCSS) Poznań, 31 listopada 2012 r.

Agenda PLGrid Plus i gridy dziedzinowe Dostęp do infrastruktury Zlecanie zadań Granty

Konsorcjum Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe w Poznaniu Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego w Warszawie Wrocławskie Centrum Sieciowo - Superkomputerowe we Wrocławiu Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie

Gridy dziedzinowe Przygotowanie specyficznych środowisk i usług dostosowanych do potrzeb różnych grup naukowców (początkowo 13 grup użytkowników: AstroGrid, HEPGrid, Nanotechnologie, Akustyka, LifeScience, Chemia kwantowa i fizyka molekularna, Ekologia, SynchroGrid, Energetyka, Bioinformatyka, Zdrowie, Materiały, Metalurgia). Stworzenie platformy do współpracy i wymiany doświadczeń pomiędzy grupami naukowców pracującymi nad podobnymi zagadnieniami Umożliwienie przeprowadzenia eksperymentów obliczeniowych, jakie z powodu swojej złożoności i czasochłonności nie były możliwe do wykonania z wykorzystaniem mniejszej ilości zasobów

Chemia kwantowa i fizyka molekularna Udostępnienie zintegrowanego środowiska uruchamiania skomplikowanych, wieloetapowych eksperymentów obliczeniowych na platformie gridowej (w Infrastrukturze PL-Grid) Utworzenie platformy do efektywnego modelowania komputerowego własności mechanicznych i termomechanicznych materii na różnych poziomach złożoności struktury i dla różnych skal przestrzennych i czasowych Migracja użytkowników do nowoczesnych pakietów oprogramowania Wsparcie dla grup tworzących oprogramowanie Zaangażowane instytucje: Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe, Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Koszt dostępu Dostęp do infrastruktury gridowej oferowanej w ramach projektu PL-Grid jest nieodpłatny dla naukowców i wszystkich osób prowadzących działalność naukową, związaną z uczelnią lub instytutem naukowym w Polsce.

Zasoby 51.33 TB ram 23616 rdzenie 3.6 PB dyski 230.16 TFlops peak 1.02 TB 29.92 TFlops 13.95 TB 1265 TB 4152 41.34 TFlops 6.5 TB 995.75 TB 4080 34.4 TFlops 9.7 TB 357 TB 4848 51 TFlops 13.5 TB 980 TB 7464 73.5 TFlops 51.33 TB ram 23616 rdzenie 3.6 PB dyski 230.16 TFlops peak

Aplikacje http://www.plgrid.pl/oferta/oprogramowanie_naukowe

Od czego zacząć regulamin użytkownika Użytkownikiem infrastruktury PL-Grid może być każda osoba prowadząca badania naukowe, związana z jednostką naukową w rozumieniu ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki. Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim. Użytkownik jest uprawniony do korzystania z zasobów infrastruktury PL-Grid jedynie w celu wykonywania obliczeń oraz przechowywania danych zgodnie z zadeklarowanym tematem badań. Zabrania się wykorzystywania zasobów niezgodnie z prawem oraz wszelkich działań umyślnych, które mogą zakłócić poprawne funkcjonowanie infrastruktury. Użytkownik jest zobligowany do załączenia informacji o wykorzystaniu infrastruktury PL-Grid w publikacjach, które powstały w oparciu o wyniki uzyskane przy użyciu tej infrastruktury. Użytkownik ma obowiązek raportowania wszystkich takich publikacji poprzez funkcjonalność udostępnianą w Portalu Operacyjnym, w celu rozliczenia grantu, nie rzadziej niż co rok. Brak wypełnienia obowiązku rozliczenia użycia zasobów może spowodować zawieszenie usług.

Od czego zacząć – zasady funkcjonowania Aby zostać użytkownikiem infrastruktury PL-Grid należy dokonać rejestracji w portalu PL-Grid. W trakcie procesu rejestracji wymagana jest akceptacja regulaminu używania infrastruktury oraz określenie dziedziny i tematyki badań. W wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze. W procesie rejestracji użytkownika dane weryfikowane są przez operatora Centrum Operacyjnego PL-Grid z wykorzystaniem bazy danych: "Ludzie nauki" dostarczanej przez Ośrodek Przetwarzania Informacji (zwanej dalej bazą OPI). Użytkownik musi potwierdzić wprowadzone dane poprzez odpowiedź na e-mail wysłany przez operatora na adres zarejestrowany w bazie OPI. Osoby niezarejestrowane w OPI (doktoranci, studenci) lub osoby, których dane w bazie OPI są niekompletne bądź nieaktualne, zobowiązane są wskazać opiekuna naukowego, którego dane w OPI są aktualne i który spełnia warunki określone dla użytkownika infrastruktury PL-Grid. Opiekun naukowy potwierdza autentyczność danych osobowych i związek z działalnością naukową wykonywaną za jego wiedzą. Opiekun naukowy nie jest prawnie odpowiedzialny za niezgodne z prawem działania potwierdzonego przez niego użytkownika. Potwierdzenie użytkownika przez opiekuna naukowego jest traktowane jako potwierdzenie tożsamości użytkownika i jego udziału w pracach naukowych.

Dostęp do infrastruktury Portal https://portal.plgrid.pl Umożliwia założenie konta bądź zalogowanie się do niego Sprawdzenie zużycia zasobów Aplikowanie o dostęp do zasobów Składanie wniosków o grant

Dostęp do infrastruktury Zakładanie konta Wymagane informacje: dane osobowe (imię, nazwisko, pesel, login, email, numer telefonu, hasło) numer z bazy OPI (swój lub opiekuna naukowego) http://nauka-polska.pl/dhtml/raportyWyszukiwanie/ wyszukiwanieLudzieNauki.fs Cała procedura dokładnie opisana w Podręczniku użytkownika http://plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

Generowanie certyfikatów Certyfikat poświadcza tożsamość użytkownika Simple CA vs Polish Grid CA Potrzebny przy zlecaniu zadań i dostępie do infrastruktury obliczeniowej Generowanie w portalu (przycisk wygeneruj certyfikat SimpleCA w zakładce Moje konto, w ramce Certyfikaty SimpleCA)

Aplikowanie o dostęp do zasobów Ramka Usługi w zakładce Moje Konto Umożliwia włączenie/wyłączenie dostępu lub uzyskanie informacji o usługach oferowanych w projekcie PLGrid Do zlecania zadań w przez nas prezentowany sposób należy aplikować o usługę Globalny dostęp QosCosGrid Czas propagowania się informacji na wszystkie systemy

Zlecanie zadań Infrastruktura QCG Zestaw narzędzi do zarządzania zasobami i zadaniami uruchomionymi na wielu klastrach dostęp do lokalnych systemów klastrowych Wspiera m. in. obsługę zadań wielo-klastrowych, parametrycznych, typu workflow. Zainstalowany na wszystkich maszynach infrastruktury PL-Grid Zawiera zarówno tekstowe, graficzne, jak i portalowe narzędzia dostępowe. http://www.qoscosgrid.org

Zlecanie zadań QCG-Icon Aplikacja graficzna napisana dla systemów Windows, Linux oraz Mac OS. Umożliwia zlecanie zadań w bardzo prosty i intuicyjny dla użytkownika sposób. Aktualnie obsługuje aplikacje: Matlab, Mathematica, Gamess, LAMMPS, Molpro, Ansys-Fluent, NAMD, Gaussian-09, Ansys-CFX, a także skrypty w językach Bash oraz R. Istnieje możliwość dodania innych aplikacji używanych przez użytkowników. Pozwala na dostęp do plików wyjściowych w trakcie działania aplikacji. Wymaga od użytkownika posiadania certyfikatu PL- Grid.

Zlecanie zadań QCG-Icon http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/

Zlecanie zadań GaussView via QCG-Icon Dostępny jest skrypt instalacyjny która pozwala zlecić zadanie bezpośrednio z poziomu aplikacji GaussView (wersja 5). Cały mechanizm uruchomienia zadania jest przeźroczysty dla użytkownika. http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/downloads

Zlecanie zadań Klient tekstowy Umożliwia większą kontrolę nad zleceniem zadania, transferem plików we/wy, wykorzystaniem modułów oraz ustawień środowiska. Obsługa zbliżona do poleceń systemu kolejkowego. Możliwość uruchomienia dowolnego kodu, oraz poleceń systemu operacyjnego. Umożliwia zautomatyzowanie zlecenia większej ilości zadań (np. zadania parametryczne) Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Dokładny opis w podręczniku użytkownika Granty Każdemu użytkownikowi przysłguje odnawialny grant osobisty (1000 „rdzenio –godzin” obliczeń, 40 GB) udzielany na 6 miesięcy Większa ilość zasobów może być wykorzystywana przez uzyskanie grantu właściwego Aktywację grantu osobistego dokonuje się przyciskiem Stwórz grant podstawowy w panelu Granty użytkownika w zakładce Zespoły i granty Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Dokładny opis w podręczniku użytkownika Zespół użytkowników Zespół użytkowników umożliwia wspólne obliczenia w ramach grantu właściwego oraz współdzielenie pamięci dyskowej na klastrze Każdy zespół musi mieć co najmniej jednego kierownika Grant właściwy jest przypisywany do zespołu użytkowników i wnioskować o niego może jeden z kierowników Zakładanie i zarządzanie zespołami dokonuje się w panelu Zarządzanie zespołami w zakładce Zespoły i granty Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Dokładny opis w podręczniku użytkownika Grant właściwy Aplikowanie o grant właściwy odbywa się poprzez zdefiniowanie: szkicu opisu merytorycznego wymagań zasobowych Po zdefiniowaniu szkicu i opisu merytorycznego można wysłać grant do recenzji Wymagania zasobowe grantu definiowane są w systemie Bazaar Dokładny opis w podręczniku użytkownika

Ankieta http://plgrid.pl/ankieta Ankieta w wersji elektronicznej dla użytkowników projektu PlGrid Plus Dzięki niej możemy lepiej dostosować system do oczekiwań użytkowników http://plgrid.pl/ankieta

Gdzie znaleźć informacje PLGrid Plus Strona główna http://plgrid.pl/plus Portal https://portal.plgrid.pl Podręczniki http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika QCG Strona główna http://www.qoscosgrid.org/ Klient tekstowy http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika QCG-Icon http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika

Osoby kontaktowe Kierownik gridu dziedzinowego chemii kwantowej i fizyki molekularnej Prof. Jacek Komasa komasa@man.poznan.pl Pracownicy PCSS Piotr Kopta pkopta@man.poznan.pl Mariusz Mamoński mamonski@man.poznan.pl Tomasz Piontek piontek@man.poznan.pl

Problemy, sugestie, pomoc qcg@plgrid.pl

Materiały szkoleniowe http://fury.man.poznan.pl/~pkopta/uam