Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacje molekularne Dynamika molekularna.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacje molekularne Dynamika molekularna."— Zapis prezentacji:

1 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacje molekularne Dynamika molekularna

2 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Historia wizualizacji molekularnej Wizualizacja fizyczna 1958: Kendrew's wire models and the Richards Box 1960's: Physical "Ball and Spoke" Models 1970: Byron's Bender Molecular Sculpture 1990's: Rapid Prototyping

3 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Historia wizualizacji molekularnej Wizualizacja komputerowa 1960's - 70's: Earliest Computer Representations 1980: TAMS: Teaching Aids for Macromolecular Structure : Evans & Sutherland Computers 1992: David & Jane Richardson's Kinemage 1993: Roger Sayle's RasMol Szybki rozwój programowania …

4 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Elementy grafiki komputerowej Piksel (ang. pixel = picture+element) jest to najmniejszy element obrazu bitmapowego. Jeden piksel to bardzo mały kwadrat o przeciętnym boku 0,28mm (rzadziej: prostokąt) widzialny z odległości użytkowej jako wypełniony jednolitym kolorem. Piksel stanowi także najmniejszy element obrazu wyświetlanego na monitorze komputera. Tryb pracy monitora, a konkretnie jego rozdzielczość to właśnie liczba pikseli jakie zawiera on w pionie i poziomie. Wikipedia

5 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wielkość grafiki Elementy grafiki komputerowej Rozdzielczość 800 × 600 wielkość obrazka w pikselach 300dpi rozdzielczość obrazka w punktach na cal 300ppi rozdzielczość obrazka w pikselach na cal Daje obrazek wielkości 2,667 cala × 2 cale 1 cal = 25,4 mm co daje 67,7(3) × 58 mm

6 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Przestrzenie barw Elementy grafiki komputerowej CMYKCMYK RGBRGB R 256 – 8 bitów G 256 – 8 bitów B 256 – 8 bitów 1 piksel zajmuje 3 bajty = 24 bity

7 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Elementy grafiki komputerowej Grafika wektorowa Grafika rastrowa rendering

8 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Grafika wektorowa (obiektowa) Opisanie obrazu za pomocą prostych figur geometrycznych - prymitywów; polega na generowaniu obrazu na podstawie jego matematycznego opisu, który określa pozycję, długość i kierunek prowadzonych linii. Obrazy wektorowe są kolekcjami wektorów, a nie punktów, jak w wypadku grafiki rastrowej.

9 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Grafika rastrowa Metoda tworzenia grafiki komputerowej traktująca obraz jako zbiór bardzo małych niezależnych od siebie punktów tej samej wielkości (pikseli) ułożonych równo w wierszach i kolumnach. Rastrem nazywa się siatkę takich punktów. Pliki rastrowe nazywa się również plikami bitmapowymi. Typowe formaty plików rastrowych to BMP, TIFF, GIF i JPEG.

10 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł JastrzębskiRendering Jest to generowanie obrazu z modelu zapisanego w pliku cyfrowym

11 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł JastrzębskiRendering OpenGL, Direct3D (DirectX) są to biblioteki programistyczne składające się z zestawów funkcji instalowanych na odpowiednich platformach systemowych służące do obsługi grafiki (lub głównie grafiki).

12 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł JastrzębskiRendering Ray tracing (śledzenia promienia) – jedna z technik renderingu

13 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacja wektorowa

14 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacja renderowana (OpenGL)

15 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacja renderowana (ray-tracing)

16 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł JastrzębskiRay-tracing

17 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Formaty grafiki rastrowej Elementy grafiki komputerowej BMPbez kompresji TIF/TIFFkompresja bezstratna GIFkompresja z wyborem ilości kolorów, przeźroczystości, animacje PNGkompresja bezstratna – miał wyprzeć GIF-a JPG/JPEGkompresja stratna (nieodwracalnie) DjVukompresja do 10x lepsza od JPEG Formaty grafiki wektorowej EPS- Encapsulated PostScript PDF- Portable Document Format (Adobe) SVG- Scalable Vector Graphics (open) SWF- Flash Adobe (dawniej Macromedia) CDR- Corel WMF- Windows MetaFile

18 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Punkty i linie (druty) (points and wires)

19 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Kule i pręty (tyczki) (balls and sticks)

20 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Sfery i powierzchnie (spheres and surfaces)

21 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Sfery i powierzchnie (spheres and surfaces)

22 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej

23 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Wstążki i nici (ribbons and coils)

24 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe kolory w wizualizacji molekularnej atomy

25 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe kolory w wizualizacji molekularnej Ładunki (charges)

26 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej wireframe (obraz szkieletowy)

27 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej backbone (kręgosłup)

28 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej sticks (pręty – wiązania chemiczne)

29 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej ball and sticks (kulki i pręty – atomy i wiązania)

30 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej ribbons i cartoon (wstążki – wzajemne ułożenie powierzchni wiązań peptydowych)

31 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej wstążki

32 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Podstawowe typy wizualizacji molekularnej spacefill (kule / sfery oddziaływać sił Van der Waalsa - VDW)

33 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski sfery VDW Podstawowe typy wizualizacji molekularnej

34 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski molecular surface (powierzchnia molekularna) accessible surface area (powierzchnia dostępu)

35 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Molecular vs. Accessible area

36 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski molecular surface (powierzchnia molekularna) accessible surface area (powierzchnia dostępu) electrostatic surface area (powierzchnia elektrostatyczna) Podstawowe typy wizualizacji molekularnej

37 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania RasMol

38 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Programy do wizualizacji i renderingu

39 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski SPDBV Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania

40 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Programy do wizualizacji i renderingu PovRay

41 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Cn3D Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania

42 Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Koniec końców


Pobierz ppt "Bioinformatyka 2007/2008 wykład 5 Biotechnologia UWM dr Jan Paweł Jastrzębski Wizualizacje molekularne Dynamika molekularna."

Podobne prezentacje


Reklamy Google