Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej PL-Grid i jego Wirtualne Laboratorium dla nauk społeczno-gospodarczych.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej PL-Grid i jego Wirtualne Laboratorium dla nauk społeczno-gospodarczych."— Zapis prezentacji:

1 Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej PL-Grid i jego Wirtualne Laboratorium dla nauk społeczno-gospodarczych Joanna Kocot, Eryk Ciepiela Akademickie Centrum Komputerowe Cyfronet AGH Szkoła Symulacji Systemów Gospodarczych Kudowa-Zdrój, 21 września 2010

2 Plan prezentacji Projekt PL-Grid Idea Gridu i e-Nauki Oferta PL-Grid dla naukowców Wirtualne Laboratorium GridSpace 2

3 PL-Grid Projekt finansowany w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka Cele: 3 Utworzyć otwartą ogólnopolska infrastrukturę komputerową wspierająca uprawianie nauki w sposób umożliwiający integrację danych doświadczalnych i wyników zaawansowanych symulacji komputerowych Dostarczyć polskiej społeczności naukowej usług informatycznych opartych na infrastrukturze komputerowej służących e-nauce w różnych dziedzinach Umożliwić dołączanie lokalnych zasobów komputerowych uczelni, instytutów badawczych, centrów komputerowych czy platform technologicznych do wspólnej infrastruktury gridowej Europy i świata Wskaźniki: Ilość naukowców korzystających z usług PL-Grid (700) Ilość nowych dziedzin (grup naukowców) wspieranych przez PL-Grid (7)

4 Wyjaśnienie pojęć Infrastruktura sprzętowa – dedykowane komputery (serwery) pogrupowane w tzw. klastry, połączone szybką siecią, które są w stanie wykonywać (równoległe) programy, działająca w wyspecjalizowanych centrach komputerowych, z zapewniająca łączność z jej użytkownikami poprzez sieć Internet Oprogramowanie – programy dla konkretnych domen nauki przystosowane do pracy na infrastrukturze sprzętowej (np. umiejące korzystać z możliwości obliczeń równoległych) współdzielone przez społeczność użytkowników Grid – idea łączenia komputerów z jedną infrastrukturę sprzętową wygodnie dostępną z każdej lokalizacji poprzez sieć komputerową (analogia: elektrownie – sieć energetyczna – gniazdka) e-Nauka – nauka wspomagana technologiami informatycznymi, wykorzystująca możliwości obliczeń, gromadzenia, analizy danych itp. (?) 4

5 Wyjaśnienie pojęć Narzędzia – programy komputerowe, portale internetowe itp. umożliwiające i ułatwiające korzystanie z infrastruktury (gridu) jej końcowym użytkownikom oraz wspierające czynności wykonywane w trakcie przeprowadzania badań naukowych z użyciem szeroko rozumianych technologii informatycznych Wirtualne laboratoria – szczególny typ narzędzi stanowiących środowisko pracy naukowców korzystających z infrastruktury (gridu) umożliwiający korzystanie z infrastruktury i wielości dostępnego oprogramowania oraz komponowanie z nich kompletnych scenariuszy przeprowadzających naukowe obliczenia od danych wejściowych aż po opracowanie rezultatów czyli tzw. wirtualnych eksperymentów GridSpace – wirtualne laboratorium, które rozwijamy w ACK Cyfronet AGH w ramach projektu PL-Grid 5

6 Konsorcjum PL-Grid Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH – koordynator Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe (PCSS) Wrocławskie Centrum Sieciowo – Superkomputerowe (WCSS) Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej (TASK) Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (ICM) 6

7 Europejska Inicjatywa Gridowa EGI 7

8 EGEE 8 Mariusz Sterzel CGW'08 Kraków, 13 October EGEE Archeology Astronomy Astrophysics Civil Protection Comp. Chemistry Earth Sciences Finance Fusion Geophysics High Energy Physics Life Sciences Multimedia Material Sciences … >250 sites 48 countries >150,000 CPUs >50 PetaBytes >15,000 users >150 VOs >200,000 jobs/day

9 Oferta PL-Grid Wzrost udostępnianej mocy obliczeniowej do ok. 215 TFLOP (5000 procesorów 4-rdzeniowych, 38 rdzeni na użytkownika non- stop) Wzrost pamięci dyskowej o ok TB (2,5 mln GB, 3571 GB na użytkownika) Zestaw zaawansowanych narzędzi do organizacji programów obliczeniowych, który pomożemy dostosować do indywidualnych potrzeb Pomoc w zrozumieniu zagadnień związanych z uruchamianiem aplikacji naukowych na rozległych zasobach obliczeniowych Wsparcie technologiczne i informatyczne przy projektowaniu własnych aplikacji naukowych i ich wdrażaniu na infrastrukturze PL-Grid 9 Na dzień dzisiejszy ACK Cyfronet AGH udostępnia 1/5 z tych zasobów w ramach klastra Zeus

10 Dostępne Oprogramowaie Każda aplikacja środowiska Unix/Linux może być dostosowana do infrastruktury PL-Grid Oferujemy: Pakiety QM ADF, Gaussian, Turbomole, GAMESS, Molcas, Pakiety MD, MM NAMD, Amber (wkrótce) Pakiety do dokowania AutoDock Zestaw typowych narzędzi kompilatory, biblioteki numeryczne, MPI Czekamy na propozycje Państwa programów 10

11 Jak zostać użytkownikiem PL-Grid Osoba prowadza ̨ ca działalność naukowa ̨, zwia ̨ zana z jednostka ̨ naukowa ̨ w rozumieniu ustawy z dnia 8 października 2004r. o zasadach finansowania nauki. Współpracownicy osoby prowadza ̨ cej działalność naukowa ̨ (doktoranci, studenci, współpracownicy zagraniczni) Jak sie ̨ zarejestrować? Procedura w pełni on-line System rejestracji i zarza ̨ dzania kontem uz ̇ ytkownika PL-Grid https://konto.plgrid.pl/ https://konto.plgrid.pl/ Wymagany aktualny, własny wpis w bazie Ludzie Nauki OPI ba ̨ dź wpis opiekuna naukowego Weryfikacja zgłoszenia przez strone ̨ internetowa ̨ jednostki ba ̨ dź telefonicznie 11 Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki

12 Co uzyskam dzięki rejestracji w PL-Grid Konto na maszynie doste ̨ powej w Cyfronecie ui.cyfronet.pl Z tej maszyny dostęp do: gLite – oprogramowanie zapewniające dostęp do gridu UNICORE – oprogramowanie zapewniające dostęp do gridu system kolejkowy PBS – oprogramowanie zapewniające dostęp do własnego cyfronetowego klastra Zeus ( w dalszej kolejności kolejne klastry) Żądanie obliczenia (tzw. zadania) jest umieszczane w kolejce zadań i harmonogramowane gdy wymagane dla tego zadania zasoby (ilość procesorów, pamięci itp.) są dostępne Pełny doste ̨ p do systemu pomocy Helpdesk PL-Grid Dane o wykorzystaniu zasobów (wkrótce) System grantów obliczniowych Grant podstawowy Granty przyznawane Jedno konto, jedno hasło wsze ̨ dzie 12 Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki

13 System pomocy Helpdesk PL-Grid Jeden punkt kontaktu do ekspertów od wszystkich aspektów działania infrastruktury PL-Grid Procedury zapewniaja ̨ ce przekazywanie spraw (np. w czasie urlopowym) Zgłoszenia nie gina ̨ i nie sa ̨ zapominane: uz ̇ ytkownik moz ̇ e zgłaszać i śledzić proces rozwia ̨ zywania problemu monitorowanie czasu rozwia ̨ zywania sprawy Zgłoszenia tworzone sa ̨ poprzez: interfejs graficzny https://helpdesk.plgrid.pl (dla zarejestrowanych uz ̇ ytkowników)https://helpdesk.plgrid.pl Uz ̇ ytkownik otrzymuje identyfikator zgłoszenia umoz ̇ liwiaja ̨ cy późniejsze śledzenie statusu sprawy Istotne powiadomienia o stanie problemu wysyłane sa ̨ em Zgłaszaja ̨ cemu 13 Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki Podziękowania: T. Szepieniec, M. Radecki

14 14

15 Zapraszamy do rejestracji na: 15 https://konto.plgrid.pl/

16 16 Motywacja Złożone aplikacje naukowe działające na zasobach komputerowych Klastry, gridy, cloud Bogactwo pakietów oprogramowania Aplikacje (Gaussian, NAMD,…) Dostępne w sieci usługi – Web Services Języki skryptowe do przetwarzania danych: Perl, Python, Ruby Różne klasy użytkowników Eksperci domenowi (konsultanci) Programiści aplikacji (producenci) Końcowi użytkownicy (konsumenci) Eksplozja zbiorów danych, digitalizacja danych Pliki, bazy danych, … Eksploracyjne programowanie Odzwierciedlające naturę pracy badacza Krok po kroku realizowanie kolejnych etapów obliczeń, gdzie kolejny krok silnie zależy od wyników poprzedniego Współdziałanie Zespoły, społeczności (wirtualne)

17 17 Możliwości Dostępność niespotykanej do tej pory mocy obliczeniowej Metody analityczne metody numeryczne Heurystyki współbieżne przeszukiwanie szerszej przestrzeni rozwiązań Bardziej szczegółowe modele Złożone modele Większe rozmiary problemów Zrównoleglanie obliczeń Symulacje wykorzystujące systemy agentowe Wsparcie naukowców w tworzeniu lub adaptacji istniejącego oprogramowania Wsparcie programistów Szkolenia Wspólne tworzenie aplikacji Utrzymywanie aplikacji Scientist Clusters SSH Bash Gnuplot Storage Supercomputers Ruby Files Zakup, utrzymywanie i udostępnianie (komercyjnego) oprogramowania Szkolenia Korzystanie z zainstalowanego oprogramowania Pisanie własnego oprogramowania

18 18 Praca z GridSpace2 Experiment Workbench Portal WWW Środowisko do eksploracyjnego programowania i uruchamiania aplikacji (eksperymentu) Experiment Host Serwer na którym wykonywane są eksperymenty Infrastruktrura komputerowa Klastry, gridy, cloud, na których wykonuje się zadania pamięciowo i/lub obliczeniowo intensywne

19 19 Experiment Workbench

20 20 Binding sites in proteins Comparison of Services for Predicting Ligand Binding Sites Multiple services available on the Web Conversions between data formats Visualization scripts (Jmol, Gnuplot) Single access based on experiments developed in Virtual Laboratory Calculation of hydrophobicity profiles Multiple scales, parameters, input data Computed using PL-Grid resources – easy access to Zeus cluster at Cyfronet Management of experiment results: ~ 1 Million output files Using semantic integration framework for metadata management Collaboration with Department of Bioinformatics and Telemedicine, Jagiellonian University, Prof. Irena Roterman-Konieczna, Katarzyna Prymula

21 21 Analysis of water solutions of aminoacids Involving multiple steps realized with many tools, languages and libraries used for Packmol – molecular dynamics simulations of packing molecules in a defined regions of space Jmol – visualization of solution Gaussian – computing a spectrum of the solution Python/CCLIB – extracting spectrum info jqPlot – displaying plot Collaboration with computational chemists of ACC Cyfronet AGH and Department of Chemistry, Jagiellonian University, Dr. Mariusz Sterzel, Klemens Noga

22 22 Konkluzje Dostępność nowoczesnego sprzętu komputerowego, oprogramowania, metodologii daje nowe możliwości ale też wymaga nowego myślenia Moc obliczeniowa i ograniczenia pamięci nie są już tak wąskim gardłem w przeprowadzaniu obliczeń Potrzeba narzędzi umożliwiających korzystanie z infrastruktury i wielości dostępnego oprogramowania Potrzeba umożliwienia komponowania kompletnych scenariuszy przeprowadzających naukowe obliczenia od danych wejściowych aż po opracowanie rezultatów Możliwość nowych ekscytujących zastosowań PL-Grid (w szczególności GridSpace) otwarty i darmowy dla polskich naukowców

23 23 Referencje – kompletne źródło informacji o PL-Grid – wejdź do Wirtualnego Laboratorium GridSpace – dowiedz się więcej na temat technologii GridSpace Prośba o wspólne uzupełnienie ankiet, które pomogą nam lepiej spełniać Państwa oczekiwania


Pobierz ppt "Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej PL-Grid i jego Wirtualne Laboratorium dla nauk społeczno-gospodarczych."

Podobne prezentacje


Reklamy Google