Comprehensive support for chemistry in PLGrid infrastructure Klemens Noga, Mariola Czuchry ACC Cyfronet AGH 58 Ogólnopolski Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa.

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
Migrating Desktop Podsumowanie projektu
Advertisements

PL-Grid i jego Wirtualne Laboratorium dla nauk społeczno-gospodarczych
Jacek Kitowski i Łukasz Dutka ACK CYFRONET AGH, Kraków, Polska
Generator przyszłości
Mariusz Sterzel ACK Cyfronet
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Polska infrastruktura informatycznego wspomagania nauki w.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Środowisko obliczeniowe gLitewprowadzenie wprowadzenie Bartek.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Intuicyjny interfejs do zasobów projektu PL-Grid Migrating.
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego PITWIN – Portal Innowacyjnego Transferu Wiedzy.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Polska Infrastruktura Gridowa - przestrzeń badawcza dla użytkowników.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Polska infrastruktura informatycznego wspomagania nauki w.
Dzień Otwarty Cyfronetu 12 listopada 2007 Polski Grid Polski Grid: Ogólnopolska Infrastruktura Gridowa dla Nauki Jacek Kitowski Instytut Informatyki AGH-UST.
Rozwój Polskiej Infrastruktury Gridowej w ramach Projektu PL-Grid
Jacek Kitowski and Łukasz Dutka ACK CYFRONET AGH, Cracow
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Partners logo Intuicyjny interfejs do zasobów Gridowych Migrating.
Usługa powszechnej archiwizacji PLATON-U4
e-commerce jako efektywny rozwój dystrybucji
Uwierzytelnianie i autoryzacja dostępu do portali
– projekt CrossGrid, finansowany przez KE i KBN-MNiI
Tematyka prac magisterskich w Zakładzie Informatyki Stosowanej
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER 1 Stan oraz koncepcje zadań realizowanych przez PCSS w ramach projektu LDAP PCSS, Lipiec 2002.
NewMAN w środowisku sieci BYDMAN
Longhorn - Usługi terminalowe
mgr Magdalena Katarzyna Godlewska Katedra Inżynierii Wiedzy, WETI PG
mgr Anna Domagalska Katedra Inżynierii Wiedzy WETI PG
Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe Cezary Mazurek
Elastic Utility Computing Architecture Linking Your Programs To Useful Systems.
Oferta szkoleniowa Ośrodka rok szkolny 2009/10 semestr letni Ośrodek Edukacji Informatycznej i Zastosowań Komputerów.
Virtual Design and Automation Centre
Możliwości biblioteki logiczno-fizycznej opartej na systemie masa-sprężyna jako środowiska modelowania rzeczywistości wirtualnej. Przegląd zagadnień Seminarium.
WP 2.1 Zdalny dostęp do bibliotek naukowych Realizujący : PCSS i TASK Osoby kontaktowe: Maciej Brzeźniak Rafał Tylman
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER WP 2.1 Zdalny dostęp do bibliotek naukowych Udział w projekcie: 6,51% Osoby kontaktowe: PCSS: Maciej Brzeźniak.
? Rosnące potrzeby użytkowników Rozmiar problemu Czas Komputer domowy
Repozytorium Wydziałowe Zbigniew LEONOWICZ
prof. Jacek Komasa (UAM) dr Krzysztof Kurowski (PCSS)
Zadanie: Integracja oprogramowania w gminach i starostwie
Podniesienie kompetencji nauczycieli z obszarów wiejskich Dolnego Śląska w zakresie innowacyjnych metod nauczania w obszarze ICT i nauk matematyczno-przyrodniczych.
ALM (Asset Life Cycle Management) - wsparcie procesów biznesowych w obszarze zarządzania cyklem życia majątku. Centralny Ośrodek Informatyki Górnictwa.
Jaka jest wydajność najszybszego superkomputera na świecie? Gflopów procesorów Intel EM64T Xeon X56xx 2930 MHz (11.72 GFlops) GB.
CDN OPT!MA integracja z Systemem Microsoft Office 2003.
ZIS Tematyka prac magisterskich w Zakładzie Informatyki Stosowanej.
DOSTĘP DO KSIĄŻEK ELEKTRONICZNYCH POPRZEZ IBUK
Oferta na rok szkolny 2007/08 Ośrodek Edukacji Informatycznej i Zastosowań Komputerów.
Program eCentra - propozycja Bartosz Mioduszewski.
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER Systemy zarządzania w środowisku rozproszonym Mirosław Kupczyk
Jak robić to efektywnie?
Halina Tarasiuk Politechnika Warszawska, Instytut Telekomunikacji
Narzędzia klienta usługi archiwizacji Warsztaty „Usługa powszechnej archiwizacji” Michał Białoskórski, CI TASK Bartłomiej Balcerek, WCSS.
Tutorial QCG Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe K.Kurowski, T. Piontek, P. Kopta, B. Bosak Spotkanie PLGrid NG, Racławice, 3 września 2014.
Toruń 28/ Finansowanie w ramach aktywności 2.3 (Budowa infrastruktury dla nauki) – Konkurs 2.3/1/2013/POIG Okres realizacji: –
INNOpomorze INNOwacyjne powiązania IV edycja projektu
Komputer w naszym życiu
PIONIER — zaproszenie do współpracy Małgorzata Kozłowska Podsekretarz Stanu w Komitecie Badań Naukowych
Wydział Rolnictwa i Biologii Wydział Zastosowań Informatyki i Matematyki Centrum Informatyczne Centrum Edukacji Multimedialnej Szkoły Głównej Gospodarstwa.
Polskie Konsorcjum NATURE. Elastyczny model licencji NPG Wybór tytułów wg preferencji użytkowników Dowolny termin rozpoczęcia prenumeraty Cena ustalana.
Implementacja standardu FitSM w Infrastrukturze PLGrid
System międzybibliotecznych wypożyczeń elektronicznych Academica i jego rola w bibliotekach publicznych Academica System międzybibliotecznych wypożyczeń.
Sposoby zdalnego sterowania pulpitem
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER 1 Zastosowanie LDAP w usługach WWW i Portali PCSS, 2002.
Sprawozdanie Projekt celowy „Wdrożenie protokołu LDAP w akademicko-naukowych sieciach komputerowych” Jerzy Żenkiewicz Uczelniane Centrum Informatyczne.
Grid Dziedzinowy: HEP (High Energy Physics) Andrzej Olszewski ACK Cyfronet, Kraków Spotkanie Techniczne PL-Grid PLUS, Zawiercie, 8-11 kwiecień 2014.
Infrastruktura PLGrid – wspieramy polskich naukowców
IX Konferencja "Uniwersytet Wirtualny: model, narzędzia, praktyka" PIOTR TKACZ Studium e-Learningu Wyższej Szkoły Zarządzania Ochroną Pracy w Katowicach.
IX Konferencja "Uniwersytet Wirtualny: model, narzędzia, praktyka" Kazimierz Wiatr, Marek Kwaśniewski, Maria Wielgus ACK CYFRONET AGH Iwona Wendel Urząd.
Grupa: administratorzy lokalni JST. Użytkownik systemu CEIDG - materiały szkoleniowe2 Informacje wstępne Zakładanie konta w CEIDG -Wybór sposobu dostępu.
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego E-podręczniki i e-materiały* do kształcenia ogólnego nie zastąpienie,
Praktyczne wykorzystanie systemu wideokonferencyjnego w dydaktyce
The CC1 system Prywatna chmura The CC1 system
IV Konferencja Naukowo-Techniczna "Nowoczesne technologie w projektowaniu, budowie.
Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego w Poznaniu
Zapis prezentacji:

Comprehensive support for chemistry in PLGrid infrastructure Klemens Noga, Mariola Czuchry ACC Cyfronet AGH 58 Ogólnopolski Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego, Gdańsk 23 IX 2015

Infrastruktura PLGrid usługi dla chemii obliczeniowej Klemens Noga, Mariola Czuchry ACK Cyfronet AGH 58 Ogólnopolski Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego, Gdańsk 23 IX 2015

ACK Cyfronet AGH – główne kompetencje Infrastruktura PLGrid PLGrid to … Struktura Oferta Dostęp do Infrastruktury Kto może uzyskać dostęp Portal PLGrid Wnioskowanie o zasoby Co nas wyróżnia Agenda

ACK Cyfronet AGH

Główne kompetencje

Infrastruktura PLGrid

PLGrid to... Infrastruktura obliczeniowa dla polskich naukowców. Udostępnia usługi informatyczne o satysfakcjonującym i gwarantowanym poziomie jakości

Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe w Poznaniu Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego w Warszawie Wrocławskie Centrum Sieciowo - Superkomputerowe we Wrocławiu Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie (koordynator) Struktura konsorcjum

W infrastrukturze liczy blisko 3000 użytkowników. Efektem prac prowadzonych z pomocą Infrastruktury jest ponad 500 publikacji. Znakomita większość publikacji jest znajduje się w czasopismach z Listy Filadelfijskiej oraz jest wysoko punktowana przez MNiSW Infrastruktura PLGrid Z infrastruktury korzystają: Pracownicy naukowi i dydaktyczni Doktoranci Magistranci w ramach prac dyplomowych Studenci Inne osoby uczestniczące w badaniach naukowych (w tym obcokrajowcy) Histogram liczby publikacji wobec punktacji MNSIW czasopism z Listy Filadelfijskiej

Rozwój PLGrid Dziedzinowe Usługi Nowej Generacji w Infrastrukturze PLGrid dla Polskiej Nauki Centrum Kompetencji w Zakresie Rozproszonych Infrastruktur obliczeniowych Typu Gridowego - PLGridCore

Oferta

Główne usługi

Parametry zasobów obliczeniowych 588 TFLOPS rdzeni 108 TB RAM 5.8 PB dysków

TOP 500 Czerwiec 2015 Lista systemów z Polski 49 - Prometheus (ACK Cyfronet AGH) - 1,65 PFLOPS (PLGrid) 126 – Tryton (TASK) – 0,63 PFLOPS (część dostępna w PLGrid) 135 – Bem (WCSS) – 0,63 PFLOPS (część dostępna w PLGrid) 155 – Centrum Informatyczne Świerk – 0,49 PFLOPS 269 – Zeus (ACK Cyfronet AGH) – 0,37 PFLOPS (PLGRrid) 380 – Orion (ICM) – 0,20 PFLOPS 418 – Nostromo (ICM) – 0,19 PFLOPS

Parametry zasobów obliczeniowych ,5+ PFLOPS rdzeni 300+ TB RAM 15+ PB dysków

Dostępne rodzaje procesorów Intel Xeon 4-, 6-, 12-, 14-rdzeniowe (do 28 rdzeni na węźle) AMD Opteron 6-, 12-, 16-rdzeniowe (do 64 rdzeni na węźle) Akceleratory obliczeń karty GPGPU NVidia Tesla (do 8 kart na węźle) Intel Xeon Phi (do 2 kart na węźle) Różne konfiguracje węzłów obliczeniowych od 8 do 64 rdzeni na węzeł do 512 GB RAM na węzeł vSMP (Intel Xeon) – do 6 TB RAM oraz 768 rdzeni Pełna konfiguracja na stronie: Parametry zasobów obliczeniowych

PLGrid to różne sposoby dostępu do zasobów lokalne systemy kolejkowe na klastrach (CLI oraz GUI) oprogramowania pośredniczące (UNICORE, QosCosGrid, gLite) maszyny wirtualne portale sieciowe (InSilicoLab, GridSpace2, PLG-Data, DataNet,...) Zarządzanie dostępem do usług poprzez Portal Użytkownika PLGrid ( Katalog usług usługi ogólne - usługi dedykowane wybranym dziedzinom nauki Sposoby dostępu

Chemia i Biologia: ADF, AMBER, CFOUR, Dalton, GAMESS, Gaussian, Molcas, Molpro, MOPAC, NWChem, Open Babel, TURBOMOLE, AutoDock/AutoGrid, BLAST, Clustal, Siesta, Quantum Espresso, VASP (na licencjach własnych użytkownków), CPMD, Gromacs, NAMD Fizyka: FLUENT, Meep, OpenFOAM Nanotechnologia: ABINIT, Quantum Espresso, NAMD Interdyscyplinarne: Mathematica, MATLAB, Simulink Kompilatory i narzędzia: Intel, PGI, GNU compilers, MKL, CUDA, MPI, OpenMP, Alinea, Python, R, Ruby Bazy danych Możliwość instalacji dowolnego oprogramowania Oprogramowanie

Rimrock – Robust Remote Process and Job Controller Ułatwia pracę z zadaniami obliczeniowymi na zdalnych zasobach Umożliwia pracę z zadaniami wsadowymi oraz uruchomienie interaktywnej aplikacji dostarcza prostego interfejsu RESTowego do wysyłania i odbioru danych oraz kontroli zadań 19 Rimrock

PLG-Data Dostęp do danych przez przeglądarkę internetową

Lekka aplikacja graficzna do zarządzania zadaniami gridowymi Szerokie portfolio wspieranych aplikacji z chemii obliczeniowej Gaussian GAMESS Molpro Dalton Turbomole ADF CRYSTAL09 integracja z GaussView QCG-Icon

Środowisko pracy z systemem zintegrowanych narzędzi, które: wspomagają zarządzanie złożonymi obliczeniami automatyzują powtarzalne cykle obliczeń umożliwiają w wygodny sposób zarządzanie procesem obliczeń ułatwiają zarządzanie rozproszonymi danymi eksperymentu umożliwiają wspólną analizę rezultatów wielu równoległych obliczeń ułatwiają współpracę pomiędzy badaczami pracującymi nad wspólnymi projektami nie rozpraszają użytkowników wykorzystywaną technologią - bez forsowania zmiany sposobu myślenia naukowców 22 InSilicoLab

Dostępne domeny badawcze Chemia kwantowa oraz biochemia obliczenia pakietami Gaussian, GAMESS, Turbomole Trajectory Sculptor - półautomatyczne przycinanie dużych układów molekularnych (np. wyników symulacji MD) możliwość łączenia obu typów eksperymentów Astrofizyka obliczenia hydrodynamiczne metodami objętości skończonej obliczenia dla konsorcjum Cherenkov Telescope Array (CTA) Geofizyka badania sejsmiczności indukowanej (IS-EPOS) 23 InSilicoLab

Adobe Connect - to cenione na rynku rozwiązanie do prowadzenia telekonferencji do 50 uczestników jednocześnie. Confluence - to przestrzeń typu "wiki” do agregowania wiedzy. Jira - to narzędzie do planowania pracy i śledzenia jej efektów. Stash - oprogramowanie do śledzenia zmian w kodzie źródłowym Narzędzia pracy zespołowej

Dostęp do Infrastruktury

Portal PLGrid Rejestracja elektroniczna przez Portal Użytkownika PLGrid ( Weryfikacja użytkownika na podstawie nr OPI i danych w bazie Ludzie Nauki ( Po rejestracji użytkownik uzyskuje możliwość: Zarządzanie dostępem do usług i wielu aplikacji Monitoring zużycia zasobów Zarządzanie grantami obliczeniowymi Zarządzanie certyfikatami gridowymi Dostęp do wszystkich zasobów przy użyciu jednego konta i jednego hasła (lub certyfikatu gridowego)

Wnioskowanie o zasoby Granty w PLGrid Pakiet na start grant osobisty Grant właściwy negocjowanie zasobów w 5 ośrodkach bezpośrednio z administratorami gotowy formularz wniosku jasne zasady rozliczania grantu gwarancja uzyskania zasobów gwarancja bezpieczeństwa

Co nas wyróżnia?

Szkolenia zdalne - lub z trenerem - informacje na Podręcznik Użytkownika Dostępny online: Wsparcie użytkownika Konsultacje z ekspertami Za pośrednictwem Helpdesk PLGrid: Forum użytkowników

Środowisko InSilicoLab dla chemii obliczeniowej termin: czwartek, godz. 11:00-13:00 miejsce: Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki Uniwersytetu Gdańskiego, ul. Wita Stwosza 57, sala 109 Efektywne wykorzystanie zasobów PLGrid w chemii obliczeniowej termin: piątek, godz. 10:30-12:30 miejsce: Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki Uniwersytetu Gdańskiego, ul. Wita Stwosza 57, sala 109 Zapisy na stoisku PLGridu w trakcie trwania konferencji Możliwości PLGrid – warsztaty na konferencji

Rejestracja: wew. 312