Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d Kolekcja szczepów bakteryjnych Narodowego Instytutu Leków (d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego) w Warszawie Janusz Fiett

Kolekcja założona w roku 1995 w Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) część NIZP, a następnie NIL, w postaci: Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Mikrobiologii Molekularnej i Samodzielnej Pracowni Wirusologii (łącznie w praktyce ok. 20 pracowników naukowych, 3 techników, 5 osób personelu pomocniczego)

Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze „MIKROBANK”

Znaczenie kolekcji Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki

Szczególny charakter, znaczenie i źródła różnorodności bakterii zgromadzonych w kolekcji

Podstawowe fakty (1) Kolekcja liczy blisko 30000 izolatów: międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych) szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu zgłaszaniu szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów naukowych

Podstawowe fakty (2) Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70oC) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach (każde w innej zamrażarce) liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych klimatyzację pomieszczenia zamrażarek wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO2 monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awarii

Podstawowe fakty (3) Wobec przychodzącego materiału: sprawdzana jest czystość miokrobiologiczna często potwierdzana jest przynależność gatunkowa czyniony jest wpis do książki laboratoryjnej szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy danych kolekcji określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub poprzez określenie MIC) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka metodami serologicznymi i wykorzystującymi analizę DNA (PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja)

Problemy (1) brak pracowników, których podstawowym zajęciem jest utrzymanie kolekcji brak informatyka stale i na bieżąco współpracującego z pracownikami związanymi z kolekcją brak awaryjnej, pustej zamrażarki

Problemy (2) trudności z dostosowaniem struktury bazy danych do rzeczywistej różnorodności napływającego materiału skłonność pracowników do „chomikowania swoich danych” – umieszczanie i analiza szczegółowych danych w rozproszonych plikach Excela

Sukcesy i osiągnięcia (1) kolekcja istnieje już 11 lat stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonujący pracownicy zespołu prowadzą Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów)

Sukcesy i osiągnięcia (2) wprowadzono dalsze zmiany w bazie danych kolekcji usprawniające wprowadzanie i analizę danych dzięki finansowaniu KSIB mamy nowy komputer dedykowany do obsługi kolekcji, z monitorem ułatwiającym korzystanie z modułu półautomatycznego wprowadzania danych o minimalnych stężeniach hamujących (MIC)

Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [1]

Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [2]

Określanie wartości minimalnego stężenia hamującego antybiotyków (MIC) – [3]

Sukcesy (3) w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o 2489 izolatach bakteryjnych liczba rekordów udostępnionych do GBIF nie jest może imponująca ale znaczna ich liczba niesie wielki ładunek informacji (dane MLST) nasze dane mają ogromny udział wśród ogółu danych o niektórych gatunkach bakterii dostępnych za pośrednictwem GBIF kolekcja stanowi materialną podstawę dziesiątek publikacji w czasopismach z Listy Filadelfijskiej oraz doniesień zjazdowych

* * * * * * * * * * *

Istotne publikacje w roku 2006 i mające się ukazać w 2007 (1) Szczypa K, Sadowy E, Izdebski R, Strakova L, Hryniewicz W. Group A streptococci from invasive-disease episodes in Poland are remarkably divergent at the molecular level. J Clin Microbiol. 2006 Nov;44(11):3975-9. Epub 2006 Sep 6. Skoczynska A, Kadlubowski M, Wasko I, Hryniewicz W. Characterisation of Neisseria meningitidis C:2b:P1.2,5 isolates in Poland. Clin Microbiol Infect. 2006 Oct;12(10):1027-30. Fiett J, Baraniak A, Mrowka A, Fleischer M, Drulis-Kawa Z, Naumiuk L, Samet A, Hryniewicz W, Gniadkowski M. Molecular epidemiology of acquired-metallo-beta-lactamase-producing bacteria in Poland. Antimicrob Agents Chemother. 2006 Mar;50(3):880-6. Skoczynska A, Kadlubowski M, Knap J, Szulc M, Janusz-Jurczyk M, Hryniewicz W. Invasive meningococcal disease associated with a very high case fatality rate in the North-West of Poland. FEMS Immunol Med Microbiol. 2006 Mar;46(2):230-5. Sadowy E, Skoczynska A, Fiett J, Gniadkowski M, Hryniewicz W. Multilocus sequence types, serotypes, and variants of the surface antigen PspA in Streptococcus pneumoniae isolates from meningitis patients in Poland. Clin Vaccine Immunol. 2006 Jan;13(1):139-44.

Istotne publikacje w roku 2006 i mające się ukazać w 2007 (2) Sadowy E, Izdebski R, Skoczynska A, Grzesiowski P, Gniadkowski M, Hryniewicz W Penicillin-nonsusceptibile Streptococcus pneumoniae in Poland – phenotypic and molecular analysis. Antimicrob Agents Chemother. 2007 Jan; 16(1) Kawalec M, Pietras Z, Danilowicz E, Jakubczak A, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Willems RJ. Clonal structure of Enterococcus faecalis isolated from Polish hospitals: the characterization of epidemic clones. J Clin Microbiol. 2007 Jan;45(1) Livermore DM, Canton R, Gniadkowski M, Nordmann P, Rossolini GM, Arlet G, Ayala J, Coque TM, Kern-Zdanowicz I, Luzzaro F, Poirel L, Woodford N. CTX-M: changing the face of ESBLs in Europe. J Antimicrob Chemother. 2007 Luczak-Kadlubowska A, Krzyszton-Russjan J, Hryniewicz W. Characteristics of Staphylococcus aureus strains isolated in Poland in 1996 to 2004 that were deficient in species-specific proteins. J Clin Microbiol. 2006 Nov;44(11):4018-24. Epub 2006 Sep 27.