ENDOG Monitorowanie zmienności genetycznej w małych populacjach na postawie danych rodowodowych

Wstęp ENDOG Inne programy Autorzy: Juan Pablo Gutierrez Filip Goyache Inne programy CFC - Contribution, Inbreeding, Coancestry EVA Software PyPedal Pedig PMx (Population management) …

Etap I Przygotowanie bazy danych Rola programu – sprawdzenie poprawności danych: powtórzone ID osobnika ten sam osobnik pojawia się jako ojciec i matka rodzice młodsi od potomstwa brak informacji o osobniku, który pojawia się jako rodzic Wszystkie osobniki muszą być uwzględnione w bazie!!!

Etap II Kompletność informacji rodowodowej liczba pełnych generacji  (number of fully traced generations) liczba generacji (g) oddzielających osobnika od najdalszej generacji gdzie 2g przodków jest znana maksymalna liczba generacji (maximum number of generations traced) liczba generacji oddzielających osobnika od najdalszego przodka ekwiwalent kompletnych generacji (equivalent complete generations) ∑ (½)n dla wszystkich znanych przodków osobnika, gdzie n jest liczbą generacji oddzielających osobnika od przodka Kompletność rodowodów dla określonej liczby pokoleń rodzicielskich

Etap III Analiza zmienności genetycznej F - Współczynnik inbredu F - przyrost inbredu na pokolenie Ne - efektywna wielkość populacji liczba osobników, która doprowadziłaby do określonego przyrostu współczynnika inbredu przy jednakowym wkładzie genetycznym każdego z nich dla populacji Ft – średni współczynnik inbredu pokoleniu t M – Liczba samców przystępujących do rozrodu F – Liczba samic przystępujących do rozrodu

Etap III Analiza zmienności genetycznej AR - Współczynnik średniego podobieństwa  (average relatedness coefficient) prawdopodobieństwo, że allel losowo wybrany z populacji należy do wybranego osobnika c - Współczynnik wspólnego pochodzenia (coancestry coefficient, kinship) informuje w jakim stopniu osobniki X i Y są do siebie podobne – prawdopodobieństwo, że ich gamety będą zawierały identyczne allele dzięki pochodzeniu od wspólnych przodków jest równy współczynnikowi inbredu potomstwa zz podobieństwo różnorodność F, AR, c

Etap IV Przodkowie i założyciele Wkład genetyczny (genetic contribution) udział genów danego osobnika w puli genów populacji badanej - prawdopodobieństwo, że losowo wybrane z populacji geny pochodzą od danego osobnika Założyciel - osobnik o nieznanych rodzicach Przodek - osobnik o dużym wkładzie genetycznym dla populacji, niekoniecznie założyciel fe - efektywna liczba założycieli (effective number of founders) fa - efektywna liczba przodków (effective number of ancestors) minimalna liczba założycieli/przodków niezbędna do wyjaśnienia całej zmienności genetycznej w obrębie populacji

Wartość genetyczna osobnika dla populacji GCI (genetic conservation index) Indeks zachowania zmienności genetycznej (genetic conservation index - GCI) jest rozumiany jako wkład genetyczny znanych założycieli populacji do zmienności genetycznej danego osobnika. Gdzie: pi – udział genów założyciela w rodowodzie osobnika Cel: zachowanie jak najpełniejszego zestawu genów populacji bazowej – wybieramy osobniki o jak najwyższym GCI