Podstawy Python
Długość sekwencji #!/usr/bin/perl open MYFILE, 'scafold1.fa'; open MYFILE1, '>dl.txt'; $length=0; $lines=0; while (defined($line=<MYFILE>)){ chomp $line; if ($line =~ /^[GATCN]+$/i){ $length+=length $line; $lines+=1; print MYFILE1 $length, "\n"; } else { print MYFILE1 $line, "\t"; } print "Dlugosc sekwencji: $length\n"; print "Liczba lini: $lines\n"; close MYFILE; close MYFILE1;
FASTA > CSV Wczytanie linii pliku FASTA Jeżeli linia zaczyna się od „>” zapisanie jej do pliku CSV, a następnie przecinka W innym przypadku zapisanie linii do pliku CSV, a następnie końca linii (\n)
FASTA > CSV #!/usr/bin/perl open MYFILE, 'scafold1.fa'; open MYFILE1, '>scafold1a.csv'; while(defined($line=<MYFILE>)){ chomp $line; if ($line=~/^>/) { $new_line=substr $line, 1; print MYFILE1 $new_line, ","; } else { print MYFILE1 $line, "\n"; } print "Zrobione \n"; close MYFILE; close MYFILE1;
Perl vs Python #!/usr/bin/perl open MYFILE, 'scafold_full.fasta'; $length=0; $lines=0; while (defined($line=<MYFILE>)){ chomp $line; $length+=length $line if $line =~ /^[GATCN]+$/i; $lines+=1 if $line =~ /^[GATCN]+$/i; } print "Dlugosc sekwencji: $length\n"; print "Liczba lini: $lines\n"; close MYFILE; #!/usr/bin/python2.7 def num_seq(fasta_file): lines = 0 length = 0 for line in fasta_file.readlines(): if line.startswith('>'): pass else: lines += 1 lenght += len(line) print 'dlugosc sekwencji wynosi: ', length print 'liczba sekwencji wynosi: ', lines def main(): fasta_file = open('scafold1.fa','r') num_seq(fasta_file) print 'done' main()