Izotermiczna amplifikacja kwasów nukleinowych jako szybki test wykrywania wirusów ziemniaka na przykładzie wirusa PVY mgr inż. Joanna Chołuj, mgr inż.

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
Podsumowanie – wykład 3 1. Technologia DNA
Advertisements

Podsumowanie – wykład 4 Metoda amplifikacji 3’i 5’ końców cDNA (RACE PCR) Wektory plazmidowe do klonowania – test selekscyjny białych i niebieskich kolonii.
Podsumowanie - wykład 2 Struktura kwasów nukleinowych ( DNA i RNA)
Równowaga chemiczna - odwracalność reakcji chemicznych
Jak złożyć wniosek ? (GWA) Regionalny Program Operacyjny Województwa Pomorskiego na lata
OPERATORZY LOGISTYCZNI 3 PL I 4PL NA TLE RYNKU TSL Prof. zw.dr hab. Włodzimierz Rydzkowski Uniwersytet Gdańsk, Katedra Polityki Transportowej.
Po co mi te Normy? Prezentacja: Dominik Berliński.
Oznaczanie zawartości rtęci za pomocą analizatora MA-2
Przemiany energii w ruchu harmonicznym. Rezonans mechaniczny Wyk. Agata Niezgoda Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego.
Katarzyna Olech.  POJĘCIE POLA ELEKTRYCZNEGO  WPŁYW POLA ELEKTRYCZNEGO NA KOMÓRKI  ODDZIAŁYWANIE NA CZŁOWIEKA  OBJAWY  NORMY BEZPIECZEŃSTWA  MAKSYMALNE.
Wypadkowa sił.. Bardzo często się zdarza, że na ciało działa kilka sił. Okazuje się, że można działanie tych sił zastąpić jedną, o odpowiedniej wartości.
Prezentacja wyników zawartych w Rocznym sprawozdaniu audytowym za okres od 1 lipca 2012 r. do 30 czerwca 2013 r. Departament Wdrażania Regionalnego Programu.
IEN 2010 © wszelkie prawa zastrzeżone SEMINARIUM Pakiet MATLAB w Zakładzie OGM Możliwości posiadanych produktów.
Jak sobie z nim radzić ?.
Organizacja, przepisy i procedury Na przykładzie Śląskiego OW NFZ Dr n. med. Z Klosa.
Badanie dynamiki zjawisk dr Marta Marszałek Zakład Statystyki Stosowanej Instytut Statystyki i Demografii Kolegium Analiz.
Ocena poziomu kompetencji i umiejętności administracji publicznej w zakresie zarządzania rozwojem i kreowania innowacji Urząd Marszałkowski Województwa.
Analiza spektralna. Laser i jego zastosowanie.
Skuteczności i koszty windykacji polubownej Wyniki badań zrealizowanych w ramach grantu Narodowego Centrum Nauki „Ocena poziomu rzeczywistej.
ZAKŁAD STOSOWANIA I FORMULACJI PESTYCYDÓW Karolina Świech.
Justyna Danielewicz Małgorzata Żak-Skwierczyńska Uniwersytet Łódzki DELIMITACJA WARSZAWSKO-ŁÓDZKIEGO OBSZARU FUNKCJONALNEGO W STRATEGII ROZWOJU WARSZAWSKO.
Charakterystyka porównawcza hormonów
Informacja na temat projektu informatycznego „Centralizacja przetwarzania danych” V Krajowa Konferencja System Informacji Przestrzennej w Lasach Państwowych.
Od recesji do koniunktury.. Podstawowe pojęcia. Recesja – zjawisko makroekonomiczne polegające na znacznym zahamowaniu tempa wzrostu gospodarczego, skutkujące.
Energia słoneczna i ogniwa paliwowe Patryk Iwan ZiIP I mgr Gr III.
Promieniowanie jądrowe Faustyna Hołda Fizyka współczesna ZiIP, GiG.
Promieniowanie jonizujące. Co to jest promieniotwórczość?
Temat 10: Metody pomiaru temperatury Battulga Naranbaatar Wydział Górnictwa i Geoinżynierii Kierunek Górnictwo i Geologia Rok I - studia magisterskie Grupa.
MODUŁ OBSŁUGI PRAC I ZADAŃ URZĄDZENIOWO-ROLNYCH Zapraszamy na prezentację.
Sorbenty teoria i praktyka stosowania w zabezpieczeniu na terenie zakładu bryg. mgr inż. Bogusław Dudek Główny specjalista KW PSP w Katowicach Brenna,
ODDZIAŁYWANIE EKOLOGICZNEGO I INTEGROWANEGO SYSTEMU UPRAWY NA ZAWARTOŚĆ ŻELAZA, CYNKU I MANGANU W BULWACH ZIEMNIAKA 1Barbara Sawicka, 2Piotr Barbaś 1Pracowania.
Wykrywanie wirusa Y ziemniaka w bulwach i kiełkach
ŻYWIEC 1-szy marca 2017 WDRAŻANIE PROGRAMU INWESTYCYJNEGO:
Temat: Właściwości magnetyczne substancji.
Pharmanex® Bone Formula
Wykład IV Zakłócenia i szumy.
Systemy wizyjne - kalibracja
Działania Edukacyjne w zakresie Wspólnego systemu Segregacji odpadów
Inż. Marcin Dłużewski
T7. Reengineering a inne programy usprawnień.
EGZAMIN GIMNAZJALNY kwiecień 2017
System wspomagania decyzji DSS do wyznaczania matematycznego modelu zmiennej nieobserwowalnej dr inż. Tomasz Janiczek.
Konkurencyjność w dobie globalizacji
Egzamin gimnazjalny w klasach III gimnazjum 19 kwietnia 2017
Biznesplan – jak LGD może wesprzeć wnioskujących
Wykorzystanie techniki mikromacierzy DNA oraz sekwencjonowania nowej generacji w identyfikacji predyspozycji genetycznych do raka jelita grubego . Odważna.
Ten projekt został zrealizowany przy wsparciu Komisji Europejskiej
(Imię i nazwisko) (specjalność) Słupsk (data obrony 2017)
Postępowanie okołooperacyjne w leczeniu przeciwzakrzepowym podczas implantacji lub korekty CIED: europejski sondaż procedur związanych z kardiologicznymi.
Analiza problemów zgłoszonych do zespołu ds
Przeprowadzenie doświadczenia Prawo Archimedesa – od czego zależy siła wyporu? Mgr Rafał Jankowski Maksymilian Kowalczyk, Kevin Lewicki, Miłosz Żółtewicz.
Silniki bezszczotkowe prądu stałego
STOWARZYSZENIE OSTRZSZOWSKIE CENTRUM PRZEDSIĘBIORCZOŚCI
DOBRY START szkolenia dla usługodawców osób niepełnosprawnych
Wytrzymałość materiałów
PRZYKŁADY Metody obrazowania obiektów
Portale Korporacyjne (Enterprise Portals)
Studium przypadku Kontaminacja wewnątrz karetek, pojazdów szpitalnych, wózków do przewozu pacjentów i innego sprzętu Testy przeprowadzone przez Walijskie.
Wyniki ankiety oceny jakości kształcenia przeprowadzonej wśród nauczycieli w roku akademickim 2016/2017 Realizując zadania wynikające z Wewnętrznego Systemu.
Połączenia rozłączne:
Fizyczne Podstawy Teledetekcji Wykład 4
Porównywanie średnich prób o rozkładach normalnych (testy t-studenta)
Zygmunt Kubiak Instytut Informatyki Politechnika Poznańska
Sterowanie procesami ciągłymi
Zakład Hydrotechniczny Rudna 26 styczeń 2017
KURS STRAŻKÓW RATOWNIKÓW OSP TEMAT 7: Zadania strażaków w zastępie
KURS STRAŻKÓW RATOWNIKÓW OSP TEMAT 7: Zadania strażaków w zastępie
Zapis prezentacji:

Izotermiczna amplifikacja kwasów nukleinowych jako szybki test wykrywania wirusów ziemniaka na przykładzie wirusa PVY mgr inż. Joanna Chołuj, mgr inż. Bogumiła Zacharzewska, dr Krzysztof Treder IHAR-PIB, ZNiOZ w Boninie Dźwirzyno 2016

LAMP – Loop-mediated isothermal amplification Izotermiczna metoda amplifikacji DNA Wykorzystuje 6 par starterów: wewnętrzne FIP BIP, zewnętrzne F3 B3, zapętlające LoopF LoopB Stosowana polimeraza posiada aktywność zastępowania nici RT-LAMP - reakcja odwrotnej transkrypcji umożliwia stosowanie metody LAMP do detekcji RNA

Zasada działania reakcji LAMP http://loopamp.eiken.co.jp/e/lamp

http://loopamp.eiken.co.jp/e/lamp

Izolacja RNA z wykorzystaniem cząstek magnetycznych Materiał roślinny Homogenizacja Pobranie soku Ekstrakcja RNA Dodanie cząstek magnetycznych Zawiesina cząstek i buforu

Izolacja RNA Umieszczenie w statywie magnetycznym Przyłączenie kulek do magnesu Zebrane kulki magnetyczne Przepłukiwanie Suszenie Preparat RNA

Porównanie opracowanych starterów (Y4, Y5) ze starterami literaturowymi Nie X. 2005. Phytopathology, Almasi M.A., Moradi A., Nasiri J., Karami S., Nasiri M. 2012. Journal of Phytopathology Przewodowska A., Zacharzewska B., Chołuj J., Treder K. 2015 American Journal of Potato Research

Detekcja i wizualizacja produktów LAMP Pomiar fluorescencji w czasie rzeczywistym Metoda kolorymetryczna

Pomiar fluorescencji w czasie rzeczywistym Koncentracja RNA w pg/ul

Metoda kolorymetryczna HNB + Mg 2+ HNB Reakcja LAMP Mg + pirofosforan

Metoda kolorymetryczna 10 1 0,1 0,01 0,001 0,0001 KN ślepa Koncentracja RNA w pg/ul

Metoda kolorymetryczna Koncentracja RNA w pg/ul 1000 100 10 1 0,1 0,01 KN ślepa

Wnioski Czułość metody LAMP z pomiarem fluorescencji jest taka sama jak metody LAMP kolorymetrycznej Test kolorymetryczny nie wymaga stosowania dodatkowego sprzętu (wynik obserwowany gołym okiem) Konieczne są dalsze prace związane z wyeliminowaniem etapu izolacji RNA w celu przystosowania metody LAMP do badań polowych

Dziękuję za uwagę