mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk

Prezentacja na temat: "mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk"— Zapis prezentacji:

1 mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk
Krajowa Sieć Informacji o Bioróżnorodności spotkanie sprawozdawcze Warszawa 15.XII CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW „ColIBB” INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN Pawińskiego 5A, Warszawa mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk

2 2000 r Zbiór unikalnych szczepów skonstruowanych przez pracowników i studentów IBB Źródło informacji

3

4 KSIB - ColIBB Zakup materiałów niezbędnych do deponowania i przechowywania szczepów bakteryjnych i drożdżowych: raków, pudełek i fiolek kriogenicznych, także sprzętu komputerowego, zasilacza UPS Informatyk, opiekun kolekcji

5

6 CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB”

7 CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB”
KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH 2605 REKORDY (311 w przygotowaniu) KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH 3422 REKORDY (178 w przygotowaniu) KOLEKCJA PLAZMIDÓW 1624 REKORDY (495 w przygotowaniu) KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW IZOLATY ŚRODOWISKOWE (300 rekordów w przygotowaniu) Euroscarf

8 KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH
ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy segregacja chromosomów w bakteriach G+ G- segregacja plazmidów ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW I MAPOWANIA MUTACJI kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach na chromosomie

9 KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH
SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW FARMACEUTYCZNYCH Lactobacillus rhamnosus , Streptococcus equisimilis ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH Staphylococcus aureus ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, Lambda

10 Lactococcus cremoris Lactococcus garvieae Lactococcus hordniae Lactococcus lactis ok.1000
Lactococcus raffinolactis Salmonella typhimurium Staphylococcus aureus Streptococcus agalactiae Streptococcus bovis Streptococcus equisimilis Streptococcus thermophilus Bacillus subtilis ok.100 Bifidobacterium longum Enterococcus faecalis Escherichia coli ok.1000 Lactobacillus sp. Lactobacillus casei Lactobacillus paracasei Lactobacillus plantarum Lactobacillus rhamnosus

11 KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH
ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych transport wewnątrzkomórkowy regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA) translacja mitochondrialna inne

12 KOLEKCJA PLAZMIDÓW PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja plazmidów transport wewnątrzkomórkowy segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa) PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW BAKTERIOFAGÓW P1 I P7 PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCH O SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI WEKTORY LINIOWE WEKTORY EKSPRESYJNE

13 KOLEKCJA IZOLATÓW ŚRODOWISKOWYCH
Izolaty z terenów skażonych z okolic kopalni: Złoty Stok, Szklary, Olkusz Grupa bakterii opornych na wysokie stężenia Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda, skały, osady) – tworzą maty i biofilmy Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty Stok Konieczność dokumentacji fotograficznej

14 KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW
Unikalna kolekcja bakteriofagów bakterii mlekowych, enterobakterii i gronkowców Badania nad genomiką i biologią fagów umożliwią wykorzystanie ich potencjału bakteriotoksycznego i przemysłowego Wymagająca nowych rozwiązań deponowania i przechowywania

15

16 W PLANACH Przebudowa bazy danych usprawniająca wprowadzanie i wyszukiwanie danych Współtworzenie sieci informacji o referencyjnych szczepach bakteriofagowych oraz bakteriofagach Rozbudowa bazy danych dotyczących Bakteriofagów (współpraca z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów) oraz Izolatów Środowiskowych Zakup niezbędnych materiałów do deponowania bakteriofagów oraz liofilizacji i dokumentacji fotograficznej izolatów środowiskowych Dostosowanie formatu bazy danych ColIBB do standardów międzynarodowych

17 Dziękuję za uwagę