Mapowanie locii cech ilościowych QTL

Prezentacja na temat: "Mapowanie locii cech ilościowych QTL"— Zapis prezentacji:

1 Mapowanie locii cech ilościowych QTL

2 Cechy ilościowe vs Cechy jakościowe
Rozkład ciągły, krzywa Gausa Plon, masa, wysokość itp. Determinowane poligenicznie QTL Rozkład dyskretny Kolor nasion, kształt nasion, kolor kwiatów itp. Determinowane przez pojedyncze geny Markery sprzężone z cechą

3 Poopulacja mapująca Genotypowanie populacji mapującej Fenotypowanie
populajci mapującej Mapa Genetyczna QTL

4 Populacje mapujące F2; AA, Aa, aa RIL; AA, aa DH; AA, aa
BC; AA Aa lub aa Aa

5 F2/RIL P1 X P2 F1 F1 X F2

6 BC P1 X P2 F1 P1 X BC1

7 Mapowanie QTL w eksperymentalnych populacjach
Krzyżowania eksperymentalne pozwalają na znalezienie zleżności pomiędzy markerami DNA, a cechami fenotypowymi pozwlającymi na identyfikację loci cech ilośicowych (QTL) QTL Covariates Marker Trait

8 Modle i załorzenia Barak zakuceń procesu rekombinacji Niezależność
Rozkład normalny yi|X ~ N(X, X2) Homoskedastyczność X2 = 2

9 Mapowanie interwałowe
L Q R l q r Pr{QQ|LL,RR}=(1-rL)(1-rR)/(1-r) Pr{QQ|LL,Rr}=(1-rL)rR/r Pr{QQ|Ll,RR}=rL(1-rR)/r Pr{QQ|Ll,Rr}=rLrR/(1-r) Pr{Qq|LL,RR}=rLrR/(1-r) Pr{Qq|LL,Rr}=rL(1-rR)/r Pr{Qq|Ll,RR}=(1-rL)rR/r Pr{Qq|Ll,Rr}=(1-rL)(1-rR)/(1-r)

10 Wskaźnik LOD -

11 Krzywa LOD Profil prawdopodobieństwa
Wyraźny pik jest interpretowany jako QTL 1.5-LOD wspiera mapowanie interwałowe

12

13 Dystrybucja LOD Symulacje komputerowe Permutacje lub bootstrap
Typ krzyżowania Wielkość genomu Liczba i odległości pomiędzy markerami Liczba obiektów z brakiem wyniku genotypowania Prawdziwa dystrybucja fenotypu Permutacje lub bootstrap

14 Mapowanie Interwałowe
Zalety Bierze pod uwagę brakujące dane (bardziej wiarygodne podejście) Interpoluje pozycje pomiędzy markerami Dostarcza wsparcia dla interwałów Dostarcza bardziej dokładnego określenia efektu QTL na cechę Wady Wymaga dużych mocy obliczeniowych komputerów Polega na mapach genetycznych dobrej jakości (słaba mapa = złe wyniki QTL) Trudności w wprowadzeniu kowariancji

15

16 Genotypowanie populacji łubinu wąskolistnego metodą DArTseq

17 Wyniki genotypowania Nazwa Ogólna liczba markerów
Powtarzalność (średnia) Liczba markerów użytych do mapowania Średnia liczba linii w typie "Emir" Średnia liczba linii w typie "LAE-1" Średnia liczba linii z brakiem wyniku genotypowania Markery typu PAV (silicoDArT) 3737 99,72% 1987 53% 42,4 50,2% 42,0 49,8% 4,6 5% Markery typu SNP (SNP_DArT) 2008 99,34% 1152 57% 42,3 50,1% 42,2 49,9% 4,5 Ogólnie (PAV i SNP) 5745 99,53% 3139 55% 42,35 42,1

18 Fenotypowanie populacji mapującej łubinu wąskolistnego

19 Utworzenie mapy genetycznej
MAPA Długość [cM] 837 Maksymalny dystans między dwoma loci [cM] 16,72 Średnia dystans między dwoma loci [cM] 0,34 Liczba loci [n] 2472 Liczba markerów [n] 2566

20 Analizy QTL Formowanie I pary liści Nazwa markera LG Pozycja ci.low
ci.high LOD c7.loc40 7 40 34 51.5 3.3 Formowanie II pary liści 35 54.5 3.02 Pąkowanie c7.loc42.5 42.5 39.0 43.5 7.86 M2558 57.5 20 3.09 c20.loc5.5 5.5 2.5 9.5 5.53 Kwitnienie kwiatostanu pędu głównego M1298 5 18 13.5 35.5 3.13 36.5 3.83 Kwitnienie kwiatostanów pędów bocznych M3306 3 12.3 3.5 14 4.34 c3.loc20 1.2 6 Zawiązywanie strąków na pędzie głównym c3.loc11.5 11.50 7.5 14.0 6.37 2 11 3.82 c13.loc10 13 10.00 14.5 4.56 M4182 8.48 11.5 3.01 Zawiązywanie strąków na pędach bocznych c3.loc12 12 6.67 3.60

21 Analizy bioinformatyczne
LG Cechy/fazy Markery (numer) Białka zidentyfikowane przez analizę BLAST (funkcja białka) 1 Liczba okółków na pędzie głównym 4724, 4585, 1835, 1916, 1872, 1133, 4248, 1987, 984 białko szoku cieplnego, białko rodziny WEB 3 Kwitnienie kwiatostanów pędów bocznych, zawiązywanie strąków na pędzie głównym, liczba rozgałęzień I-go rzędu 3306, 1193, 463, 3334, 2124, 1107, 3979, 3311 kinaza fosfatydyloinozytulu (synteza fosforanoinozytoli), białko błonowe 63 (nieznana funkcja), białko z domenom alfa/beta-hydrolazy (nieznana funkcja), białko cytoplazmatyczne z motywem seronino/argininowym (nieznana funkcja), sprzężony protonowo transporter aminokwasów (metabolizm aminokwasów), syntaza 3-hydroksy-3-metylglutaryl koenzymu A (enzym szlaku mewalonowego) Kwitnienie kwiatostanów pędów bocznych zawiązywanie strąków na pędzie głównym 990, 3351 - 4 Długość kwiatostanu na pędach bocznych, liczba okółków na pędzie bocznym 2303, 2373, 2424, 747, 2482, 2509, 2534, 601, 552, 3185, 2490, 3221, 2428, 629, 546, 4357, 3474, 4645, 3200, 2484 hexokinaza (przekazywanie sygnałów), element retrotranspozonu.