Komputerowa analiza sieci genowych (GRN) Agnieszka Marmołowska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro
Przypomnienie Gene regulatory network – sieć genów komórki, które wpływają na siebie
Selektywność (assortativity) Parametr określający, czy wierzchołki o wysokich stopniach „lubią” łączyć się z ze sobą Różne wzory Różny zakres wartości
Selektywność Ilustracja Brak korelacji A = 0 A = 0.26 A = 0.43 Maksymalna (dla sieci o takim rozkładzie stopni) korelacja A = 0.62
Selektywność Neighbour connectivity Wzór funkcji Funkcja rosnąca – assortative network Funkcja malejąca – disassortative network
Neighbour connectivity Przykład Assortative
Neighbour connectivity Przykład Steel assortative
Neighbour connectivity Przykład Disassortative
Współczynnik selektywności Pearson correlation coefficient Wzór r jest znormalizowane
Współczynnik selektywności Przykład r = 1 r = 0,849
Współczynnik selektywności Przykład r = -0,111 r = -0,714
Współczynnik selektywności Sieci z życia Sieci społeczne – assortative Sieci techniczne/biologiczne – disassortative Dlaczego tak jest?
Współczynnik klasteryzacji Wzór u – wierzchołek k – stopień wierzchołka u e – ilość krawędzi łączących k sąsiadów u C – średni współczynnik klasteryzacji dla wszystkich wierzchołków C(k) – średni współczynnik klasteryzacji dla wierzchołków o stopniu k
Współczynnik klasteryzacji Zbadano: Sieci metabolicznych 43 organizmów Sieci interakcji białek (S. cerevisiae, H. pylori, E. coli, C. elegans) Regulacyjnych sieci genowych (S. Cerevisiae) C(k)~k -1 Wnioski: Pojedyncze moduły składają się z gęsto zgrupowanych wierzchołków o relatywnie niskim stopniu Moduły są połączone przez centralne wierzchołki o wysokim stopniu