ENDOG Monitorowanie zmienności genetycznej w małych populacjach na postawie danych rodowodowych

Wstęp ENDOG –Autorzy: Juan Pablo Gutierrez Filip Goyache Inne programy –CFC - Contribution, Inbreeding (F), Coancestry –EVA Software –PyPedal –Pedig –PMx (Population management) –…

Rola programu – sprawdzenie poprawności danych: –powtórzone ID osobnika –ten sam osobnik pojawia się jako ojciec i matka –rodzice młodsi od potomstwa –brak informacji o osobniku, który pojawia się jako rodzic Wszystkie osobniki muszą być uwzględnione w bazie!!! Etap I Przygotowanie bazy danych

liczba pełnych generacji (number of fully traced generations) liczba generacji (g) oddzielających osobnika od najdalszej generacji gdzie 2 g przodków jest znana maksymalna liczba generacji (maximum number of generations traced) liczba generacji oddzielających osobnika od najdalszego przodka ekwiwalent pełnych generacji ( equivalent complete generations) ∑ (½) n dla wszystkich znanych przodków osobnika, gdzie n jest liczbą generacji oddzielających osobnika od przodka Kompletność rodowodów dla określonej liczby pokoleń rodzicielskich Etap II Kompletność informacji rodowodowej

F - Współczynnik inbredu –  F - przyrost inbredu na pokolenie N e - efektywna wielkość populacji –liczba osobników, która doprowadziłaby do określonego przyrostu współczynnika inbredu przy jednakowym wkładzie genetycznym każdego z nich dla populacji M – Liczba samców przystępujących do rozrodu F – Liczba samic przystępujących do rozrodu Ft – średni współczynnik inbredu pokoleniu t Etap III Analiza zmienności genetycznej

AR - Współczynnik średniego podobieństwa (average relatedness coefficient) prawdopodobieństwo, że allel losowo wybrany z populacji należy do wybranego osobnika c - Współczynnik wspólnego pochodzenia (coancestry coefficient, kinship) informuje w jakim stopniu osobniki X i Y są do siebie podobne – prawdopodobieństwo, że ich gamety będą zawierały identyczne allele dzięki pochodzeniu od wspólnych przodków jest równy współczynnikowi inbredu potomstwa F, AR, c różnorodność podobieństwo Etap III Analiza zmienności genetycznej

Etap IV Przodkowie i założyciele Wkład genetyczny (genetic contribution) udział genów danego osobnika w puli genów populacji badanej - prawdopodobieństwo, że losowo wybrane z populacji geny pochodzą od danego osobnika Założyciel - osobnik o nieznanych rodzicach Przodek - osobnik o dużym wkładzie genetycznym dla populacji, niekoniecznie założyciel f e - efektywna liczba założycieli (effective number of founders) f a - efektywna liczba przodków (effective number of ancestors) minimalna liczba założycieli/przodków niezbędna do wyjaśnienia całej zmienności genetycznej w obrębie populacji

Wartość genetyczna osobnika dla populacji GCI (genetic conservation index) Indeks zachowania zmienności genetycznej (genetic conservation index - GCI) jest rozumiany jako wkład genetyczny znanych założycieli populacji do zmienności genetycznej danego osobnika. Gdzie: p i – proporcja genów założyciela w rodowodzie osobnika Cel: zachowanie jak najpełniejszego zestawu genów populacji bazowej – wybieramy osobniki o jak najwyższym GCI