Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Jagiellońskie Centrum Innowacji Justyna Morawska - Płoskonka

Jagiellońskie Centrum Innowacji pionierem kompleksowego wsparcia branży BIO w kraju i regionie Justyna Morawska-Płoskonka Menedżer ds. projektów badawczych

SPÓŁKA Jagiellońskie Centrum Innowacji Sp. z o.o. (JCI) jest podmiotem utworzonym w 2004 r., w którym 100% udziałów ma Uniwersytet Jagielloński. Zapewnia kompleksowe wsparcie dla innowacyjnych projektów naukowo-badawczych branży life science. Zarządzanie Infrastrukturą Life Science Park Inwestycje kapitałowe Edukacja i badania kontraktowe Budowanie i rozwój powiązań kooperacyjnych

Infrastruktura

PARK LIFE SCIENCE BIOINKUBATOR - 8 000 m2 DOSTĘPNY OD 2013 BUDYNEK III – 6 000 m2 DOSTĘPNY OD 2013 BUDYNEK I 6 000 m2 UKOŃCZONY W 2008 Ponad 1000 m2 powierzchni wspólnych (sale konferencyjne, magazyny, ciągi techniczne) Elastyczne powierzchnie, gotowe do dowolnej adaptacji wg potrzeb Lokatorów, GLP, GMP, lab chemiczne Wysokie kondygnacje (4,75 m) i podwyższona nośność podłóg (do 2000 kg/m2) System HVAC i możliwość do 22 wymian powietrza na godzinę, (np. 9 dygestoriów na 100 m2 ) Ochrona przeciwpożarowa oparta na systemie mgły wodnej HI-FOG Możliwość adaptacji powierzchni laboratoryjnej do standardu BioSafety Level - 3 Kompleks przeznaczony pod wynajem powierzchni laboratoryjnej i biurowej dla firm z sektora life science oraz zespołów badawczych realizujących innowacyjne projekty.

Inny sposób realizacji projektu badawczego – badania zlecone Procedowanie projektu Przewaga konkurencyjna: Maksymalne skrócenie czasu oczekiwania na wyniki! ocena jakości i bezpieczeństwa stosowania produktów leczniczych preparatów kosmetycznych i suplementów diety ANALIZA problemu badawczego OFERTA zakres prac, czas realizacji, koszty BADANIA realizacja zlecenia Specjalizacja Zlecanie badań podmiotom zewnętrznym to szansa na rozwój innowacji dla tych firm, które nie posiadają własnego działu badawczo-rozwojowego lub ich pion badawczy nie dysponuje odpowiednią aparaturą i wiedzą ekspercką. Pierwszym etapem procesu realizacji badań jest analiza potrzeb oraz zgromadzenie zespołu odpowiedzialnego za wykonanie zadań. Następnie, we współpracy z naukowcami, opracowywana jest metodologia, której towarzyszy sporządzenie wyczerpującego kosztorysu. Proces przygotowania badań kontraktowych w modelu stosowanym przez JCI został maksymalnie uproszczony, wpływając tym samym na skrócenie czasu realizacji projektu – minimalizacja czasu eksperymentu badawczego

Finansowanie innowacji

Wsparcie projektów naukowych o potencjale wdrożeniowym na bardzo wczesnym etapie rozwoju, prowadzonych przez jednostki naukowe i/lub przedsiębiorstwa. www.knowledgeexchange.iamscientist.com

POSZUKUJEMY WYJĄTKOWYCH PROJEKTÓW! Konsorcjum aplikujące o finansowanie Partner konsorcjum Jednostka naukowa/przedsiębiorca Lider konsorcjum Jagiellońskie Centrum Innowacji Wykonawca Jagiellońskie Centrum Innowacji

Pozyskane Granty w ramach konsorcjum: "Nowa terapia przeciwnowotworowa oparta na modyfikowanym genetycznie szczepie bakterii Salmonella". „Synteza i nowa technologia produkcji leku zawierającego inhibitor 5α reduktazy”. Uruchomienie laboratorium oraz opracowanie 5 linii do produkcji leków biopodobnych Wsparcie finansowe 4 122 305 PLN Wsparcie finansowe 5 586 190 PLN. Wsparcie finansowe ok. 1 000 000 PLN.

Rozwój kompetencji zawodowych i networking

„Biznes w biotechnologii” Idea studiów podyplomowych zrodziła się z obserwacji i doświadczenia braku managerów zdolnych do prowadzenia przedsięwzięć biznesowych w rozwijającej się branży life science w Polsce. Głównym atutem studiów jest oparcie programu studiów na zajęciach praktycznych oraz analizach przypadków. Ponad 60% zajęć odbywa się w formie warsztatów!

Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej Instytut Socjologii UJ Efekt działalności studiów: 3 osoby założyły własną firmę 6 osób je na etapie konstrukcji biznesplanów 3 osoby po gwarantowanych stażach zostały zatrudnione w Polpharmie Biologics

Relacje i powiązania Grupy JCI Administracja i zarządzanie stowarzyszeniami branżowymi Współpracy z uczelniami Spółki portfelowe JCIV

JCI jako partner odpowiedzialne będzie za m.in.: Organizację realizacji prac doktorskich na zlecenie przemysłu Organizację staży dla naukowców w przedsiębiorstwach Pozyskanie dodatkowego finansowania na projekty B+R Wsparcie kompetencji pracowników naukowych (studia podyplomowe, doktoranckie)

Zapraszamy do współpracy! justyna.morawska@jci.pl +48 512 032 476

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków EuroMD Dennis Belichenko

Health in the 21st Century Health in the 21st Century ~~ ~:=.. t}= Ill Myproflle £1 Medical portal Q. Sltesfl!lrch NEWS lllEDICALTOIJRl8M DISEA8E8AltDCOND1TIOH8 NEALTllY(llJIDE8 NEALTllYLMN(I ESTNETICSAflDNUTIUflON 111._0GS Latest posts DD Popular topics Lab Tests & Diagnostics soon could be done from home Cueislhestarlupfouridedby a gmduateofUniv""'ifyofCalif omia AyubKhattak.Themainpmd uct ~~ ~:=.. t}= Ill ~~---~ii~-- 0; ~-·-- "11 =-·- I -=-- rill 5:.'=.-- IE=-- Ill;-;:.;.,.~-

Sections of the Portal: News, Articles, Images, Blogs and other Media Medical and Wellness Tourism Services and Functionality Online and Phone Consultations Health-Conscious Lifestyle Cross-Language Medications Database Diseases and Disorders Encyclopedia EuroMD is multi-language Internet health portal that will provide unique and reliable health information, research, and news services etc.

Healthy Guides Our Audience: Our Mission: Over 500m EU and CIS residents The Resource will contain and continuously add convenient services and functions Our Mission: Educate and inform people about their health Promote healthly lifestyle Help people make important medical decisions Find the best medical solutions for their need We envision EuroMD to become a complete health information and management solution for our users and visitors

Communication Channels Search Engine Enquiries Portal Audience News/Articles, RSS Partner Sites Forums / Blogs Email Lists Educational Webinars Social networks Context Advertising YouTube, Vimeo

Medical Tourism Induced by : Global growth in the flow of patients and health professionals Medical technology Regulatory regimes across national borders EHR will foster medical information exchange among involved parties. Our users will be able to select a Procedure, Country, and Provider for their need, receive and analyze all the relevant information to make best decision.

Telemedicine Telemedicine is the future of global healthcare. Diagnostic station Physician Patients Telemedicine is the future of global healthcare. Specialist network Telemedecine and EHR

Electronic Health Records (EHR) Improve quality and convenience Practice management Pharmacies Records (EHR) Improve quality and convenience of patient care Increase patient participation in their care Improve accuracy of diagnoses and health outcomes Improve care coordination Increase practice efficiencies and cost savings Access by multiple health providers Efficiency, Education, and Data Security Labs/Radiology Patients portal Cloud data center Medical records Increase patient flow Billing

Searching for Partnerships Regional Partnerships and Alliances: Create synergy by developing innovational ideas with LifeScience Klaster Companies Increase visibility of BioTech and MedTech companies with cutting-edge innovational content for the public via our platform Achieve high user base and visitor traffic growth Deep integration with local market players Enhance our strategicaldevelopment of EU market with partners’ expertise Attract top advertising $ from firms serving local markets

Searching for Partnerships Our Offers to Klaster: Enhance Visibility and Popularity of Klaster Companies on EU Market Аttract Contractors for Clinical Testing / Lab Outsourcing / Product Development Сonduct online tests / surveys Improve co-marketing efforts Our Goals: Design and development of EuroMD Products and Functionality with expert innovational help popularization of the Klaster on the European mkt Improve Medical Tourism in Poland Cutting edge content Build relationships with educational and research institutions

Questions / Comments ?

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Elpharma Elżbieta Bętkowska-Ożóg

Elżbieta Bętkowska-Ożóg Kraków, 30 maja 2014 Uwarunkowania skuteczności zarządzania jakością w branży farmaceutycznej Elżbieta Bętkowska-Ożóg Kraków, 30 maja 2014

Czym jest jakość? Jak ją mierzyć?

Zapewnienie Jakości Zarządzanie Jakością Quality Assurance; QA – planowe i systematyczne działania niezbędne do zapewnienia spełnienia wymagań jakości końcowego produktu w procesie jego tworzenia Zarządzanie jakością (Quality management): skoordynowane działania dotyczące kierowania organizacją i jej nadzorowania, system ustanawiający politykę i cele jakości oraz ustanawiający sposób osiągania tych celów, służący do kierowania organizacją Zarządzanie Jakością

Co jest kluczem do skutecznego zarządzania jakością?

Procesowe podejście do zarządzania

CYKL DEMINGA

Rola lidera w zarządzaniu jakością Kreowanie misji i wizji Wyznaczanie celów Planowanie zasobów Określanie odpowiedzialności Kierowanie Nadzór nad realizacją celów Motywowanie

Czym jest GMP? Cel: Zmniejszenie ryzyka związanego z wytwarzaniem → zapewnienie odpowiedniej jakości leku, zapewnienie ludziom bezpieczeństwa stosowania oraz oczekiwanego działania terapeutycznego GMP Good Manufacturing Practice Dobra Praktyka Wytwarzania Zapewnienie powtarzalności jakości produktu Zapobieganie zanieczyszczeniom produktu lub surowca

GMP - Podstawy prawne DYREKTYWA 2001/83/WE PARLAMENTU EUROPEJSKIEGO I RADY z dnia 6 listopada 2001 r. w sprawie wspólnotowego kodeksu odnoszącego się do produktów leczniczych stosowanych u ludzi DYREKTYWA KOMISJI 2003/94/WE z dnia 8 października 2003r. ustanawiająca zasady i wytyczne dobrej praktyki wytwarzania w odniesieniu do produktów leczniczych stosowanych u ludzi oraz produktów leczniczych stosowanych u ludzi, znajdujących się w fazie badań Good manufacturing practice (GMP) Guidelines Ustawa Prawo Farmaceutyczne Rozporządzenie Ministra Zdrowia ws Wymagań Dobrej Praktyki Wytwarzania

CASE STUDY Realizacja projektu szkoleniowo-doradczego w wytwórni chemicznej   Zakres działań ↓ szkolenia specjalistyczne szkolenia miękkie doradztwo specjalistyczne coaching specjalistyczny coaching menedżerski

Sytuacja wyjściowa brak opracowanych i wdrożonych procedur GMP luki kompetencyjne personelu kluczowego w zakresie zarządzania / wprowadzenie i adaptacja do zmian, komunikacja interpersonalna, budowanie zespołu, zarządzanie personelem, motywacja i automotywacja opór wobec koniecznych zmian

Proces tworzenie wewnętrznych procedur analiza przebiegu zachodzących procesów budowanie zespołu projektowego cykl szkoleń – podniesienie kompetencji personelu doradztwo i coaching – udzielenie wsparcia w oparciu o pracę na konkretnych problemach

Zaobserwowane zmiany wdrożenie systemu zarządzania podniesienie efektywności zespołu projektowego wzmocnienie roli liderów zespołu adaptacja do zmian: wzrost odpowiedzialności i postawy proaktywnej

Akademia GMP autorski projekt całościowo rozwijający kompetencje w zakresie Dobrej Praktyki Wytwarzania kompleksowość wiedza z zakresu zarządzania przez jakość (TQM) szkolenia rozwijające kompetencje psychospołeczne niezbędne do wdrożenia pozyskanej wiedzy w praktyce udział i superwizja trenerów z międzynarodowym certyfikatem trenerskim szeroki zakres: od analizy potrzeb uczestników po ewaluację i opiekę merytoryczną po zakończeniu projektu.

Korzyści zdobycie lub pogłębienie wiedzy z zakresu GMP dostęp do najświeższych informacji oraz wytycznych z zakresu Dobrej Praktyki Wytwarzania możliwość konsultacji ze specjalistami i omówienia konkretnych przypadków problemowych z praktyki zawodowej

podejście kompleksowe: ELPHARMA podejście kompleksowe: audity szkolenia doradztwo specjalistyczne dedykowane branży farmaceutycznej menedżerskie - jako element wspierający implementację twardych narzędzi psychospołeczne – wsparcie dla liderów i zespołów

ELPHARMA współpraca z kadrą uniwersytecką praca w oparciu o Brytyjskie Standardy Kompetencji w Zakresie Treningu, Uczenia się i Rozwoju Osób Dorosłych ścisła specjalizacja, szerokie spektrum wiedzy wieloletnia obecność w branży farmaceutycznej diagnoza luk kompetencyjnych w obszarze zarządzania, które utrudniają wdrażanie specjalistycznych rozwiązań z zakresu GMP

DZIĘKUJĘ ZA UWAGĘ ! Kontakt: Elżbieta Bętkowska-Ożóg tel. 691 65 65 96 email: ebetkowska@elpharma.pl

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II Joanna Natorska

Prezentacja projektu „Rozwój Krakowskiego Centrum Badań i Technologii Medycznych” Joanna Natorska: tel. 31 43; e-mail: j.natorska@szpitaljp2.krakow.pl

Krakowskie Centrum Badań i Technologii Medycznych Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych Pracownia Badań Genetycznych Joanna Natorska: tel. 31 43; e-mail: j.natorska@szpitaljp2.krakow.pl

Ocena czynnościowa i strukturalna skrzepów fibrynowych wytworzonych z osocza lub wyizolowanego fibrynogenu Przepuszczalność skrzepów fibrynowych (Ks; krzepnięcie osocza/polimeryzacja fibrynogenu inicjowane za pomocą egzogennej trombiny - wrażliwość na stężenie i modyfikacje cząsteczek fibrynogenu lub czynnikiem tkankowym – wrażliwość na czynniki krzepnięcia i stopień generacji trombiny) Czas lizy skrzepów fibrynowych (CLT) Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Skaningowa Mikroskopia Elektronowa (SEM) Ocena budowy morfologicznej skrzepów fibrynowych: Grubość włókien Wielkość porów Kąty rozgałęziania włókien Gęstość sieci fibryny Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Generacja trombiny (CAT) opisuje stężenie wolnej trombiny generowanej in vitro w krzepnącym osoczu ukazuje funkcjonalność układu hemostazy w sposób zbliżony do fizjologicznego służy do oceny tendencji prozakrzepowych i krwotocznych Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Generacja trombiny (CAT) Zastosowanie: ocena wrodzonych i nabytych zaburzeń krzepnięcia (niedobór AT, stosowanie środków antykoncepcyjnych) ocena działania leków przeciwzakrzepowych (przeciwpłytkowych, inhibitorów trombiny) monitorowanie leczenia hemofilii (leczenie FVIII, FVIIa) monitorowanie leczenia zaburzeń krzepnięcia (VKAs, heparyny, leki przeciwpłytkowe, terapia wielolekowa) całościowa ocena funkcji układu krzepnięcia u pacjentów z wysokim ryzykiem wystąpienia incydentów zakrzepowo-zatorowych lub krwotocznych Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Ocena tendencji do krwawień (INNOVANCE PFA-200) Badanie przesiewowe w przypadku zaburzeń czynności płytek (realistyczne środowisko hemodynamiczne podczas pomiaru) Zastosowanie: ocena dziedzicznych, nabytych lub polekowych zaburzeń czynności płytek krwi badanie skriningowe funkcji płytek krwi u pacjentów z zaburzeniami hemostazy pierwotnej, jak np. choroba von Willebranda typ I ocena dysfunkcji płytek spowodowana kwasem acetylosalicylowym wykrywanie blokady receptorów P2Y12 płytek u pacjentów poddawanych terapii z antagonistami tych receptorów ocena dysfunkcji płytek w wielu sytuacjach klinicznych, takich jak przedoperacyjne testy przesiewowe, ciąża wysokiego ryzyka, krwotoki Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

ELISA ocena parametrów szeroko pojętej hemostazy według potrzeb - ocena wszystkich parametrów do których istnieją komercyjne testy Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Przechowywanie materiału biologicznego w temperaturze -70C i -20C Pracownia Diagnostyki Chorób Zakrzepowo-Zatorowych

Badania Genetyczne badania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu sekwencjonowanie genów badania ekspresji genów badania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) Pracownia Badań Genetycznych

Badania Genetyczne Real-time PCR ViiA7 Pracownia Badań Genetycznych blok standardowy 96-dołkowy (objętość próbki 10-100 µl) blok FAST 96-dołkowy (5-30 µl) blok 384 dołkowy (karty z liofilizowanymi starterami i sondą) Zastosowanie ekspresja 384 genów w tym samym czasie ekspresja miRNA analiza mutacji: - SNP - delecji - insercji analiza metylacji DNA genotypowanie wirusów analizy ilościowe Pracownia Badań Genetycznych

Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych Cytometria przepływowa Hodowle komórkowe 61 61 61 61 61 61

Cytometria przepływowa Metoda badawcza umożliwiająca jakościową i ilościową analizę różnych populacji komórkowych Materiał do badań metodą cytometrii przepływowej: Krew obwodowa Szpik kostny Węzły chłonne Płyn mózgowo – rdzeniowy Ocena fenotypowa wykonywana jest w zawiesinie żywych komórek http://probes.invitrogen.com/resources/education/tutorials Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 62 62 62

Cytometria przepływowa – mierzone parametry Światło rozproszone Fluorescencja FSC- forward scatter-natężenie światła rozproszonego w kierunku biegu promienia lasera, określa wielkość komórki SSC-side scatter-natężenie światła rozproszonego w kierunku prostopadłym do kierunku biegu promienia lasera, określa ziarnistość komórki Umożliwia jednoczesne identyfikowanie cytoplazmatycznych i powierzchniowych markerów komórkowych przy użyciu swoistych przeciwciał mono-klonalnych sprzężonych z fluorochromami http://probes.invitrogen.com/resources/education/tutorials Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 63 63 63 63 63 63

Cytometr przepływowy FacsCantoII Becton Dickinson Model 3-laserowy: jednoczesny pomiar 8 fluorescencji + parametry FSC/SSC Laser niebieski (488 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: FITC PE PE-Cy7 PerCP-Cy5.5 Laser czerwony (633 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: APC APC-Cy7 Laser fioletowy (405 nm) – wzbudzane barwniki fluorescencyjne: AmCyan Pacific BlueTM Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 64 64 64 64 64

Możliwości diagnostyczno-badawcze cytometrii przepływowej Medycyna i diagnostyka kliniczna: Diagnostyka onkohematologiczna Transplantologia Alergologia Ocena niedoborów odporności Diagnostyka chorób autoimmunizacyjnych Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 65 65 65 65 65

Możliwości diagnostyczno-badawcze cytometrii przepływowej Prace naukowo-badawcze: Ilościowe oznaczenie populacji i subpopulacji określonych komórek Ekspresja markerów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych Wykrywanie rzadkich populacji komórek macierzystych i progenitorowych Określenie stanów czynnościowych komórek: Analiza programowanej śmierci komórki (apoptozy) Badanie czynności płytek krwi (monitorowanie skuteczności leczenia przeciwpłytkowego, pomiar stężenia jonów Ca 2+, rozpoznanie dziedzicznych zaburzeń czynności płytek, identyfikacja mikrocząstek pochodzenia płytkowego) Badanie aktywności enzymów (m.in. kaspaz, kinaz, fosfataz) Ocena żywotności komórek Analiza cyklu komórkowego Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 66 66 66

Zalety cytometrii przepływowej Szybki pomiar pojedynczych komórek w dużych populacjach Równoległa ocena kilku parametrów Wykrywanie bardzo rzadkich populacji komórkowych Ilościowa i jakościowa analiza Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych 67 67 67 67 67 67

Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych Hodowle komórkowe Inkubatory z regulowaną atmosferą CO2 i O2 i z cyklem autodekontaminacji Komory laminarne System do dysocjacji tkanek: rozdrabnianie tkanek, w celu uzyskania zawiesiny pojedynczych komórek homogenizacja tkanek i komórek do późniejszej izolacji materiału wewnątrzkomórkowego Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych

Dziękuję za uwagę Joanna Natorska: tel. 31 43; e-mail: j.natorska@szpitaljp2.krakow.pl 69 69 69 69

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Małopolski Klaster Poligraficzny Robert Miklaszewski

Zmieniamy Twoje Otoczenie Kraków 2014.05.30

M. M. Druk Serwis Zainicjował oraz objął koordynację nad projektem pn M.M. Druk Serwis Zainicjował oraz objął koordynację nad projektem pn. „Małopolski Klaster Poligraficzny”. Porozumienie członków założycieli zostało podpisane w styczniu 2012 roku.

Główne cele działalności Małopolskiego Klastra Poligraficznego - transfer technologii poligraficznych, - tworzenie innowacyjnych produktów i usług, - otwarcie studiów poligraficznych w Małopolsce, - wymiana wiedzy i doświadczeń, - większe możliwości pozyskania środków finansowych na ` projekty, - promocja i rozwój firm z Klastra, - promocja i rozwój branży oraz regionu.

W roku 2013 Koordynator Klastra wraz z członkami, otrzymali dofinasowanie projektu w ramach działania 2.1 B z funduszy unijnych w celu utworzenia: Centrum Druku Cyfrowego oferującego usługi Web to Print i ( Print on Demand).

Zapraszamy do współpracy !!! W ramach dotacji udało się nam zakupić nowoczesną powierzchnię, w której mieści się obecnie siedziba Małopolskiego Klastra Poligraficznego oraz nowoczesną maszynę do druku cyfrowego Canon IP 6011 Zapraszamy do współpracy !!!

Za współpracę z Zespołem Szkół Poligraficzno Księgarskich w Krakowie w zakresie; - praktyki zawodowe - wizyty zawodoznawcze - międzynarodowy konkurs graficzny - szkolenia za pomocą symulacji biznesowych

Zapraszamy do współpracy !!! MKP otrzymał Oskara Zawodowego w konkursie „Szkoła na rynku pracy” organizowanego przez MEN Zapraszamy do współpracy !!!

Dziękuję za uwagę Robert Miklaszewski Koordynator Małopolskiego Klastra Poligraficznego

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Usługi Intergromiki i Galaxy NGS, GeneSpring w ramach PLGrid Lifescience Tomasz Gubała

Genomic Data Analysis Services Available for PL-Grid Users Tomasz Waller, Tomasz Gubała, Kazimierz Murzyn Academic Computer Centre Cyfronet AGH, cyfro.net Klaster LifeScience Kraków, lifescience.pl Klaster LifeScience Kraków, May 2014

ACC Cyfronet AGH and PL-Grid Infrastructure Academic Computer Centre Cyfronet AGH Established in 1973 (40 years of experience) Main mission: to provide network, computational power and data storage capabilities for Polish science ~374 TFlops (145@top500), 2.5 PB (disks) and 3.5 PB (tapes) Regular and bigmem nodes, vSMP, GPGPU, FPGA, MPI over Infiniband Details: http://kdm.cyfronet.pl/ PL-Grid Infrastructure for Polish science Five computing centers with Cyfronet as the consortium leader Total: ~588 TFlops and ~5.6 PB (disks) Planned for 1Q2015: >900 TFlops, 8 PB Available free of charge to all Polish scientists and their foreign collaborators Details: http://www.plgrid.pl

Using PL-Grid Infrastructure Register at https://portal.plgrid.pl User verification process based on Polish OPI number Assistants and foreigners are confirmed by Polish PIs Variety of basic and higher level services available after login Local SSH access, cloud computing, middlewares Considerable library of installed applications GATK, MACS, SAMTools, Picard, TopHat, Bowtie, (p)BWA, R/Bioconductor, AutoDock/AutoGrid, BLAST, Clustal, CPMD, Gromacs, NAMD, Matlab, Mathematica … Free to compile and install own applications using the shell login Possibility to use own commercial licenses on HPC resources Questions: https://helpdesk.plgrid.pl or helpdesk@plgrid.pl

PLGrid PLUS: Domain-oriented Services, Resources and Tools Preparation of specific computing environments, i.e., solutions, services and extended infrastructure tailored to the needs of different groups of scientists (2012-2014) Life Science among 13 domains of science LS Domain Leader: Kraków LifeScience Klaster Tasks: Analysis of user needs Development of services Procurement and deployment of applications on HPC res. Continuous assistance for the Life Science community

DNA Microarray Integromics Analysis Platform (1/2) https://lifescience.plgrid.pl/ For people who perform biological investigations using DNA microarrays Goal: help to analyze gene expression information and correlate it with other clinical data In development since 1Q2013, first version deployed Analyses available now: normalization, clustering, SAM, T-test, GO-based enrichment, ANNs, PCA, panel filtering Integromics analyses in preparation CCA, PLS (gene expression and lipidomics) Roleswitch, TargetScore (gene expression and miRNA) Supported models: Affymetrix, Agilent (support for others is possible in case of demand)

DNA Microarray Integromics Analysis Platform (2/2) Notable features Integration with EBI ArrayExpress (import, MIAME) Sharing experiments with others Importing own data for further analysis Supported languages: PL, EN Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/JpaZ Cooperation Jagiellonian University Medical Collage, Kraków Medical University of Silesia, Katowice Institute of Oncology, Gliwice

https://galaxy.plgrid.pl/ Galaxy NGS Server (1/2) https://galaxy.plgrid.pl/ ”Galaxy is an open, web-based platform for data intensive biomedical research.” Goal: deploy high-performance, high-throughput NGS data analysis solution on top of HPC resources for PL-Grid users Needs a lot of adjustments and in-house add-on development Work started 12.2013, first version planned ~08.2014 Planned integrated tools (list not closed): GATK, SAMtools, Bowtie, TopHat, BWA, bedtools, Cufflinks, Picard, SnpEff/SnpSift, Flexbar, FastQC, MACS References: human, mouse, domestic animals Targeted platforms: Illumina *Seq, Roche 454, Ion Proton

Galaxy NGS Server (2/2) Notable features Full integration with Zeus cluster and large disk arrays PBS and MQ system for effective job queuing and management Secured environment (open for all PL-Grid users, not ”public”) All major Galaxy features (history, sharing, viewers) enabled Well documented workflows designed by NGS experts Basics (alignment and quality control, trimming, filtering) DNA-Seq, RNA-Seq, variant calling, SNP calling, methylation, exome analysis with annotations Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/voas (available when service goes production) Cooperation Institute of Pharmacology, Polish Academy of Sciences, Kraków Jagiellonian University Medical Collage, Kraków National Research Institute of Animal Production, Kraków-Balice

Agilent GeneSpring GX RDP: genespring.plgrid.pl Used with Windows Remote Desktop Integrated with the DNA Integromics Platform for uniform microarray files management 5-year, single-seat license for all registered Polish scientists Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/JIq1

PLGData – Simple Service to Manage Files on Clusters https://data.plgrid.pl/ Simple file and folder management upload, delete, download, rename, change rights Integrated with Cyfronet’s Zeus cluster, accessible for all users Uses GridFTP and HTTPS protocols for secure data transfer Access to group storage for team/project collaboration Manual: https://docs.cyfronet.pl/x/64es

Links, Contact, Partners These resources, services and tools (and much more) are available after registering to PL-Grid https://portal.plgrid.pl/ PL-Grid User Manual https://docs.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika (PL) https://docs.plgrid.pl/display/PLGDoc/User+manual (EN) Questions, problems, requests about PL-Grid https://helpdesk.plgrid.pl or helpdesk@plgrid.pl Contact for LifeScience domain services plgrid@lifescience.pl Collaborative effort Academic Computer Centre Cyfronet AGH, Kraków (project leader) Kraków LifeScience Klaster (Life Science domain services leader) 10 expert institutes/laboratories from Małopolska and Śląsk

Dzień Otwarty Klastra LifeScience Kraków Otwarte Laboratorium Eksperymentu i Prototypowania „Naukowy Orlik” Kazimierz Murzyn