Podstawy tworzenia skryptów

Skrypt Program komputerowy napisany w języku skryptowym, wykonywany wewnątrz aplikacji (interpretatora) Wykonuje instrukcje w kolejności podanej w skrypcie Instrukcje warunkowe (możliwość ominięcia pewnych kroków, lub powtórzenia niektórych z nich) Języki skryptowe Bash Perl Python

Budowa skryptu Ścieżka do interpretatora (system musi wiedzieć jakiego programu użyć do wykonania skryptu – prawidłowej interpretacji poleceń) Instrukcje (polecenia danego języka) Komentarze (pomagają zrozumieć kod innym użytkownikom)

Najprostszy skrypt bash Tworzymy skrypt mps.sh nano msp.sh #!/bin/bash echo „Hello Word !!!” echo „To jest mój pierwszy skrypt.” Uruchamiamy skrypt chmod +x mps.sh ./mps.sh

Edytujemy nasz skrypt #!/bin/bash echo „Hello Word !!!” echo „To jest skrypt napisany przez `whoami` uruchomiony `date`.” Uruchamiamy ./mps.sh

Edytujemy nasz skrypt #!/bin/bash Imie=$1 echo „Dzień dobry $Imie” Uruchamiamy skrypt ./mps.sh twojeimię

Zamiana pliku csv na fasta Format csv – jedna sekwencja jedna linia Nazwa sekwencji | separator pola („,”, „;”)| sekwencja Format fasta – jedna sekwencja dwie linie znak („>”) | nazwa sekwencji sekwencja

Zamiana pliku csv na fasta Dla każdej linii w pliku csv musimy: napisać symbol „>” i nazwę sekwencji (pierwsza kolumna) w pierwszej linii pliku fasta Napisać sekwencję (druga kolumna) w kolejnej linii pliku fasta Jak to zrobić automatycznie ?

AWK Interpretowalny język programowania stworzony z myślą o wyszukiwaniu i przetwarzaniu wzorców tekstowych w plikach

AWK Ściągamy plik animalis.txt Sprawdzamy zawartość pliku animalis.txt wget http://kghrin.up.wroc.pl/pages/dydaktyka/mat_cw_bioif/cwiczenia_2/animals.txt Sprawdzamy zawartość pliku animalis.txt more/less/cat animalis.txt Które zwierzęta mają wartość większą niż 26? awk ‘{ if ($4>26) print $3 } ‘ animals.txt awk ‘{ if ($4>26) print”zwierze” $3 } ‘ animals.txt awk ’ { print$3; print $4}’ animals.txt

AWK awk ’ {print”>”$1; print$2}’ scafold.csv > scafold.fa Sprawdzamy wynik more/less/cat scafold.fa

sed – stream editor Edytor strumieniowy, służący do przetwarzania tekstu. Łączy w sobie prostotę oraz szeroki wachlarz możliwości.

sed sed ’s/Informatyka/Bioinformatyka/’ tekst.txt sed ’s/\,/\\t/g’ scafold2.csv > scafold2.txt awk ’{print”>”$1; print$2}’ scafold.csv > scafold.fa awk –F „,” ’{print”>”$1;print$2}’ scafold2.csv > scafold_a.fa

Tworzenie piplinów cat scafold2.csv | sed ’s/\,/\\t/g’ > scafold2a.txt cat scafold2.csv | awk –F „,” ’{print”>”$1;print$2}’ > scafold_b.fa

Skrypt zmieniający format pliku z csv na fasta #!/bin/bash # skrypt przerabia podany plik csv na fasta Plik=$1 Plik1=$(echo $Plik | tr „." "\n") arr=($Plik1) Kon=’.fast’ Nazwa=${arr[0]}$Kon cat $Plik | awk –F „,” ’{print”>”$1;print$2}’ > $Nazwa