PubMed znany i nieznany zaawansowane wyszukiwanie w największej medycznej bazie danych Oprac. Ireneusz Korfel Jolanta Cieśla 2014

PubMed - charakterystyka bazy Największa i najbardziej popularna baza bibliograficzna typu Medline, udostępniana w Internecie bezpłatnie. Zawiera literaturę z dziedziny medycyny i nauk pokrewnych (medycyna, farmacja, pielęgniarstwo, stomatologia). Baza ta powstała z inicjatywy Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI), organu Narodowej Biblioteki Medycznej (NLM) w USA. Obecnie zawiera ponad 23 miliony rekordów bibliograficznych (począwszy od 1966 roku), pochodzących z ok. 5600 czasopism. Baza MEDLINE aktualizowana jest codziennie. Posiada bardzo rozbudowany system i oferuje wiele możliwości przeszukiwania. PubMed jest najbardziej popularną platformą wśród użytkowników bazy MEDLINE. Stanowi część zintegrowanego systemu zapewniającego również dostęp do innych serwisów oraz narzędzi.

Możliwości wyszukiwania bazy Medline Baza Medline pozwala na dokładne definiowanie kryteriów wyszukiwawczych przez: Stosowanie operatorów logicznych (AND, OR, NOT) Przykład: diabetes AND pregnancy Połączenie dwóch terminów operatorem AND spowoduje wyszukanie artykułów, w których znajdą się publikacje zawierające jednocześnie oba terminy (ciąża AND cukrzyca = publikacje dotyczące cukrzycy w czasie ciąży). Przykład: smoking OR nicotine Połączenie dwóch terminów operatorem OR powoduje wyszukanie artykułów, w których publikacje będą zawierały jeden lub drugi termin (palenie lub nikotyna = publikacje dotyczące palenia (papierosów) oraz publikacje dotyczące nikotyny). -

Możliwości wyszukiwania bazy Medline cd. Połączenie dwóch terminów operatorem NOT spowoduje wyszukanie artykułów, w których będą publikacje zawierające termin, bez części wspólnej obu terminów (cukrzyca NOT ciąża = publikacje dotyczące cukrzycy bez publikacji dotyczących cukrzycy w ciąży). Przykład: diabetes NOT pregnancy Możliwość wyszukiwania przez atrybuty pól opisujące artykuł, m.in.: autor, tytuł czasopisma, tytuł pracy, abstrakt. Przykład: Marshall AC[Auth] AND Circulation"[Jour] Użycie tych atrybutów spowoduje wyszukanie wszystkich artykułów autora Marschall AC w czasopiśmie Circulation. Stosowanie kontrolowanego słownika MeSH umożliwia przeszukiwanie tematyczne, poprzez hasła przedmiotowe. Przykład: Breast Neoplasms/drug therapy"[MeSH]

Inne bazy i narzędzia pozwalające efektywnie wykorzystać system wyszukiwawczy platformy PubMed Health - nowy serwis stworzony w celu zapewnienia informacji zgodnej z zasadami medycyny opartej na faktach (EBM) BookShelf - zestaw książek i podręczników dotyczących biologii, medycyny, biochemii, bioinformatyki (ok. 700 tyt.) PubMed Central - archiwum artykułów pełnotekstowych z zakresu nauk medycznych i biologicznych (ok. 1000 tyt.) Clinical Queries - specjalistyczne narzędzie do formułowania pytań klinicznych Single Citation Matcher - narzędzie do weryfikacji i uzupełniania danych bibliograficznych

Inne bazy i narzędzia pozwalające efektywnie wykorzystać system wyszukiwawczy platformy PubMed Commons - nowa usługa (forum), która pozwala naukowcom na dzielenie się swoimi opiniami na temat publikacji naukowych. Naukowcy mogą komentować każdy artykuł indeksowany przez PubMed oraz przeczytać komentarze innych. PubChem - chemiczna baza danych, zawierająca informacje na temat związków chemicznych i ich biologicznej aktywności. Jej głównym celem jest przyspieszenie badań nad lekami poprzez propagowanie dostępu informacji. MY NCBI -- niezwykle przydatne narzędzie zwiększające funkcjonalność usług oferowanych przez serwis, umożliwia m.in.: - zapisywanie rezultatów wyszukiwania według określonych kryteriów - tworzenie e-mailowych alertów (powiadomień) na dany temat.

PubMed Health Serwis przeznaczony dla lekarzy klinicystów oraz dla pracowników służby zdrowia, zajmujących się szeroko pojętą opieką zdrowotną. Zawiera gł. przeglądy systematyczne oraz prace oceniające efekty kliniczne danych procedur medycznych. W skład bazy PubMed Health wchodzi również: Behind Headlines - gromadzi w formie nagłówków informacje dotyczące najnowszych badań związanych z opieką zdrowotną. - Encyklopedia medyczna. - Indeks leków (Drugs A-Z).

BookShelf – półka z książkami Bookshelf (półka z książkami) -bezpłatna kolekcja pełnotekstowych książek oraz podręczników biomedycznych

PubMed - Clinical Queries Narzędzie do formułowania pytań klinicznych, zawiera zestaw specjalnie opracowanych filtrów. Umożliwia przeprowadzenie wyszukiwania w trzech podstawowych aspektach: Clinical Study Categories - wyszukiwanie pod kątem badań i prób klinicznych Systematic Reviews - przeszukiwanie przeglądów systematycznych w oparciu o zasady Evidence Based Medicine Medical Genetics - przeszukiwanie w kontekście genetyki medycznej Formularz daje również możliwość zastosowania dodatkowych limitów - opcja Category i Scope

PubChem PubChem składa się z trzech podbaz: PubChem Substance - zawiera wszelkie informacje na temat struktur chemicznych, a także nazw chemicznych wraz z komentarzami PubChem Compound - zawiera zapisy podstawowych struktur chemicznych, każdy rekord może być powiązany z jedną lub wieloma substancjami PubChem BioAssay - podbaza biologiczna, która zawiera informacje na temat bioaktywności substancji.

Single Citation Matcher Single Citation Matcher - bardzo przydatne narzędzie do weryfikacji danych bibliograficznych. Umożliwia, w szybki sposób, uzupełnianie brakujących elementów opisu bibliograficznego artykułu.

PubMed- widok strony startowej My NCBI - personalizacja bazy i tworzenie alertów Z poziomu strony startowej bazy PubMed można również wejść do innych zasobów zamieszczonych na platformie

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Wyszukiwanie przez dowolne słowo (text word, keyword, free text, natural language searching) dowolne słowo występujące w tytule, streszczeniu lub wśród słów kluczowych dodanych przez autora albo osobę opracowującą publikację Wyszukiwanie przez hasła przedmiotowe (subject headings searching) hasła pochodzące z języka haseł przedmiotowych przyjętego w bazie danych (ujednolicone słownictwo, ścisłe reguły stosowania)

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Do opisu każdej publikacji i wyszukiwania w bazie PubMed stosuje się hasła języka haseł przedmiotowych Medical Subject Headings MeSH. Źródło: http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html Hasła uszeregowane są hierarchicznie: nadrzędne – ogólne i podrzędne – bardziej szczegółowe. Hasła (pojęcia) mogą być zawężone do określonego aspektu, np. Laryngitis/ diagnosis, Laryngitis/ microbiology. Dzięki zastosowaniu zawężenia (subheading) zwiększa się precyzja wyszukiwania.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Wyszukiwanie przy użyciu haseł rozpoczynamy od wejścia na stronę MeSH Database.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Po wybraniu hasła i zawężeniu go do określonych aspektów klikamy w polecenie „Add to search builder”. Hasła ukażą się w okienku roboczym.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed W ten sam sposób możemy dodać kolejne hasła, by zbudować precyzyjne zapytanie (strategię wyszukiwawczą).

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Gdy zakończyliśmy tworzenie zapytania, klikamy w polecenie „Search Pubmed”. System wyszuka publikacje zawierające wskazane tematy.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Oprócz hasła i aspektów, do jakich zawężamy pojęcie mamy do wyboru jeszcze dwie ważne funkcje decydujące o zakresie wyszukiwania: Restrict to MeSH major topic i Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Major topics to główne tematy publikacji, (w rekordzie publikacji oznaczone gwiazdką). Zawężenie pozwala pominąć artykuły, w których dany temat jest jedynie wzmiankowany.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed „Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy” to funkcja wykorzystująca hierarchię haseł MeSH - pozwala objąć lub pominąć w wyszukiwaniu pojęcia podrzędne z drzew hierarchicznych, do których należy wyszukiwane hasło. Funkcja zmienia zasadniczo zakres wyszukiwania.

Wyszukiwanie tematyczne w bazie PubMed Uwagi Najnowsze rekordy w bazie nie są opatrzone hasłami MeSH do czasu ich opracowania - nie można więc wyszukać opisanym wyżej sposobem artykułów z ostatnich 2-3 miesięcy Polska wersja języka haseł przedmiotowych MeSH jest stosowana w katalogach bibliotek medycznych

PubMed- wyszukiwanie przez słowa Poszukujemy informacji dotyczącej związku migreny z depresją. W wyniku wstępnego wyszukiwania (użycie operatora AND) uzyskano zbyt dużą liczbę pozycji (ponad 2000 artykułów). Wartość merytoryczna takiego wyszukiwania nie jest zbyt duża. Dlatego też należy użyć odpowiednich narzędzi w celu uzyskania mniejszej liczby bardziej adekwatnych wyników. Zaawansowane wyszukiwanie Filters Sidebar (limity) (Limity

PubMed - ograniczenie wyników wyszukiwania z użyciem limitów - Filters Sidebar Filters Sidebar - funkcja umożliwia ograniczenie zakresu poszukiwań, m.in. do: 1 Typu publikacji 2 Dostępności publikacji 3 Daty publikacji 4 Gatunku 5 Kategorii tematycznej 6 Wieku 7 Języka Uwaga! Stosowane limity przenoszone są automatycznie do następnego wyszukiwania. Dlatego przed rozpoczęciem nowej sesji należy je zmienić lub usunąć. (Clear all, Show additional filters ). 1 2 3 4 5 6 7

PubMed - zaawansowane wyszukiwanie Advanced Search Builder - umożliwia tworzenie zaawansowanej strategii wyszukiwawczej poprzez: - określenie pola, w którym ma być wyszukiwany dany termin (wg: autora, tytułu pracy, tytułu czasopisma, hasła MeSH) - korzystanie z listy podpowiedzi związanych z wpisywanym terminem (Show Index) - łączenie z użyciem operatorów logicznych kilku wyników wyszukiwań (History) - zestawienie rezultatów wyszukiwań

PubMed - zarządzanie otrzymanymi wynikami W wyniku zastosowania odpowiednich narzędzi (limity, zaawansowane wyszukiwanie) uzyskano bardziej relewantne rezultaty. Na tym etapie wyszukiwania można jeszcze przeprowadzić selekcję poprzez wykorzystanie funkcji schowka Send to Clipboard. Funkcja ta umożliwia zapisanie do 500 rekordów, a wyniki przechowywane są przez 8 godzin.

PubMed - zarządzanie otrzymanymi wynikami Schowek może stanowić rodzaj praktycznego katalogu roboczego, w którym gromadzimy - w jednym miejscu - wybrane pozycje z różnych tematów. Zgromadzone rekordy można również usuwać (Remove all items, Remove from clipboard).

Formularz do logowania Usługa My NCBI Usługa MY NCBI - umożliwia zapisanie na platformie PubMed osobistych ustawień, takich jak historia wyszukiwania czy filtry wyników. Bardzo użyteczna jest również funkcja tworzenia alertów, czyli kwerend, na dany temat i otrzymywanie ich okresowo poprzez e-mail. Dzięki temu wszechstronnie wykorzystujemy bazę i jesteśmy na bieżąco w interesującej nas dziedzinie. Usługa wymaga bezpłatnej, jednorazowej rejestracji. Do zalogowania można również wykorzystać dane (login/ hasło) używane w koncie Google. Formularz do logowania

Widok danego konta z zawartością zapisanych danych Usługa My NCBI Widok danego konta z zawartością zapisanych danych

Dostęp online do pełnych tekstów czasopism oferowanych przez Bibliotekę Medyczną Czasopisma online w wersji pełnotekstowej są cennym źródłem aktualnej informacji medycznej. Biblioteka - mając tego świadomość - stara się stworzyć jak najlepsze warunki do korzystania z czasopism elektronicznych. Od 2006 roku udostępnia specjalistyczne narzędzie linkujące (360 link, firmy Serials Solutions). Dzięki niemu dostęp do pełnych tekstów czasopism jest zintegrowany z bibliograficznymi bazami danych. Użytkownik w możliwie szybki i prosty sposób uzyskuje informację o dostępie do pełnego tekstu danego artykułu. Uwaga! Narzędzie linkujące 360link działa tylko z komputerów w sieci UJ, UJ CM oraz z komputerów domowych poprzez serwer proxy UJ CM lub extranet UJ. Dodatkowo zawsze należy wchodzić do baz z poziomu strony www Biblioteki Medycznej UJ.

Dostęp online do pełnych tekstów czasopism zintegrowany z bibliograficznymi bazami danych Klikając w ikonkę UJ Article Linker uzyskujemy informację o dostępie do pełnego tekstu artykułu

Dostęp on line do pełnych tekstów czasopism zintegrowany z bibliograficznymi bazami danych Dla poszczególnych tytułów czasopism wykazywane są wszystkie zawierające subskrypcje, dając użytkownikowi możliwość wyboru preferowanego dostawcy.

Dostęp do czasopism drukowanych oferowanych przez bibliotekę Narzędzie linkujące 360link wspiera także dostęp do czasopism drukowanych. Obejmuje bowiem dostarczone przez Bibliotekę informacje o tytułach drukowanych (Collegium Medicum UJ Print Holdings).

E-lokalizator - lista czasopism i książek elektronicznych od A do Z (dostępnych w sieci Uniwersytetu Jagiellońskiego). Zasoby elektroniczne i drukowane można również przeglądać poprzez E-lokalizator (lista czasopism i książek elektronicznych A –Z).

PubMed – materiały pomocnicze Polecamy również skorzystanie z materiałów uzupełniających (osobny dokument w formacie PDF): Zbiór praktycznych wskazówek dla korzystających z baz PubMed i Embase Dziękujemy za uwagę http://www.bm.cm.uj.edu.pl/