mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk Krajowa Sieć Informacji o Bioróżnorodności spotkanie sprawozdawcze Warszawa 15.XII.2007 CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW „ColIBB” INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN Pawińskiego 5A, 02-106 Warszawa mgr inż. Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk

2000 r Zbiór unikalnych szczepów skonstruowanych przez pracowników i studentów IBB Źródło informacji http://kolekcja.ibb.waw.pl/

KSIB - ColIBB Zakup materiałów niezbędnych do deponowania i przechowywania szczepów bakteryjnych i drożdżowych: raków, pudełek i fiolek kriogenicznych, także sprzętu komputerowego, zasilacza UPS Informatyk, opiekun kolekcji

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB”

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB” KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH 2605 REKORDY (311 w przygotowaniu) KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH 3422 REKORDY (178 w przygotowaniu) KOLEKCJA PLAZMIDÓW 1624 REKORDY (495 w przygotowaniu) KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW IZOLATY ŚRODOWISKOWE (300 rekordów w przygotowaniu) Euroscarf

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy segregacja chromosomów w bakteriach G+ G- segregacja plazmidów ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW I MAPOWANIA MUTACJI kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach na chromosomie

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW FARMACEUTYCZNYCH Lactobacillus rhamnosus , Streptococcus equisimilis ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH Staphylococcus aureus ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, Lambda

Lactococcus cremoris Lactococcus garvieae Lactococcus hordniae Lactococcus lactis ok.1000 Lactococcus raffinolactis Salmonella typhimurium Staphylococcus aureus Streptococcus agalactiae Streptococcus bovis Streptococcus equisimilis Streptococcus thermophilus Bacillus subtilis ok.100 Bifidobacterium longum Enterococcus faecalis Escherichia coli ok.1000 Lactobacillus sp. Lactobacillus casei Lactobacillus paracasei Lactobacillus plantarum Lactobacillus rhamnosus

KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych transport wewnątrzkomórkowy regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA) translacja mitochondrialna inne

KOLEKCJA PLAZMIDÓW PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja plazmidów transport wewnątrzkomórkowy segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa) PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW BAKTERIOFAGÓW P1 I P7 PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCH O SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI WEKTORY LINIOWE WEKTORY EKSPRESYJNE

KOLEKCJA IZOLATÓW ŚRODOWISKOWYCH Izolaty z terenów skażonych z okolic kopalni: Złoty Stok, Szklary, Olkusz Grupa bakterii opornych na wysokie stężenia Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda, skały, osady) – tworzą maty i biofilmy Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty Stok Konieczność dokumentacji fotograficznej

KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW Unikalna kolekcja bakteriofagów bakterii mlekowych, enterobakterii i gronkowców Badania nad genomiką i biologią fagów umożliwią wykorzystanie ich potencjału bakteriotoksycznego i przemysłowego Wymagająca nowych rozwiązań deponowania i przechowywania

W PLANACH Przebudowa bazy danych usprawniająca wprowadzanie i wyszukiwanie danych Współtworzenie sieci informacji o referencyjnych szczepach bakteriofagowych oraz bakteriofagach Rozbudowa bazy danych dotyczących Bakteriofagów (współpraca z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów) oraz Izolatów Środowiskowych Zakup niezbędnych materiałów do deponowania bakteriofagów oraz liofilizacji i dokumentacji fotograficznej izolatów środowiskowych Dostosowanie formatu bazy danych ColIBB do standardów międzynarodowych

Dziękuję za uwagę