Urodził się w Rostkowie na Mazowszu w 1550 roku.

 Ojciec Stanisława nazywał się Jan Kostka i był kasztelanem. O matce wiemy tylko jak się nazywa (Małgorzata z Kryskich). Pochodziła z Drobina.

Stanisław pierwsze nauki pobierał w rodzinnym domu. Gdy miał 14 lat wyjechał do szkoły jezuickiej w Wiedniu. Na początku nauka szła mu trudno, ale pod koniec edukacji płynnie mówił w języku łacińskim, niemieckim. Rozumiał także grekę.

Trzy lata pobytu Stanisława w Wiedniu były okresem silnie rozbudzonego życia wewnętrznego. Znał tylko trzy drogi: do kolegium, do kościoła i do domu, w którym mieszkał. Wolny czas spędzał na lekturze i modlitwie.

W ciągu dnia nie mógł poświęcić kontemplacji wiele czasu, dlatego modlił się w nocy. Zadawał sobie także pokuty i biczował się. Ludzie z jego otoczenia uznawali go za dziwaka. Usiłowali go skierować na drogę,,normalnego” postępowania. Stanisław usiłował im dogodzić, dlatego nawet brał lekcje tańca.

Działanie łaski bożej było zbyt potężne, aby mógł i chciał się jej oprzeć. Okazało się ono zwłaszcza w czasie choroby w 1565 roku. W tym czasie objawiła mu się św. Barbara z aniołami, a później Najświętsza Panna z Dzieciątkiem. Od niej doznał cudu uzdrowienia i usłyszał polecenie, aby wstąpił do Towarzystwa Jezusowego.

Jezuici nie mieli zwyczaju przyjmować kandydatów bez zgody rodziców, na którą nie mógł liczyć Stanisław. Zorganizował ucieczkę, licząc, że zdoła wypełnić swoje powołanie gdzie indziej.

Najpierw udał się do Augsburga, gdzie przebywał św. Piotr Kanizjusz. Nie spotkał go tam, dlatego wyruszył do Dylingi. Trasa ta miała długość 650 km

W Dylindze jezuici mieli swoje kolegium. Stanisław trafił jednak na moment krytyczny i nie było mowy o przyjęciu do zakonu. Nie odrzucono jednak jego prośby i przyjęto go na próbę.

Wyznaczono mu zajęcia służby u konwiktorów. Sprzątał ich pokoje i pomagał w kuchni. Przecierpiał ten zawód boleśnie, ale w ufności Bogu wykonywał swoje obowiązki bardzo starannie.

Skierowano go wraz z dwoma młodymi zakonnikami do Rzymu. Podróż tą odbyli pieszo. Do Rzymu dotarli w 1567 roku. Stanisław został przyjęty do nowicjatu w kościele św. Andrzeja. Pełen szczęścia rozpoczął swój nowicjat. Nareszcie spełniły się jego marzenia.

Już w Wiedniu jego maksymą było:,,Do wyższych rzeczy jestem stworzony”, teraz jego hasłem było,, Początkiem, środkiem i końcem rządź łaskawie, Chryste”.

Na wiadomość, że Stanisław znajduje się w nowicjacie rzymskim, ojciec postanowił go stamtąd wydobyć. Wysłał do syna list pełen gróźb. Stanisław w liście do ojca napisał, że powinien się z tego cieszyć. W 1568 roku przeniósł się do domu św. Andrzeja w Kwirynale, gdzie przebywał do śmierci.

W pierwszych miesiącach 1568 roku złożył śluby zakonne. Dnia 1 sierpnia ś. Piotr Kanizjusz miał konferencję do nowicjuszów. Pouczał, że należy spędzić każdy miesiąc, jakby był ostatni. W czasie pauzy św. Stanisław odezwał się,,Dla wszystkich ta nauka męża świętego jest przestrogą i zaczętą, ale dla mnie jest ona wyraźnym głosem Bożym. Umrę bowiem jeszcze w tym miesiącu”.

5 sierpnia zapytano go czy kocha szczerze Matkę Najświętszą. Bez wahania odpowiedział:,,Wszak ci to Matka moja”. Za kilka dni miało przypaść święto Matki Boskiej Wniebowzięcia. W uroczystość św. Wawrzyńca (10 VIII) prosi św. Wawrzyńca, aby uprosił mu u Boga łaskę śmierci w święto Wniebowzięcia.

Prośba ta została wysłuchana i wieczorem tego dnia Stanisław poczuł się bardzo źle. 13 sierpnia gorączka nagle wzrosła. 14 sierpnia męczyły go mdłości. Wystąpił zimny pot, dreszcze, a z ust popłynęła krew.

Prosił by go położono na ziemi. Kiedy dano mu do ręki różaniec ucałował go i wyszeptał,, To jest własność Najświętszej Matki”. Zapytany czy nie ma jakiegoś niepokoju, odparł, że wierzy w miłosierdzie Boże i zgadza się z jego wolą.

Kiedy Stanisław się modlił, jego twarz zajaśniała tajemniczym blaskiem. Kiedy ktoś się do niego zbliżył powiedział, że widzi Matkę Bożą z orszakiem świętych dziewic, które po niego przychodzą.

Po północy 15 sierpnia 1568 roku przeszedł do wieczności. Kiedy podano mu obrazek Matki Bożej, a on nie zareagował uśmiechem, wtedy się przekonano, że już w niebie cieszy się oglądaniem Najświętszej Maryi Panny.

Stanisław Kostka jest patronem takich miast jak: Warszawa, Poznań, Lwów, Gniezno i Lublin. Patronuje studentom, nowicjuszom, nowicjuszkom i młodzieży.

Jego imię nosi wiele placówek i szkół w całej Polsce m.in.: Katolickie gimnazjum w Szczecine, Publiczne gimnazjum jezuitów w Krakowie, Szkoła Podstawowa numer 2 w Lubomierzu.