Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Pobieranie prezentacji. Proszę czekać

Centrum Doskonałości ChemBioFarm Katedra Mikrobiologii Ul. Narutowicza 11/12 80-952 Gdańsk Kierownik Katedry: prof. dr hab. Józef Kur Tel. 58 347 24 06.

Podobne prezentacje


Prezentacja na temat: "Centrum Doskonałości ChemBioFarm Katedra Mikrobiologii Ul. Narutowicza 11/12 80-952 Gdańsk Kierownik Katedry: prof. dr hab. Józef Kur Tel. 58 347 24 06."— Zapis prezentacji:

1 Centrum Doskonałości ChemBioFarm Katedra Mikrobiologii Ul. Narutowicza 11/ Gdańsk Kierownik Katedry: prof. dr hab. Józef Kur Tel Fax Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny

2 Katedra Mikrobiologii - Skład osobowy Pracownicy prof. dr hab. Józef Kur – kierownik, tel , dr inż. Paweł Sachadyn – adiunkt, tel , dr inż. Radosław Pladzyk – adiunkt, tel , dr Elżbieta Hiszczyńska-Sawicka – adiunkt, tel , dr Beata Krawczyk– adiunkt, tel , dr inż. Hubert Cieśliński –adiunkt, tel , dr inż. Rafał Piątek – adiunkt, tel , dr Beata Zalewska – asystent, tel , mgr inż. Marta Wanarska – asystent, tel , Doktoranci mgr inż. Marcin Olszewski, tel , molsza.wp.plmolsza.wp.pl mgr inż. Paweł Filipkowski, tel , mgr inż. Katarzyna Bury, tel , mgr inż. Lucyna Holec, tel , mgr inż. Artur Gąsior, tel , mgr inż. Marta Mróz, tel , mgr inż. Anna Długołęcka, tel , mgr inż. Krzysztof Lewandowski, tel ,

3 1. System ekspozycji powierzchniowej sekwencji antygenowych - Escherichia coli Dr-BAM Skonstruowany szczep E. coli Dr-BAM zawiera zmodyfikowany operon dra pozwalający na ekspresję chimerycznych fimbrii Dr. Pojedyncza komórka bakteryjna na powierzchni posiada setki struktur fimbrialnych typu Dr. Każda fimbria jest homopolimerem zbudowanym z tysięcy kopii białka podjednostkowego DraE. Stworzony bakteryjny system ekspozycji sekwencji antygenowych bazuje na wykorzystaniu białka DraE jako nośnika heterogennych sekwencji antygenowych. Pozwala on na silną amplifikację na powierzchni bakterii wybranej sekwencji peptydowej poprzez jej umieszczenie w obrębie struktury białka DraE stanowiącego podjednostkę budulcową fimbrii Dr. Antygeny rekombinowane

4 Konstrukcja szczepów E. coli eksprymujących fimbrie Dr eksponujące wybraną sekwencję antygenową - badania z wykorzystaniem całych komórek bakteryjnych. Produkcja chimerycznych fimbrii Dr celem uzyskania wysoce immunogennego materiału białkowego do produkcji przeciwciał skierowanych przeciwko eksponowanej sekwencji peptydowej. Wykorzystanie chimerycznych fimbrii Dr jako bezpieczna rekombinantowa szczepionka skierowana przeciwko patogenowi z którego wywodzi się dana sekwencja epitopowa. 2. Potencjalne możliwości zastosowania systemu ekspozycji powierzchniowej Escherichia coli Dr-BAM Antygeny rekombinowane

5 3. Zalety systemu ekspozycji powierzchniowej sekwencji antygenowych Escherichia coli Dr-BAM Prosty i szybki proces konstrukcji rekombinantowego szczepu E. coli eksprymującego określoną sekwencję peptydową. Możliwość ekspozycji różnych hydrofilowych sekwencji antygenowych o wielkości od kilku do kilkunastu aminokwasów. Bardzo prosta i wydajna metoda izolacji dużych ilości chimerycznych fimbrii Dr nie wymagająca zaawansowanych technik chromatograficznych. Bardzo wysoka immunogenność struktur fimbrialnych Dr - gwarancja uzyskania wysokiej odpowiedzi immunologicznej przeciwko eksponowanej sekwencji antygenowej. Antygeny rekombinowane

6 Fimbrie Dr są strukturami unikalnymi tylko dla specyficznego uropatogennego szczepu E. coli Dr+ - nie występują na powierzchni komercyjnie dostępnych szczepów przeznaczonych do klonowania oraz ekspresji. Poznanie na poziomie molekularnym mechanizmu tworzenia fimbrii Dr oraz znajomość struktury białka DraE - potencjalna możliwość dalszej adaptacji układu dla specyficznych zastosowań. Literatura podstawowa: 1. Zalewska B, Piatek R, Konopa G, Nowicki B, Nowicki S, Kur J. Chimeric Dr fimbriae with a herpes simplex virus type 1 epitope as a model for a recombinant vaccine. Infect Immun. 71: Piątek R, Zalewska B, Kolaj O, Ferens M, Nowicki B, Kur J. Molecular aspects of biogenesis of Escherichia coli Dr Fimbriae: characterization of DraB-DraE complexes. Infect Immun. 73: Zalety systemu ekspozycji powierzchniowej E. coli Dr-BAM Antygeny rekombinowane

7 5. Usługi świadczone w temacie powierzchniowej ekspozycji sekwencji antygenowych w układzie Dr-BAM Konstrukcja szczepu E. coli Dr-BAM kodującego białko DraE z wprowadzoną określoną sekwencją antygenową. Ustalenie optymalnych warunków produkcji chimerycznych fimbrii Dr niosących określoną sekwencję antygenową. Produkcja i oczyszczanie chimerycznych fimbrii Dr. Uzyskanie przeciwciał poliklonalnych skierowanych przeciwko sekwencji antygenowej. Kontakt: prof. dr hab. Józef Kur; tel dr Beata Zalewska; tel.: dr inż. Rafał Piątek; tel.: mgr inż. Katarzyna Bury; tel.: Antygeny rekombinowane

8 Immunodiagnostyka toksoplazmozy – antygeny rekombinowane Toxoplasma gondii: kosmopolityczny pierwotniak polikseniczny bezwzględny pasożyt wewnątrzkomórkowy wywołujący toksoplazmozęToksoplazmoza: choroba szeroko rozpowszechniona na całym świecie (liczba osób seropozytywnych w choroba szeroko rozpowszechniona na całym świecie (liczba osób seropozytywnych w Polsce wynosi około 60%) Polsce wynosi około 60%) wrodzona – istotny problem będący przyczyną aborcji lub wad wrodzonych u dzieci wrodzona – istotny problem będący przyczyną aborcji lub wad wrodzonych u dzieci systematyczne badania prenatalne (nie wykonywane obecnie w Polsce) odgrywałyby bardzo istotną rolę we wczesnej identyfikacji zarażeń pasożytem oraz leczeniu systematyczne badania prenatalne (nie wykonywane obecnie w Polsce) odgrywałyby bardzo istotną rolę we wczesnej identyfikacji zarażeń pasożytem oraz leczeniu Testy diagnostyczne: obecnie w stosowanych testach diagnostycznych wykorzystuje się głównie antygeny natywne, a rekombinantowe białka antygenowe mogą być alternatywnym źródłem antygenów obecnie w stosowanych testach diagnostycznych wykorzystuje się głównie antygeny natywne, a rekombinantowe białka antygenowe mogą być alternatywnym źródłem antygenów Prowadzone badania: produkcja rekombinantowych białek antygenowych T. gondii w bakteryjnych systemach ekspresyjnych Escherichia coli produkcja rekombinantowych białek antygenowych T. gondii w bakteryjnych systemach ekspresyjnych Escherichia coli oszacowanie przydatności otrzymanych antygenów w immunodiagnostyce oszacowanie przydatności otrzymanych antygenów w immunodiagnostyce Oferta wdrożeń: Prosty, szybki, czuły i tani serologiczny test diagnostyczny różnicujący toksoplazmozę ostrą i przewleką Kontakt: prof. dr hab. Józef Kur; tel mgr inż. Lucyna Holec; mgr inż. Artur Gąsior

9 Białka SSB-podobne Deinococcaceae i Thermaceae – jako uniwersalne narzędzia w biologii molekularnej Białka SSB-podobne: Wiążą się z jednoniciowym DNA Potencjalne zastosowanie w nauce i przemyśle: Jako wzmacniacz reakcji PCR, multipleks PCR Jako wzmacniacz reakcji PCR, multipleks PCR Reakcje odwrotnej transkrypcji (RT) Reakcje odwrotnej transkrypcji (RT) Techniki analityczne, separacja DNA Techniki analityczne, separacja DNA Rekcje sekwencjonowania trudnych matryc Rekcje sekwencjonowania trudnych matryc Inne techniki z zastosowaniem jednoniciowego DNA i RNA Inne techniki z zastosowaniem jednoniciowego DNA i RNA Prowadzone badania: Produkcja białek w bakteryjnym systemie ekspresyjnym Escherichia coli Produkcja białek w bakteryjnym systemie ekspresyjnym Escherichia coli Oczyszczanie, badanie właściwości Oczyszczanie, badanie właściwości Otrzymywanie na skale komercyjną Otrzymywanie na skale komercyjną Białka SSB-podobne: Wiążą się z jednoniciowym DNA Potencjalne zastosowanie w nauce i przemyśle: Jako wzmacniacz reakcji PCR, multipleks PCR Jako wzmacniacz reakcji PCR, multipleks PCR Reakcje odwrotnej transkrypcji (RT) Reakcje odwrotnej transkrypcji (RT) Techniki analityczne, separacja DNA Techniki analityczne, separacja DNA Rekcje sekwencjonowania trudnych matryc Rekcje sekwencjonowania trudnych matryc Inne techniki z zastosowaniem jednoniciowego DNA i RNA Inne techniki z zastosowaniem jednoniciowego DNA i RNA Prowadzone badania: Produkcja białek w bakteryjnym systemie ekspresyjnym Escherichia coli Produkcja białek w bakteryjnym systemie ekspresyjnym Escherichia coli Oczyszczanie, badanie właściwości Oczyszczanie, badanie właściwości Otrzymywanie na skale komercyjną Otrzymywanie na skale komercyjną Oferta szkoleń: Precyzyjnie regulowane i kontrolowane w czasie rzeczywistym hodowle mikroorganizmów w bioreaktorze 5l. Oferta szkoleń: Precyzyjnie regulowane i kontrolowane w czasie rzeczywistym hodowle mikroorganizmów w bioreaktorze 5l. Oferta wdrożeń: Komercyjne preparaty w/w białek SSB Oferta wdrożeń: Komercyjne preparaty w/w białek SSB Kontakt: prof. dr hab. Józef Kur; tel mgr inż. Olszewski Marcin - termostabilne białka SSB Thermus aquaticus i T. mgr inż Filipkowski Paweł – termostabilne i mezofilne białka z Deinococcus radiodurans, D. geothermalis, D.

10 Zastosowanie białek TaqSSB i TthSSB Reakcje PCR Reakcje multipleks PCR Reakcje sekwencjonowania trudnych matryc Reakcje odwrotnej transkrypcji (RT) Inne techniki wykorzystujące ssDNA i RNA Zastosowanie dowiedzione Zastosowanie potencjalne Legenda: Techniki analityczne - separacja DNA Przykład użycia białka TaqSSB w reakcji PCR - amplifikacji poddano fragment genu CMV (pCDNA21/CMV) Wynik reakcji PCR w 2% żelu agarozowym barwionym bromkiem etydyny. Reakcji PCR podanno fragment genu CMV, który amplifikowano w obecności białka TaqSSB, jak i bez niego. U góry zaznaczono ilość cząsteczek DNA (pCDNA21/CMV) dla każdej amplifikowanej próbki.

11 Termostabilne białko MutS jako narzędzie do wykrywania mutacji punktowych Oferta ekspertyz: Komputerowa analiza sekwencji nukleotydowych, projektowanie układów do diagnostyki PCR Oferta wdrożeń: Rekombinantowe szczepy do produkcji białka histag- MutS oraz fuzji MutS z GFP i -galaktozydazą Kontakt: dr inż. Paweł Sachadyn dr inż. Anna Stanisławska-Sachadyn fluorescencja = ochrona = mutacja Oznaczenie w jednej probówce, 360 ng DNA bp 1-3 g histag-MutS MutS-SYBR-GOLD MutS chroni niekomplementarne DNA przed nukleazami Retardacja DNA przez MutS MutS opóźnia migrację niekomplementarnego DNA 1-3 g histag-MutS, ng produktu PCR Fuzyjne białka MutS MutS - rozpoznaje niekomplemetarność w DNA. Domena reporterowa - dostarcza silny sygnał. Immobilizowana sonda mikropłytka domena reporterowa MutS DNA badane Bezbarwny substrat Barwny produkt hydrolizy niekomplementarnego DNA opóźniane przez MutS Potencjalna możliwość detekcja mutacji w genomowym DNA bez amplifikacji PCR

12 Diagnostyka molekularna w medycynie i przemyśle spożywczym Metody genotypowe identyfikacji i różnicowania bakterii w badaniach mikrobiologicznych w oparciu o techniki PCR Od ponad 10 lat w rutynowej diagnostyce chorób infekcyjnych wzrasta zastosowanie testów opartych na amplifikacji kwasów nukleinowych, takich jak PCR. Pozwala to na szybką diagnozę o wysokim stopniu czułości i specyficzności. Potencjalne zastosowanie: wykrywanie i identyfikacja czynników infekcyjnych wykrywanie i identyfikacja czynników infekcyjnych rozwiązywanie problemów epidemiologicznych w oparciu o technikę ADSRRS-fingerprinting rozwiązywanie problemów epidemiologicznych w oparciu o technikę ADSRRS-fingerprinting Prowadzone badania: konstrukcja kitu diagnostycznego opartego o technikę ADSRRS-fingerprinting konstrukcja kitu diagnostycznego opartego o technikę ADSRRS-fingerprinting opracowywanie testów diagnostycznych do identyfikacji patogenów roznoszonych przez kleszcze dla przesiewowych badań epidemiologicznych środowiska, oceniających stan zagrożenia tymi patogenami dla ludzi opracowywanie testów diagnostycznych do identyfikacji patogenów roznoszonych przez kleszcze dla przesiewowych badań epidemiologicznych środowiska, oceniających stan zagrożenia tymi patogenami dla ludzi różnicowanie gatunków Borrelia burgdorferii sensu lato (B. burgdorferii sensu stricto, B.afzelii, B.garini) oraz B.valaisiana i B.lusitaniae techniką recA-PCR/RFLP (nowa metoda szybkiej identyfikacji gatunków należących do rodzaju Borrelia) różnicowanie gatunków Borrelia burgdorferii sensu lato (B. burgdorferii sensu stricto, B.afzelii, B.garini) oraz B.valaisiana i B.lusitaniae techniką recA-PCR/RFLP (nowa metoda szybkiej identyfikacji gatunków należących do rodzaju Borrelia) Oferta szkoleń: W zakresie technik biologii molekularnej w badaniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych Oferta wdrożeń: Kity diagnostyczne w zakresie przedstawionych badań Kontakt: prof. dr hab. Józef Kur; tel dr Beata Krawczyk - ADSRRS, mgr inż. Krzysztof Lewandowski ) - ADSRRS

13 Termostabilna β-D-galaktozydaza Pyrococcus woesei oraz zimnolubna β-D-galaktozydaza Pseudoalteromonas sp. 22b-produkcja i zastosowanie Enzymy te: katalizują reakcję hydrolizy wiązań β-1,4-glikozydowych katalizują reakcję transglikozylacji najbardziej znanym substratem tych enzymów jest cukier mleczny – laktoza Potencjalne zastosowanie w przemyśle: produkcja bezlaktozowego mleka i jego przetworów dla ludzi nie tolerujących laktozy synteza oligosacharydów stosowanych jako probiotyczne dodatki do żywności produkcja syropu glukozowo-galaktozowego dla na potrzeby przemysłu spożywczego produkcja bezlaktozowej serwatki, składnika nowoczesnych pasz zwierzęcych Prowadzone badania: produkcja enzymu w bakteryjnym systemie ekspresyjnym Escherichia coli produkcja enzymu w drożdżowym systemie ekspresyjnym Pichia pastoris oczyszczanie, badanie właściwości i immobilizacja enzymu Oferta szkoleń: Klonowanie i ekspresja genów w bakteryjnym i drożdżowym ekspresji. systemie ekspresji. Oferta wdrożeń: Rekombinantowy szczep Pichia pastoris do produkcji β-D-galaktozydazy P. woesei. Kontakt: prof. dr hab. Józef Kur; tel mgr inż. Marta Wanarska - Termostabilna β-D-galaktozydaza Pyrococcus dr inż. Hubert Cieśłiński - zimnolubna β-D-galaktozydaza Pseudoalteromonas sp.

14 PONADTO OFERUJEMY Szkolenia w zakresie nowoczesnych technik biologii molekularnej Projektowanie i wykonywanie mikrobiologicznych testów diagnostycznych w oparciu o technikę PCR Projektowanie i wykonywanie układów ekspresyjnych E. coli i Pichia pastoris do produkcji wybranych białek. ZAPRASZAMY PAŃSTWA DO WSPÓŁPRACY


Pobierz ppt "Centrum Doskonałości ChemBioFarm Katedra Mikrobiologii Ul. Narutowicza 11/12 80-952 Gdańsk Kierownik Katedry: prof. dr hab. Józef Kur Tel. 58 347 24 06."

Podobne prezentacje


Reklamy Google