w Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie

Prezentacja na temat: "w Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie"— Zapis prezentacji:

1 w Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie
Baza danych KSIB w Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie Krajowym Centrum Roślinnych Zasobów Genowych

2 Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych
Zadania Gromadzenie zasobów genowych Kolekcje hodowców Ekspedycje pozyskujące odmiany lokalne Ekspedycje poszukujące dzikich ekotypów Przechowywanie długoterminowe Dokumentacja zasobów genowych

3 Baza KSIB w KCRZG IHAR rozwiązania techniczne
Koszt postawienia serwera KSIB z oprogramowaniem testowym (90 dniowym) wyniósł 0 zł. Finansowanie z programu KSIB pozwoliło na postawienie nowego serwera z Win2003 SBS Premium Internet GBIF router LAN IHAR Serwer internetowy ihar.edu.pl Linux Serwer KSIB/GBIF Procesor K2/333 Win2000Server Serwer KCRZG Novell gbif.ihar.edu.pl DiGIRProvider FoxPro MS SQL Bazy KCRZG Baza KSIB

4 Baza KSIB w KCRZG oprogramowanie do obsługi baz danych
Global Biodiversity Information Facility Bazy KCRZG Bazy KCRZG Baza pośrednia Baza KSIB Bazy KCRZG DiGIRProvider MS SQL FoxPro Program DiGIRProvider zapewnia łączność pomiędzy bazą KSIB oraz dokonuje odwzorowania pól bazy KSIB do standardu DarwinCore

5 Baza KSIB w KCRZG odwzorowanie pól bazy KSIB do standardu DarwinCore w interface DiGIRProvider
Standard DarwinCore MS SQL DateLastModified <- DateLastMo InstitutionCode <- Institutio CollectionCode <- Collection CatalogNumber <- CatalogNum ScientificName <- Scientific BasisOfRecord <- BasisOfRec Kingdom <- Kingdom Phylum <- Phylum MS SQL akceptuje 10 znakowe nazwy, DiGIR odwzorowuje je na dłuższe nazwy DarwinCore DiGIRProvider Baza KSIB

6 Baza KSIB w KCRZG odwzorowanie pól bazy KSIB do standardu DarwinCore w interface DiGIRProvider
Standard DarwinCore MS SQL Class <– Class Order <- bioOrder Family <- Family Genus <- Genus Species <- Species SubSpecies <- SubSpecies Country <- Country Notes <- Notes Słowo „order” jest słowem zastrzeżonym w MS SQL – można je zastąpić innym, a za pomocą DiGIR’a odwzorować je na nazwę „Order” DiGIRProvider Baza KSIB

7 Powstanie bazy KSIB Zboża, Trawy Bazy KCRZG Baza KSIB DiGIRProvider
Baza KSIB powstała poprzez transfer i przekształcenie części danych z baz KCRZG Zboża, Trawy Bazy KCRZG Baza KSIB DiGIRProvider Baza KSIB Bazy KCRZG

8 Bazy danych KCRZG Bobik Bób Burak Chmiel Ekspedycje Groch Gryka
Bazy planowane do transferu w drugim etapie Bazy KCRZG przetransferowane do bazy KSIB Bobik Bób Burak Chmiel Ekspedycje Groch Gryka Herbarium Kukurydza Len Proso Rzepak Seradela Topinambur Trzciny Trawy Tytoń Warzywa Winogrona Zboża Ziemniak Zioła Na następnych slajdach opis transferu bazy „Zboża” do bazy KSIB Bazy KCRZG

9 Baza „Zboża” w KCRZG dane paszportowe wykorzystane w KSIB
Tablice bazy „Zboża” Lista pól w tablicy GRUP, KOL, NUMINT, NUM, PL, NOR, AVA, NAZ, ROD, PRO, LOC, E_LATT, E_LONG, E_ALTIT, GAT, BOT, FORMA_BOT, DAT, KRP, TYP, TYP1, NRD, KRD, DONOR, INR, INR2, HOD, ODA, CH, RDZ, NOTES, OBS, RRO, HER, PRZ, PLL, ROZ, GAP, RRP, HAB, ZMIANA zboża.dbf Relacja przez pole BOT gatunki.dbf BOT, KodRdz, GENUS, GATUNEK, SUBSP, VARIETAS, FORMA, OPIS Kolorem pomarańczowym wyróżnione pola przeniesione do bazy KSIB Relacja przez pole KodRdz KodRdz, BotKin, BotPhy, BotCla, BotOrd, BotFam TabBot.dbf Baza KSIB Bazy KCRZG

10 Baza „Zboża” w KCRZG dane paszportowe wykorzystane w KSIB
Pole AVA zostało użyte do przesłania do bazy KSIB jedynie danych o obiektach dla których są dostępne nasiona Pole PL zawiera unikalny, w ramach banku genów, numer obiektu MS SQL FoxPro CatalogNum <- PL Kingdom <- BotKin Phylum <- BotPhy Class <– BotCla bioOrder <- BotOrd Family <- BotFam Genus <- GENUS Species <- GATUNEK Baza KSIB Bazy KCRZG

11 Baza „Zboża” w KCRZG dane paszportowe wykorzystane w KSIB
MS SQL FoxPro Pole NAZ zawierające nazwę obiektu, najczęściej nazwę odmiany, rodu lub nazwę zwyczajową, zostało przypisane polu NOTES, gdyż w standardzie DarwinCore brakowało odpowiedniego pola Subspecies <- SUBSP Notes <- NAZ Country <- KRP DateLastMo <- ZMIANA Institutio <- ‘IHAR‘ BasisOfRec <- ‘G‘ Collection <- ‘POLIHAR‘ Przypisanie wszystkim rekordom wartości „G” oznacza, że wszystkie obiekty są przechowywane w postaci nasion. Na następnych slajdach opis zawartości bazy KSIB Baza KSIB Bazy KCRZG

12 Baza KSIB w KCRZG zróżnicowanie pod względem botanicznym
Rodzina: Poacea obiektów - w tym rodzaje: (reprezentowane przez mniej niż 10 obiektów) Agropyron Alopecurus Andropogon Arrhenatherum Avenula Boissiera Calamagrostis Calamovilfa Cenchrus Desmazeria Digitaria Echinaria Echinochloa Eleusine Elymus Elytrigia Eragrostis Gastridium Hystrix Melica Monerma Muehlenbergia Nardurus Nardus Phalaris Polypogon Psatyrostachys Puccinellia Sorghastrum Trisetum Vulpia Baza KSIB

13 Baza KSIB w KCRZG zróżnicowanie pod względem botanicznym
Rodzina: Poacea obiektów - w tym rodzaje: (reprezentowane przez więcej niż 10 obiektów) Koeleria Lolium Panicum Phleum Poa Secale Setaria Triticum Aegilops 314 Agrostis 53 Avena Bromus Cynosurus Dactylis Deschampsia 61 Festuca Hordeum Na następnych slajdach opis zróżnicowania rodzaju Titicum Baza KSIB

14 Baza KSIB w KCRZG zróżnicowanie pod względem botanicznym
Rodzaj: Triticum, gatunki: Triticum aestivum L Triticum aethiopicum Jakubz Triticum araraticum Jakubz Triticum boeoticum Boiss Triticum carthlicum Nevski Triticum compactum Host Triticum dicoccoides (Koern.exAh.etGrae)Schweinf 7 Triticum dicoccon Schrank Triticum dicoccum (Schrank) Schuebl Triticum durum Desf Triticum karamyschevii Nevski Triticum kiharae Dorof. et Migusch Zachowywanie nazw gatunkowych w postaci użytej przez dawcę nasion, prowadzi do pojawiania się synonimów. Baza KSIB

15 Baza KSIB w KCRZG zróżnicowanie pod względem botanicznym
Rodzaj: Triticum, gatunki: Triticum macha Dekapr. et Menabde Triticum militinae Zhuk. et Migush Triticum monococcum L Triticum persicum Vav Triticum polonicum L Triticum sp Triticum spelta L Triticum sphaerococcum Perciv Triticum timopheevii (Zhuk.) Zhuk Triticum turgidum L Triticum vavilovii (Thum.) Jakubz Baza KSIB

16 Baza KSIB w KCRZG zróżnicowanie pod względem botanicznym
Gatunek: Triticum monococcum L. Varietas l. obiektów Lista numerów id. próbki nasion HORNEMANNII (Clem.) Koern. 3 MACEDONICUM Papag. 1 NIGRICULTUM Flaksb VULGARE Koern - 10 22861, 5007, 5040 22860 5005 24067, 24068, 5006 20790, 21011, 21986, 21985, 21031, 1195, 5003, 5004, 24376, 20751 Każdemu numerowi odpowiada w przechowalni jeden pojemnik z nasionami. Jeśli w wyniku dystrybucji liczba nasion danego obiektu spada poniżej określonego minimum to są one wysiewane na poletkach rozmnożeniowych. Baza KSIB

17 Dziękują za uwagę Wiesław Podyma Paweł Kolasiński Dorota Nowosielska
Pszenica samopsza (Triticum monococcum)