Analiza sieci genowych Agnieszka Marmołowska Jacek Ławrynowicz.

Prezentacja na temat: "Analiza sieci genowych Agnieszka Marmołowska Jacek Ławrynowicz."— Zapis prezentacji:

1 Analiza sieci genowych Agnieszka Marmołowska Jacek Ławrynowicz

2 Sieć genowa Zbiór segmentów DNA komórki, które oddziałują ze sobą i innymi elementami komórki. Pokazuje w jakim stopniu geny są transkrybowane na mRNA. Ogólnie mRNA tworzą białka.

3 Sieć genowa - funkcje białka Białka strukturalne – budowa komórki Enzym – np. trawienne Czynnik transkrypcyjny – aktywuje inny gen – łącząc się z promotorem zapoczątkowuje produkcję innego białka.

4 Sieć genowa jako graf Węzły – zbiór segmentów DNA (węzeł lub porty) Krawędzie – połączenie segmentów DNA czynnikiem transmisyjnym Populacje, zbiory populacji

5 Parametry sieci Omawiane parametry mają znaczenie w różnych sieciach (www, sieci społeczne...) Interesują nas własności sieci genowych

6 Rozkład stopni wierzchołków Wzór Outgoing distribution Ingoing distribution

7 Średnica Ścieżka charakterystyczna Najkrótsza ścieżka między parą wierzchołków - Średnica - Ścieżka charakterystyczna - Dla sieci genowych Przykład: 1000 genów, 4000 połączeń – ścieżka charakterystyczna = 3.3

8 Degree Centrality Wzór Przykład: 21% białek o było ważnych, 62% białek o było ważnych Związek między degree centrality a ważnością białek nie jest prosty

9 Closeness Centrality Wzór Przykład: wierzchołki o najwyższej wartości closeness centrality odpowiadają za komunikację komórka- komórka

10 Betweeness Centrality Wzór gdzie: - ilość ścieżek między u i v - ilość ścieżek między u i v przechodzących przez w Przykład: średnia wartość C b dla ważnych protein jest o około 80% wyższa niż dla protein nieważnych. Istnieje związek między betweenes i degree centrality.

11 Bibliografia Mason, O. & Verwoerd, M. Graph theory and networks in biology. Systems Biology, IET 1, 89-119 (2007)