Organizacja materiału genetycznego u roślin

Prezentacja na temat: "Organizacja materiału genetycznego u roślin"— Zapis prezentacji:

1 Organizacja materiału genetycznego u roślin

2 Chromatyna wypełnia jądro komórkowe
Chromatyna - kompleks nukleoproteinowy DNA, histony, białka niehistonowe Funkcja strukturalna oraz regulacyjna W jadrze nie ma nagiego DNA tylko chromatyna, co wpływa decydujaco na przebieg zachodzacych w nim procesow:replikacja, transkrypcja itd… , zaburzenia wystepuja w wielu chorobach, m.in. nowotworach

3 Maksymalny stopień kondensacji DNA osiąga w chromosomach
W jadrze interfazowym jest bardziej rozluzniona

4 Białka histonowe Histony-uniwersalne u eukariota (jaki jest wyjątek? - protaminy) Małe, zasadowe – lizyna i arginina Domeny globularne- rownomiernr rozmieszczenie ladunku,; odpowiedzialne za oddziaływania międzyhistonowe histonow rdzeniowych oraz wiazanie z DNA ;ogony sa zasadowe , w H1 N i C końcowe Bardzo konserwowane – najbardziej H4, 2 różnice miedzy krową i grochem. Ogony sa bardziej zmienne szczególnie w H1, H2A i H2B Różnice w sekw aa sa podstawa do wyroznienia wariantow sekwencyjnych , szczególnie duzo dla h1, brak dla H4. są kodowane przez odrebne geny.

5 „Sznur korali” (‘beads on the string’)
Olins & Olins, 1973

6 Dean Hewish, 1973 Leigh Burgoyne, 1973
Photo of chromatin digested by nuclease, from Hewish and Burgoyne's 1973 experiment. Dean Hewish, 1973 Leigh Burgoyne, 1973

7 Trawienie chromatyny DNAzą -Drabinka nukleosomowa
Mono, di, tri nukleosomy itd. Dlugie trawiienie ujawnia chromatosom i cz. Rdzeniowa – coraz krotsze DNA

8 NUKLEOSOM JEST PODSTAWOWĄ JEDNOSTKĄ STRUKTURALNĄ CHROMATYNY
Roger Kornberg w 1974 r. zaproponował model, w którym DNA owinięty jest wokół rdzenia histonowego tworząc nukleosom NUKLEOSOM JEST PODSTAWOWĄ JEDNOSTKĄ STRUKTURALNĄ CHROMATYNY aureat Nagrody Nobla w dziedzinie chemii w 2006 8

9 Fałd histonowy Charakt motyw strukturalny dla hist rdzeniowych odpowiada za interakcje histonow oktameru w nukleosomie Ok. 70aa, 3 helisy i krótkie łączniki

10 Złożenie fałdów (hand shake)
Silne oddziaływanie

11 Konserwowane elementy na obrzeżu oktameru
Odpowiedzialne za interakcje histony-DNA

12 Oktamer – oddziaływanie z DNA
Podstawową, powtarzalną jednostką strukturalną chromatyny jest nukleosom. W budowie nukleosomu można wyróżnić tzw. cząstkę rdzeniową – zwartą strukturę w kształcie spłaszczonego cylindra, złożoną z ośmiu cząsteczek histonów (po dwie cząsteczki histonów H2A, H2B, H3 i H4) na które nawinięty jest fragment DNA. Ogony wystaja na zewnatrz nukleosomu

13 Struktura krystalogtaficzna cząstki rdzeniowej nukleosomu
Karolin Luger Timothy Richmond Luger K, Mader AW, Richmond RK, Sargent DF, Richmond TJ. Nature 1997 Sep18;389(6648):251-60 13

14 Składanie nukleosomu Nukleosom = H3H4 tetramer + 2 dimery H2AH2B
Udział czaperonow przy składaniu

15 Zaginanie i zwijanie DNA na oktamerze
Samo nawiniecie dna na oktamery wymusza pewna konformacje DNA Ściśle zwinięta lewoskrętna superhelisa ma ok. 80 pz na zwój i skok superhelikalny ok. 27,5 A.

16 Ekspozycja miejsc w helisie DNA na oktamerze
Jedne fragmenty sa skierowane do wewnatrz, inne na zewnatrz nukleosomu

17 Mutacje SIN znoszą oddziaływania oktameru z DNA
SIN (SWI/SNF independent) powoduja zmiane struktury chromatyny

18 Cząstka rdzeniowa, chromatosom i nukleosom
Nukleosom = czastka rdzeniowa + H1 + DNA łącznikowe (ok.. 200bp, zmienne gatunkowo) Chromatosom=cz. Rdzeniowa bez DNA łącznikowego (Dł. DNA ok. 166bp) czastka rdzeniowa =oktamer +146bpDNA (nie ma DNA chronionego przez H1)

19 Umiejscowienie H1 w nukleosomie
Albo wiaże się w jednym miejscu na DNA (po lewej) albo spina DNA lacznikowy w miejscu wejscia i zejscia

20 Rodzaje chromatyny w jadrze
Struktura chromatyny nie jest jednolita, tzn. w jądrze komórkowym obok siebie występują regiony o niskim oraz wysokim stopniu kondensacji nazywane tradycyjnie eu- i heterochromatyną

21 Regulacyjna rola chromatyny
Wczesne obserwacje wskazywały, że euchromatyna charakteryzuje się wysoką aktywnością transkrypcyjną, natomiast heterochromatyna – niską. Dużo późniejsze badania molekularne pozwoliły wyjasnic zależność pomiędzy stopniem upakowania chromatyny, a aktywnościa transkrypcyjną Zmiany struktury chromatyny mogą być trwałe i utrzymywać się przez kolejne podziały komórkowe - dziedziczenie epigenetyczne-, co ma miejsce m.in. w przypadku formowania nieaktywnej heterochromatyny w trakcie rozwoju [wazne pytanie - czy mod epig. mogą być dziedziczone????). W obrębie euchromatyny mogą natomiast zachodzić szybkie zmiany strukturalne, które pozwalają na przełączanie między stanem aktywnym i wyciszonym genu w odpowiedzi na sygnały płynące z zewnątrz do komórki.

22 Struktury ponadnukleosomowe
solenoid

23 Nukleosomy zajmują określone miejsca w chromatynie
A. Schemat ułożenia nukleosomów w chromatynie, pojęcie długości powtórzeń nuklesomowych. B. Silnie zlokalizowane i rozmyte nukleosomy. C. Nukleosomy a miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych. G. Arya et al. jbsd 2010

24 Nukleosomy a transkrypcja
Schemat otwartych (A) i zamkniętych (B) promotorów. Typowa mapa pozycyjna nukleosomów na otwartym promotorze pokazuje wyraźne wyróżnienie locus genowego przez obecność rejonów 5’ i 3’ wolnych od nukleosomów (NDR). (TSS) - miejsce startu transkrypcji. 5’ NDR sąsiaduje z silnie związanymi nukleosomami. G. Arya et al. jbsd 2010

25 Pozycjonowanie nukleosomów

26 Struktura a funkcja chromatyny
Połączone ze sobą nukleosomy tworzą w roztworach o małej sile jonowej włókno chromatynowe o średnicy 10nm, które w warunkach fizjologicznych spontanicznie fałduje się w grubsze włókno o średnicy 30nm. Nie wyjaśniono do tej pory, jak zbudowane są struktury chromatyny wyższego rzędu Rola histonu H1 i ogonów rdzeniowych Różne formy chromatyny mogą wzajemnie miedzy soba przechodzic – zmiany te sa regulowane i decydują o przebiegu procesów genetycznych (np.. Transkrypcji ) w jądrze

27 Zmiany struktury chromatyny
modyfikacje DNA modyfikacje potranslacyjne histonów wyspecjalizowane warianty histonów ATP-zależna przebudowa (remodeling) chromatyny

28 Metylacja DNA, Metylomy

29

30 Metylacja cytozyny w DNA

31

32 U bliźniąt monozygotycfznych różnice epigenetyczne (metylacja DNA) nagromadzają się w życiu osobniczym Significant DNA methylation changes are indicated as thick red and green blocks in the ideograms. The 50-year-old twin pair shows abundant changes in the pattern of DNA methylation (green=hypermethylation and red=hypomethylation), 3-year-old twins have a very similar DNA methylation (yellow). "...We found that, although twins are epigenetically indistinguishable during the early years of life, older monozygous twins exhibited remarkable differences in their overall content and genomic distribution of 5-methylcytosine DNA and histone acetylation, affecting their gene-expression portrait. These findings indicate how an appreciation of epigenetics is missing from our understanding of how different phenotypes can be originated from the same genotype." Proc Natl Acad Sci U S A Jul 26;102(30): Copyright (2005) National Academy of Sciences, U.S.A

33 Modyfikacje potranslacyjne białek histonowych
D. Allis Turner 2002

34 Modyfikacje potranslacyjne białek histonowych – kod histonowy
Kod histonowy – skomplikowana sprawa , nie tylko rodzaj ale i kombinacje modyfikacji decyduja o ich roli

35 Modyfikacje potranslacyjne białek histonowych
Kozaurides 2007

36 Acetylacja lizyny w histonach

37 Elektroforetyczny dowód acetylacji histonów

38 Efekt acetylacji ogonów histonowych
Inhibitory deacetylaz – leki przeciwnowotworowe i w chorobach OUN

39 Mechanizm działania modyfikacji potranslacyjnych białek histonowych
Działanie bezpośrednie: zmiany w oddziaływaniach histon-DNA i histon-histon Działanie pośrednie: rekrutacja białek rozpoznających określone modyfikacje Kozaurides 2007

40 Warianty histonów – H2A Warianty h1- rozna dynamika wiazania z chromatyna

41 Warianty histonów - rozmieszczenie w chromosomach

42 SWI/SNF ISWI Mi2 Snf2 ATP-zależna przebudowa (remodeling) chromatyny
Główne typy kompleksów remodelujących chromatynę SWI/SNF ISWI Mi2 Swp73 Swi3 Snf5 Snf2 ISWI

43 Działanie kompleksów remodelujących chromatynę
Kingston & Narlikar, 1999 DDM1 ATP Brzeski & Jerzmanowski, 2003

44 ATP-zależna przebudowa (remodeling) chromatyny
Jeden z mechanizmów remodelingu: przesunięcie oktameru histonów wzdłuż nici DNA

45 Chromatyna – hierarchia struktur
Spekulacje co do struktur wyższego rzędu Różne formy chromatyny mogą wzajemnie miedzy soba przechodzic – zmiany te sa regulowane i decydują o przebiegu procesów genetycznych (np.. Transkrypcji ) w jądrze Czynniki regulatorowe prawdopodobnie decydują o przejsciach struktur na kazdym szczeblu Więcej informacji o regulacji chromatynowej i narzedziach uzywanych w badaniach chromatyny- fakultet Marty