Wyszukiwanie informacji klinicznej dla aktualnego kontekstu Bartosz Kukawka, ISWD promotor dr inż. Sz. Wilk.

Prezentacja na temat: "Wyszukiwanie informacji klinicznej dla aktualnego kontekstu Bartosz Kukawka, ISWD promotor dr inż. Sz. Wilk."— Zapis prezentacji:

1 Wyszukiwanie informacji klinicznej dla aktualnego kontekstu Bartosz Kukawka, ISWD promotor dr inż. Sz. Wilk

2 Medycyna oparta na faktach Medycyna oparta na faktach, medycyna oparta na dowodach (ang. Evidence- based medicine, EBM) – postępowanie kliniczne oparte o najlepsze dostępne dowody naukowe dotyczące skuteczności, efektywności i bezpieczeństwa.Medycyna oparta na faktach, medycyna oparta na dowodach (ang. Evidence- based medicine, EBM) – postępowanie kliniczne oparte o najlepsze dostępne dowody naukowe dotyczące skuteczności, efektywności i bezpieczeństwa. Przytłaczająca ilość dostępnych informacji (ok. 30.000 artykułów medycznych publikowanych każdego roku)  potrzeba wyszukiwania i pobierania adekwatnych dokumentówPrzytłaczająca ilość dostępnych informacji (ok. 30.000 artykułów medycznych publikowanych każdego roku)  potrzeba wyszukiwania i pobierania adekwatnych dokumentów Rozwiązania dostępne obecnie:Rozwiązania dostępne obecnie: –wykorzystanie uprzednio wybranych dokumentów, statycznie połączonych z istniejącymi systemami szpitalnymi (CPOE, order-sets) –głównie w języku angielskim, niewielkie wsparcie dla języka polskiego Wyzwanie i cel – usługa dostarczająca dokumentyWyzwanie i cel – usługa dostarczająca dokumenty –adekwatne w danym kontekście (karta pacjenta, algorytm kliniczny) –w języku angielskim na podstawie opisu kontekstu po polsku

3 Telemedycyna Wielkopolska Wspólny projekt Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego, Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu i Politechniki PoznańskiejWspólny projekt Poznańskiego Centrum Superkomputerowo-Sieciowego, Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu i Politechniki Poznańskiej Cel: stworzenie systemu usług telemedycznych dla zakładów opieki zdrowotnej w WielkopolsceCel: stworzenie systemu usług telemedycznych dla zakładów opieki zdrowotnej w Wielkopolsce Usługi:Usługi: –Telekonsultacje –Rejestr Przypadków –Teleedukacja –Wspomaganie Decyzji Wdrożenie pilotażowe – chirurgia urazowa i urazy wielonarządoweWdrożenie pilotażowe – chirurgia urazowa i urazy wielonarządowe

4 Opis pacjenta z urazemOpis pacjenta z urazem –wprowadzany lub przeglądany w rejestrze przypadków –wprowadzany w trybie wspomagania decyzji –trwająca telekonsultacja Algorytm kliniczny dla konkretnego rodzaju urazówAlgorytm kliniczny dla konkretnego rodzaju urazów –tworzone aby sformalizować zalecane postępowanie w przypadku urazów –przedstawiane jako schemat blokowy –celem jest edukacja i wspomaganie decyzji klinicznych Konteksty pozyskiwania dokumentów

5 Repozytoria zasobów medycznych Repozytoria ogólnego przeznaczeniaRepozytoria ogólnego przeznaczenia –PubMed – “ponad 19 milionów cytowań artykułów o tematyce biomedycznej…” –The Cochrane Library – “źródło wysokiej jakości dokumentów wspierających podejmowanie decyzji klinicznych” Repozytoria specjalistyczne (dotyczące urazów)Repozytoria specjalistyczne (dotyczące urazów) –AO Foundation – “setki zabiegów chirurgicznych wyjaśnione krok po kroku…” –Medal.org – “ponad 14400 skal, wskaźników i innych algorytmów…” –Trauma.org – “materiały edukacyjne i informacyjne dla specjalistów od urazów…”

6 MeSH – Medical Subject Headings MeSH – “słownik tworzony przez U.S. NLM używany do indeksowania artykułów w bazie MEDLINE/PubMed. Terminologia MeSH dostarcza spójnego sposobu pozyskiwania informacji (dokumentów), które mogą używać różnych terminów dla określania tego samego pojęcia.”MeSH – “słownik tworzony przez U.S. NLM używany do indeksowania artykułów w bazie MEDLINE/PubMed. Terminologia MeSH dostarcza spójnego sposobu pozyskiwania informacji (dokumentów), które mogą używać różnych terminów dla określania tego samego pojęcia.” Wprowadzony w 1960, ciągle poprawiany i uaktualniany każdego rokuWprowadzony w 1960, ciągle poprawiany i uaktualniany każdego roku Dostępny za darmo i przetłumaczony na wiele języków – pierwsze polskie tłumaczenie przygotowano w Bibliotece Głównej Akademii Medycznej w Poznaniu w 1997Dostępny za darmo i przetłumaczony na wiele języków – pierwsze polskie tłumaczenie przygotowano w Bibliotece Głównej Akademii Medycznej w Poznaniu w 1997

7 Indeksowanie i pozyskiwanie dokumentów w oparciu o terminologię MeSH Jednolite indeksowanie rozważanych repozytoriów:Jednolite indeksowanie rozważanych repozytoriów: –tylko PubMed jest indeksowany terminami z MeSH, wyszukiwanie w pozostałych repozytoriach opiera się na słowach kluczowych –konieczność stworzenia własnych indeksów za pomocą systemu MetaMap stworzonego przez NLM do przetwarzania tekstów biomedycznych Indeksowanie opisów kontekstów (danych medycznych w opisach przypadków oraz wierzchołków w algorytmach decyzyjnych)Indeksowanie opisów kontekstów (danych medycznych w opisach przypadków oraz wierzchołków w algorytmach decyzyjnych) –automatyczne indeksowanie z pomocą polskiego tłumaczenia MeSH –ręczne indeksowanie (etykietowanie) przez specjalistów –podejście łączone – automatyczne stworzenie wstępnego etykietowania i jego udoskonalenie przez ekspertów Ostatecznie, wszystkie zasoby i opisy kontekstów są indeksowane terminami ze słownika MeSHOstatecznie, wszystkie zasoby i opisy kontekstów są indeksowane terminami ze słownika MeSH

8 Identyfikacja i pozyskiwanie dokumentów Usługa identyfikacji i pozyskiwania dokumentów PubMed AO Foundation Medal.org Trauma.org ? ? Opis przypadku Algorytm kliniczny Inne konteksty… Zapytanie o dokumenty Odpowiedź z listą odnośników do adekwatnych dokumentów Zapytanie o dokumenty Odpowiedź z listą odnośników do adekwatnych dokumentów Zapytanie w formie terminów MeSH Odpowiedź z listą pozyskanych zasobów Zapytanie w formie terminów MeSH Odpowiedź z listą pozyskanych zasobów

9 Przykładowy scenariusz 1.Lekarz kieruje zapytanie o dokumenty dotyczące pewnego obrażenia pacjenta z rejestru przypadków 2.Wybrane obrażenie jest mapowane na powiązany termin MeSH MeSH IDD01924 Polski terminWstrząśnienie mózgu Angielski terminBrain concussion

10 Przykładowy scenariusz 3.System wyszukuje dokumentów powiązanych z terminem “brain concussion” (MeSH ID = D01924) we wszystkich repozytoriach Trauma.org AOFoundation.org Medal.org PubMed

11 Przykładowy scenariusz 4.System łączy wyniki zapytań i zwraca listę odnośników do odpowiednich stron WWW (repozytoriów) Trauma.org (5) Acute management of traumatic brain… Glasgow Comma Score … AOFundation.org (0) Medal.org (0) PubMed (5) Concussion care: simple strategies, … Neuropathology. A late hit for … …

12 Realizacja Robot przeszukującyRobot przeszukujący –Heritrix 3.0 –wyrażenia XPath –obsługa różnych technologii prezentacji danych (HTML, ASP.NET, Javascript) IndeksowanieIndeksowanie –MetaMap 2009 i Apache Lucene –własny słownik terminów MeSH WyszukiwarkaWyszukiwarka –wyszukiwanie w PubMed – SOAP –wyszukiwanie w indeksie – rozszerzanie zapytań Eksperyment obliczeniowyEksperyment obliczeniowy

13 Integracja z TeleMed

14

15

16 Podsumowanie Dostarczanie dokumentów adekwatnych w danym (szeroko zdefiniowanym) kontekścieDostarczanie dokumentów adekwatnych w danym (szeroko zdefiniowanym) kontekście Łączenie polskiego opisu kontekstu z angielskimi zasobami dzięki wykorzystaniu terminologii MeSHŁączenie polskiego opisu kontekstu z angielskimi zasobami dzięki wykorzystaniu terminologii MeSH Proponowana usługa może być stosunkowo łatwo integrowana z innymi systemamiProponowana usługa może być stosunkowo łatwo integrowana z innymi systemami Możliwość dodania innych repozytoriów, także w języku polskimMożliwość dodania innych repozytoriów, także w języku polskim Promocja i rozpowszechnianie medycyny opartej na faktach wśród polskich lekarzyPromocja i rozpowszechnianie medycyny opartej na faktach wśród polskich lekarzy Promocja i rozpowszechnianie polskiego tłumaczenia MeSHPromocja i rozpowszechnianie polskiego tłumaczenia MeSH

17 Dziękuję za uwagę