Roman Wyrzykowski Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
Migrating Desktop Podsumowanie projektu
Advertisements

Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Środowisko obliczeniowe gLitewprowadzenie wprowadzenie Bartek.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Intuicyjny interfejs do zasobów projektu PL-Grid Migrating.
Architektura SAP R/3 Wybrane zagadnienia.
Sieci VLAN.
SIECI KOMPUTEROWE WYKŁAD 10. RÓWNOWAŻENIE OBCIĄŻEŃ
Sieci komputerowe Wstęp Piotr Górczyński 20/09/2003.
Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Partners logo Intuicyjny interfejs do zasobów Gridowych Migrating.
Usługa powszechnej archiwizacji PLATON-U4
1 Linux jako system wielozadaniowy i wielodostępny.
ADAM Active Directory w trybie aplikacyjnym
Agnieszka Lewandowska, Cezary Mazurek, Marcin Werla
SYSTEM ZARZĄDZANIA DANYMI PCSS 2003/2004 START.
Uwierzytelnianie i autoryzacja dostępu do portali
Task HEP Aplikacja – Procedura do poszukiwania obszarów niezgodności danych z oczekiwanym tłem i wyznaczania ich statystycznej znaczoności. Opiera się
– projekt CrossGrid, finansowany przez KE i KBN-MNiI
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER 1 Stan oraz koncepcje zadań realizowanych przez PCSS w ramach projektu LDAP PCSS, Lipiec 2002.
Wykład nr 1: Wprowadzenie. Pojęcia podstawowe
NewMAN w środowisku sieci BYDMAN
Sieci komputerowe: Firewall
PLANET ADE-3410, ADE-3400v2, ADE-4400v2 Modem Router A DSL 2/2+
PLANET WLS-1280 Bezprzewodowy przełącznik sieci LAN
Czym jest ISA 2004 Microsoft Internet Security and Acceleration Server 2004 jest zaawansowaną zapora filtrującą ruch w warstwie aplikacji. Razem z zaporą.
Longhorn - Usługi terminalowe
Internetowy System Udostępniania Obrazów i Produktów Fotogrametrycznych PROPOZYCJA PROJEKTU STUDENCKIEGO W KATEDRZE SYSTEMÓW GEOINFORMATYCZNYCH WYDZIAŁU.
Artur Szmigiel Paweł Zarębski Kl. III i
SIECI KOMPUTEROWE PIOTR MAJCHER PODSTAWOWE POJĘCIA.
Heterogeniczne procesory wielordzeniowe w urządzeniach audio
WebSphere Everyplace Micro Environment IBM Workplace Client Technology, Micro Edition Monika Nawrot, Tomasz Jadczyk, Tomasz Sadura KI, EAIiE, AGH.
System Użytkowników Wirtualnych
WP 2.1 Zdalny dostęp do bibliotek naukowych Realizujący : PCSS i TASK Osoby kontaktowe: Maciej Brzeźniak Rafał Tylman
? Rosnące potrzeby użytkowników Rozmiar problemu Czas Komputer domowy
PROJEKT SIECI KOMPUTEROWYCH
Zadanie: Integracja oprogramowania w gminach i starostwie
… iSCSI … Windows Server 2012 Łukasz Dylewski.
Budowa sieci mgr inż. Łukasz Dylewski
Wirtualna baza SQL zgodna z SQL Server SQL as a Service
Opracował : Przemysław Drzymała
Jaka jest wydajność najszybszego superkomputera na świecie? Gflopów procesorów Intel EM64T Xeon X56xx 2930 MHz (11.72 GFlops) GB.
Budowa systemu komputerowego
BUDOWA I DZIAŁANIE SIECI KOMPUTEROWYCH
Temat 1: Podstawowe pojęcia dotyczące lokalnej sieci komputerowej
Solphy Polska Prezentacja Produktu Solphy Home Storage.
Temat 4: Rodzaje, budowa i funkcje urządzeń sieciowych.
Rozdział 1: Wprowadzenie do systemu Windows 2000 i podstaw sieci
Zaprojektowanie i wykonanie prototypowego systemu obiegu dokumentów (workflow) dla Dziekanatu Wydziału z wykorzystaniem narzędzi open-source i cloud computing.
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER Systemy zarządzania w środowisku rozproszonym Mirosław Kupczyk
Bazy danych, sieci i systemy komputerowe
Sieci komputerowe.
Halina Tarasiuk Politechnika Warszawska, Instytut Telekomunikacji
Zadanie 3.4 Sieci edukacyjne i społecznościowe - Aplikacje
Sieci komputerowe.
Toruń 28/ Finansowanie w ramach aktywności 2.3 (Budowa infrastruktury dla nauki) – Konkurs 2.3/1/2013/POIG Okres realizacji: –
PIONIER — zaproszenie do współpracy Małgorzata Kozłowska Podsekretarz Stanu w Komitecie Badań Naukowych
PODSTAWY SIECI KOMPUTEROWYCH - MODEL ISO/OSI. Modele warstwowe a sieci komputerowe Modele sieciowe to schematy funkcjonowania, które ułatwią zrozumienie.
Sposoby zdalnego sterowania pulpitem
POZNAŃ SUPERCOMPUTING AND NETWORKING CENTER 1 Zastosowanie LDAP w usługach WWW i Portali PCSS, 2002.
Krajowy Klaster Linuxowy CLUSTERIX jako platforma gridowa do obliczeń wielkiej skali Roman Wyrzykowski Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej Politechnika.
WSPM - Wirtualny System Plików Multimedialnych Igor BOKUN, Stanisław STRELNIK, Krzysztof ZIELIŃSKI Katedra Informatyki Akademia Górniczo-Hutnicza.
Sprawozdanie Projekt celowy „Wdrożenie protokołu LDAP w akademicko-naukowych sieciach komputerowych” Jerzy Żenkiewicz Uczelniane Centrum Informatyczne.
Wdrożenie Foglight w Urzędzie Dozoru Technicznego
Moduł e-Kontroli Grzegorz Dziurla.
Podział sieci komputerowych
WYŻSZA SZKOŁA INFORMATYKI I ZARZĄDZANIA z siedzibą w Rzeszowie WYDZIAŁ INFORMATYKI STOSOWANEJ VPN TYPU KLIENT-SERWER, KONFIGURACJA NA MICROSOFT ISA 2006.
WYŻSZA SZKOŁA INFORMATYKI I ZARZĄDZANIA z siedzibą w Rzeszowie WYDZIAŁ INFORMATYKI STOSOWANEJ VPN TYPU KLIENT-SERWER, KONFIGURACJA NA MICROSOFT ISA 2006.
Infrastruktura PLGrid – wspieramy polskich naukowców
Zintegrowany monitoring infrastruktury IT w Budimex
Komisja Torowa IGKM „Techniczne i środowiskowe aspekty rozwoju tramwaju i metra w Warszawie” System monitorowania zwrotnic tramwajowych sterowanych automatycznie.
Warszawa 27 Luty 2014 Analiza implementacyjna usługi VoIP dla zastosowań korporacyjnych Wykonał: Michał Boczek Promotor: dr inż. Dariusz Chaładyniak.
Podstawy sieci komputerowych
Zapis prezentacji:

Krajowy Klaster Linuxowy CLUSTERIX jako platforma gridowa do obliczeń wielkiej skali Roman Wyrzykowski Instytut Informatyki Teoretycznej i Stosowanej Politechnika Częstochowska

Plan Geneza, status, główne założenia projektu i architektura Instalacja pilotowa Oprogramowanie zarządzające (middleware) - technologie i architektura - integracja klastrów dynamicznych - system zarządzania zasobami i zadaniami - zarządzanie kontami użytkowników - intefejs dostępowy – portale gridowe Aplikacje pilotowe Uruchamianie aplikacji numerycznych na przykładzie systemu NuscaS Podsumowanie

Klastry komputerów PC-Linux Klastry komputerów PC stanowią obecnie dominujący typ systemów równoległych, przede wszystkim ze względu na ich niższy koszt niż tradycyjne superkomputery Kluczowa rola oprogramowania Open Source, takiego jak system operacyjny LINUX Klastry komputerów PC w Polsce - pierwszy w TASK - październik 2000 r. drugi w Politechnice Częstochowskiej - styczeń 2001 r. od 2003 roku dynamiczny rozwój na terenie całej Polski Różnorodne architektury procesorów - Intel, AMD, 32- i 64-bitowe

Klaster ACCORD w PCz

ACCORD: Architektura

Narzędzia do zarządzania i monitorowania klastra Web Condor Interface Kompletny system do zarządzania i monitorowania klastra zintegrowany z www

POLSKIE PROJEKTY SIECIOWE – PIONIER (1Q05) SIECI NOWEJ GENERACJI POLSKIE PROJEKTY SIECIOWE – PIONIER (1Q05) Podobne rozwiązanie USA: National Lambda Rail

SIECI NOWEJ GENERACJI - PORÓWNANIE National Lambda Rail PIONIER Docelowo 16 000 mil światłowodu Transport: Cisco 15808 (max. 40 kanałów @ 10Gbit/s) 4 lambdy (10G Ethernet LAN PHY): sieć przełączanego Ethernetu 10Gbit/s (usługi typu LAN i połączenia na poziomie 1Gbit/s) krajowa sieć IP połączenie dla projektów badawczych (projekty obliczeniowe, teleprezencja itp.), Internet2 – eksperymentalna dla badań nad nowymi usługami sieciowymi 3000 km (docelowo 6000 km) ADVA (max 32 kanały @ 10 Gb/s) 1 lambda (10GEth LAN PHY ) TAK kanały wirtualne, 2 lambdy – 3Q06

Status projektu CLUSTERIX Projekt celowy MNiI „CLUSTERIX - Krajowy Klaster Linuxowy (National Cluster of Linux Systems)” Uczestniczy 12 jednostek z całej Polski (MAN-y i KDM-y) Politechnika Częstochowska jako koordynator Faza badawczo-rozwojowa: 01.01.2004 - 30.09.2005 Faza wdrożeniowa: 01.10.2005 – 30.06.2006 Ogólny koszt – 5 340 000 zł, w tym dotacja MNiI - 2 500 000 zł, reszta to wkład własny uczestników projektu

Partnerzy Politechnika Częstochowska (koordynator) Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe (PCSS) Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH, Kraków Trójmiejska Akademicka Sieć Komputerowa w Gdańsku (TASK) Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe (WCSS) Politechnika Białostocka Politechnika Łódzka UMCS w Lublinie Politechnika Warszawska Politechnika Szczecińska Uniwersytet Opolski Uniwersytet w Zielonej Górze

Założenia projektu Głównym celem realizacji projektu jest opracowanie narzędzi oraz mechanizmów umożliwiających wdrożenie produkcyjnego środowiska gridowego, W konfiguracji bazowej udostępnia ono infrastrukturę lokalnych klastrów PC-Linux o architekturze 64-bitowej, połączonych szybką siecią kręgosłupową zapewnianą przez sieci PIONIER Do infrastruktury bazowej podłączone zostaną zarówno istniejące, jak i nowe klastry, o zróżnicowanej architekturze 32- i 64-bitowej W wyniku powstanie rozproszony klaster PC nowej generacji o dynamicznie zmieniającej się wielkości, w pełni operacyjny i zintegrowany z istniejącymi usługami, udostępnionymi przez inne projekty powstałe w ramach programu PIONIER

Realizowane zadania · Utworzenie środowiska produkcyjnego Dostarczenie narzędzi i mechanizmów pozwalających na dynamiczną i automatyczną rekonfigurację infrastruktury Umożliwi dołączanie kolejnych klastrów lokalnych 32- lub 64-bitowych Instalacja pilotowa stanowi bazową infrastrukturę szkieletową połączoną siecią PIONIER Rozwój oprogramowania narzędziowego Zarządzanie danymi System rozdziału zasobów z predykcją, monitorowanie Zarządzanie kontami użytkowników i organizacjami wirtualnymi Bezpieczeństwo Zarządzanie zasobami sieciowymi, IPv6 Interfejs użytkownika oraz administratora Dynamiczne równoważenie obciążenia, mechanizm punktów kontrolnych Rozwój aplikacji gridowych Modelowanie zjawisk termomechanicznych w krzepnących odlewach Symulacja przepływów transonicznych wokół skrzydła samolotu Symulacje wielkiej skali przepływu krwi w mikrokapilarach metodą cząstek Modelowanie molekularne Dynamiczna wizualizacja terenu 3D z danych przestrzennych ·       

CLUSTERIX: Architektura

Instalacja pilotowa (1) 12 klastrów lokalnych stanowi szkielet systemu Klastry lokalne budowane w oparciu o 64-bitowe procesory Intel Itanium2 1,4 GHz wyposażone w pamięci podręczne o wielkości 3 MB 2 lub 4 GB pamięci operacyjnej RAM na procesor Komunikacja wewnątrz klastrów lokalnych oparta o Gigabit Ethernet i InfiniBand (lub Myrinet) Komunikacja pomiędzy klastrami lokalnymi odbywa się za pomocą dedykowanych kanałów 1 Gb/s udostępnianych przez sieć PIONIER

Instalacja pilotowa (2) 252 x IA-64 w szkielecie 800 x IA-64 w konfiguracji testowej - 4,5 TFLOPS 3000+ km włókien optycznych o przepustowości 10Gbps (technologia DWDM) w pełni wdrożone protokoły IPv4 oraz IPv6 Gdańsk Szczecin Białystok Poznań Warszawa Zielona Góra Łódź Lublin Wrocław Częstochowa Opole Kraków

CLUSTERIX: Architektura sieci Local Cluster Switch Clusterix Storage Element PIONIER Core Switch Bezpieczny dostęp do sieci zapewniają routery ze zintegrowaną funkcjonalnością firewalla Użycie dwóch VLAN-ów umożliwia separację zasobów obliczeniowych od szkieletu sieci Wykorzystanie dwóch sieci z dedykowaną przepustowością 1 Gbps pozwala poprawić efektywność zarządzania ruchem w klastrach lokalnych Access Node 1 Gbps Backbone Traffic Computing Nodes Internet Network Communication & NFS VLANs Internet Network Access Router Firewall

Oprogramowanie zarządzające systemem CLUSTERIX - technologie Tworzone oprogramowanie bazuje na Globus Toolkit 2.4 oraz WEB serwisach - możliwość powtórnego wykorzystania tworzonego oprogramowania - zapewnia interoperacyjność z innymi systemami gridowymi na poziomie serwisów Technologia Open Source, w tym LINUX (Debian, jadro 2.6.x) oraz systemy kolejkowe (Open PBS, SGE) - oprogramowanie Open Source jest bardziej podatne na integrację zarówno z istniejącymi, jak i z nowymi produktami - dostęp do kodu źródłowego projektu ułatwia dokonywania zmian i ich publikację - większa niezawodność i bezpieczeństwo Szerokie wykorzystanie istniejących modułów programowych, np. brokera zadań z projektu GridLab, po dokonaniu niezbędnych adaptacji i rozszerzeń

Integracja klastrów dynamicznych: Założenia Klastry dynamiczne (zewnętrzne) mogą być w prosty sposób (automatycznie) dołączane do szkieletu systemu CLUSTERIX aby: zwiększyć dostępną moc obliczeniową wykorzystać zasoby klastrów zewnętrznych w momentach, gdy są one nieobciążone (noce, weekendy …) zapewnić skalowalność infrastruktury systemu

Integracja klastrów dynamicznych: Architektura PIONIER Backbone Switch Local Switch Nowe klastry weryfikowane pod względem: zainstalowanego oprogramowania certyfikatów SSL Komunikacja za pośrednictwem routera/firewalla System Monitorujący automatycznie wykrywa nowe zasoby Nowe klastry udostępniają moc obliczeniową dla użytkowników Internet Clusterix Core Router Firewall Dynamic Resources

Dołączenie klastra dynamicznego Nodes Firewall/ router Access node Backbone network Switch Local switch Access node Istotny – publiczny węzeł dostępowy Struktura wewnętrzna klastra dynamicznego – nieistotna z punktu widzenia procesu dołączania Nodes DYNAMIC CLUSTER Internet Klaster dynamiczny powinien utworzyć połączenie ze szkieletem za pośrednictwem sieci Internet Połączenie via firewall z węzłem dostep. szkieletu Monitoring system Cały proces zarządzany przez system monitorujący Clusterix-a JIMS

Podsumowanie: Instalacja szkieletowa: - 250+ procesów Itanium2 rozproszonych pomiędzy 12 klastrami lokalnymi na terenie Polski Możliwość dołączenia klastrów dynamicznych z zewnątrz (klastry na Uczelniach, w kampusach) - maksymalna instalacja zawierająca 800+ procesorów Itanium2 (4,5 Tflops) – jeszcze bez wykorzystania procedury automatycznego dołączenia

Wykonanie zadania w systemie CLUSTERIX User Interface Virtual User Account System Broker - GRMS CDMS Portal Globus SSH Session Server SSH Session Server PBS/Torque, SGE Checkpoint restart USER Grid

GRMS (1) GRMS (Grid Resource Management System) jest systemem zarządzania zasobami i zadaniami w projekcie CLUSTERIX Został stworzony w ramach projektu GridLab Głównym zadaniem systemu GRMS jest zarządzanie całym procesem zdalnego zlecania zadań obliczeniowych do różnych systemów kolejkowych obsługujących klastry lokalne GRMS został zaprojektowany jako zbiór niezależnych komponentów zajmujących się różnymi aspektami procesu zarządzania zasobami, wykorzystujących serwisy niskiego poziomu

GRMS (2) GRMS bazuje na serwisach dostępnych w pakiecie Globus (GRAM, GridFTP) oraz w systemie zarządzania danymi CDMS i systemie monitorującym JIMS GRMS udostępnia interfejs w formie web-serwisu (GSI- enabled), przez który mogą się do niego odwoływać wszyscy klienci (portale, klienci linii komend lub aplikacje) Wszystkie wymagania użytkowników są specyfikowane przy pomocy specjalnych dokumentów XML, nazywanych opisami zadań GJD (GRMS Job Description), przy czym są one wysyłane do GRMS’a jako komunikaty SOAP poprzez połączenia GSI

Funkcjonalność systemu GRMS Z punktu widzenia końcowego użytkownika funkcjonalność systemu GRMS można podzielić na: zlecanie zadań użytkownika i ich kontrolowanie listowanie zadań użytkownika z uwzględnieniem zadanych kryteriów zarządzanie zadaniami – migracja, zatrzymywanie, wznowienie, usuniecie pobieranie informacji o zadaniach znajdowanie zasobów spełniających wymagania użytkownika zarządzanie powiadamianiem (notyfikacja)

<grmsjob appid="psolidify"> <simplejob> <resource> <localrmname>pbs</localrmname> <hostname>access.pcss.clusterix.pl</hostname> </resource> <executable type="mpi" count="6"> <file name="exec" type="in"> <url>file:////home/users/olas/opt/bin/psolidify</url> </file> <arguments> <value>/home/users/olas/calc/solid/large/40000/40000</value> </arguments> <stdout> <url>gsiftp://access.pcz.clusterix.pl/~/tmp/zad/out</url> </stdout> <stderr> <url>gsiftp://access.pcz.clusterix.pl/~/tmp/zad/err</url> </stderr> </executable> </simplejob> </grmsjob >

Zarządzanie kontami użytkowników w Gridach Klaster lokalny  Grid !!! Główne (z naszej perspektywy) problemy to: Problemy z zarządzaniem kontami użytkowników Kwestia rozliczenia wykorzystanych zasobów Niekompatybilność systemów kolejkowych Problemy z transferem plików Integracja użytkowników z systemem w sposób przezroczysty i wygodny jest niezbędna w celu osiągnięcia maksymalnych korzyści. Totally different issues come up while connecting remote, independent domains (sites) Even a simple approach generates many problems mentioned below. The two mentioned: ... We tried to figure out.

System Wirtualnych Użytkowników (VUS) Dotychczas użytkownik musiał posiadać oddzielne konto fizyczne na każdej maszynie john jsmith smith acc01 foo js System zarządzania zasobami + System Wirtualnych Użytkowników What we see is the lack of distributed operating system, what will not appear, unfortunately in the near future.

VUS dla Gridu Globus PBS

VUS dla Gridu Zbiór ogólnodostępnych kont, które mogą być przyporządkowane kolejnym zadaniom Możliwość zgłaszania zadań do innych maszyn i klastrów lokalnych Automatyczny transfer plików Uproszczona administracja kontami użytkowników Pełna informacja rozliczeniowa o wykorzystaniu kont

Architektura systemu W systemie Globus istnieje mechanizm odwzorowania kont lokalnych do kont w systemie Globus, jednakże zadaniem administratora jest założenie kont lokalnych i wprowadzenie odwzorowania. Żeby umożliwić inny sposób autoryzacji należy wymienić moduł gatekeeper, który jest odpowiedzialny za autoryzację i przydział lokalnego konta. W naszym systemie gatekeeper zostanie zastąpiony modułem GAM (Globus Authorization Module). Proces rozliczania wykorzystania zasobów powinien być rozszerzony w stosunku do standardowego systemowego accountingu. Należy zapewnić odwzorowanie z nazw kont lokalnych na nazwę rzeczywistego użytkownika. Należy też dopuścić możliwość zapisywania informacji rozliczeniowych nieuwzględnionych w standardowym systemie accountingu. Informacje rozliczeniowe powinny być przesyłane do odpowiednich serwerów organizacji wirtualnych. Zbieraniem i przetwarzaniem informacji rozliczeniowych będzie zajmował się moduł GAS (Grid Accounting Service) Każda organizacja wirtualna musi utrzymywać swój serwer, który będzie przechowywał listę użytkowników wraz z ich prawami, oraz informacje rozliczeniowe dotyczące użytkowników tej organizacji. Zarządzaniem danymi wirtualnych organizacji będzie zajmował się moduł VOIS (Virtual Organization Information System). Zasoby (superkomputery, klastry, inne urządzenia fizyczne) mogą być pogrupowane w logiczną grupę odpowiadającą np. działowi firmy, jednostce naukowej, czy miastu. Każda taka logiczna grupa może utrzymywać własny serwer, który będzie zajmował się zbieraniem i przetwarzaniem informacji rozliczeniowych dotyczących wszystkich jej systemów. Odpowiedzialny za to będzie moduł SAIS (Site Account Information System)

Autoryzacja - przykład Clusterix TUC Cyfronet PSNC scientists operators programmers staff Lab_users Clusterix TUC Cyfronet PSNC Scientists operators programmers staff Lab_users VO hierarchy VO admins security policy Account groups Node admin security policy Grid Node guests common power login:

VUS: Podsumowanie Pozwala stworzyć produkcyjne środowisko gridowe Łączy lokalne i globalne polityki zarządzania kontami Redukuje narzuty na administrację Udostępnia pełną informację na temat wykorzystania zasobów Wspiera różnorodne scenariusze dostępu do Gridu – dla użytkownika końcowego, właściciela zasobów, managera organizacji

Wykonanie zadania w systemie CLUSTERIX User Interface Virtual User Account System Broker - GRMS CDMS Portal Globus SSH Session Server SSH Session Server PBS/Torque, SGE Checkpoint restart USER Grid

Bazowy scenariusz wykonywania zadań w systemie CLUSTERIX Użytkownik zleca zadanie do systemu GRMS za pośrednictwem np. portalu, przekazując opis zadania GJD GRMS wybiera optymalny zasób do uruchomienia zadania, zgodnie z opisem zadania (hardware/software) VUS odpowiada za mapowanie uprawnień użytkownika (user credentials) na konta fizyczne w klastrach lokalnych Transfer danych wejściowych i plików wykonywalnych (staging): a) dane wejściowe opisywane przy pomocy logicznego lub fizycznego pobierane są z systemu CDMS ( CLUSTERIX Data Management System) b) pliki wykonywalne, w tym również skrypty (GRMS + CDMS) Wykonanie zadania Po zakończeniu zadania wyniki przekazywane są do CDMS; wykorzystywane konta fizyczne są „czyszczone” przez VUS

Interfejs dostępowy: Portale gridowe Wymagania w stosunku do interfejsu dostępowego : - możliwość łatwego dostosowania do potrzeb użytkowników - wydajność - bezpieczeństwo Opracowano SSH Session Framework z następującymi właściwościami: - oparcie interfejsu GUI o interfejs „command-line” - wykorzystanie portletów GridSphere oraz parserów zdefiniowanych w języku XML - architektura rozproszona - łatwa adaptacja istniejących aplikacji do wykonywania w Gridzie - instalacja przezroczysta dla systemu gridowego (run-time) - niezawodność - wsparcie dla VRML, X3D, SVG, formatów graficznych (jpeg, png)

Aplikacje pilotowe Ponad 20 aplikacji użytkownika końcowego Wśród zaproponowanych aplikacji można wyróżnić następujące typy zadań: zadania jednoprocesowe sekwencja zadań jednoprocesowych zadania równoległe uruchamiane na jednym klastrze lokalnym sekwencja zadań równoległych uruchamianych na jednym klastrze lokalnym meta-aplikacje rozproszone uruchamiane na więcej niż jednym klastrze lokalnym - MPICH-G2

W.Dzwinel, K.Boryczko AGH, Institute of Computer Science Symulacje wielkiej skali przepływów krwi w mikrokapilarach (dyskretne modele cząstkowe) W.Dzwinel, K.Boryczko AGH, Institute of Computer Science

(5x106 cząstek, 16 procesorów) Powstawanie skrzepów krwi (5x106 cząstek, 16 procesorów)

Przewidywanie struktur białek Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej Department of Chemistry, University of Gdansk

Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction Selected UNRES/CSA results from 6th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction December 4-8, 2004 left - experimental structure, right - predicted structure

Symulacje przepływów w aeronautyce - autorskie oprogramowanie HADRON Prof. Jacek Rokicki Politechnika Warszawska Abstract   Within the past several years, SPM systems able to manipulate individual atoms or molecules have been developed and implemented. It is reasonable to expect this trend to continue and, most likely, accelerate. As a result, we might expect SPM systems to be able to assemble individual atoms or molecules mechanically into nano-materials and nano-devices at some point in the near future. Finally, we hope SPM will one day be able to realize atom-by-atom assembly of novel materials and devices, image the higher orders structure of nano-systems, and provide video rate imaging with atomic resolution. With this recently developed ability to measure, manipulate and organize matter on the atomic scale, a revolution seems to take place in science and technology. And unfortunately, wherever structures smaller than one micrometer are considered the term nanotechnology comes into play. But nanotechnology comprises more than just another step toward miniaturization. Even today, one tendency is clearly visible: nanotechnology makes design the most important part of any development process. Therefore, the intention of this paper is to give an overview into the procedures, techniques, problems and difficulties arising with computational nano-engineering and how CLUSTERIX project can help design process.

Symulacje wielkiej skali zagadnień 3D mechaniki płynów Projekt HiReTT (1999-2003) 36 x 106 węzłów 3060 x 106 równań nielin.

Michał Wróbel, Aleksander Herman TASK & Politechnika Gdańska Nano-Technologie Michał Wróbel, Aleksander Herman TASK & Politechnika Gdańska Abstract   Within the past several years, SPM systems able to manipulate individual atoms or molecules have been developed and implemented. It is reasonable to expect this trend to continue and, most likely, accelerate. As a result, we might expect SPM systems to be able to assemble individual atoms or molecules mechanically into nano-materials and nano-devices at some point in the near future. Finally, we hope SPM will one day be able to realize atom-by-atom assembly of novel materials and devices, image the higher orders structure of nano-systems, and provide video rate imaging with atomic resolution. With this recently developed ability to measure, manipulate and organize matter on the atomic scale, a revolution seems to take place in science and technology. And unfortunately, wherever structures smaller than one micrometer are considered the term nanotechnology comes into play. But nanotechnology comprises more than just another step toward miniaturization. Even today, one tendency is clearly visible: nanotechnology makes design the most important part of any development process. Therefore, the intention of this paper is to give an overview into the procedures, techniques, problems and difficulties arising with computational nano-engineering and how CLUSTERIX project can help design process.

XMD testing target: a planetary gear device containing 8297 atoms (C, F, H, N, O, P, S and Si) designed by K. E. Drexler and R. Merkle XMD - pakiet oprogramowania Open Source do symulacji zagadnień dynamiki molekularnej dla nano-urządzeń oraz nano-systemów

Politechnika Częstochowska Tomasz Olas olas@icis.pcz.pl Pakiet NuscaS Politechnika Częstochowska Tomasz Olas olas@icis.pcz.pl Dziedziny zastosowań: różnorodne zjawiska termomechaniczne: przepływ ciepła, krzepniecie odlewów, naprężenia, pękanie odlewów na gorąco, itd.

Modelowanie krzepnięcia odlewów Siatka MES oraz jej dekompozycja

Scenariusze wykorzystania zasobów w środowisku gridowym Grid jako zbiór zasobów: broker zadań znajduje zasób (klaster lokalny) spełniający wymagania użytkownika, który zostaje wykorzystany do uruchomienia zadania Równoległe uruchomienie w środowisku gridowym (meta-aplikacja): standardowe równoległe zadanie obliczeniowe zostaje uruchomione na geograficznie odległych zasobach aplikacja dostosowuje się do środowiska Grid, na którym zostaje uruchomiona, w celu zwiększenia efektywności obliczeń

MPICH-G2 W systemie CLUSTERIX do uruchamiania meta-aplikacji wykorzystywane jest środowisko MPICH-G2 jako gridowa implementacja standardu MPI (wersja 1.1) Opiera się ona na Globus Toolkit, który służy do autoryzacji, tworzenia procesów i ich kontroli MPICH-G2 umożliwia połączenie wielu systemów komputerowych (klastrów), potencjalnie o o różnej architekturze, w celu uruchomienia aplikacji MPI W celu zwiększenia wydajności możliwe jest wykorzystan9ie lokalnych wersji MPI dostosowanych do konkretnych architektur sieciowych (np. MPICH-GM)

CLUSTERIX jako system heterogeniczny Hierarchiczna architektura systemu CLUSTERIX Złożoność zagadnienia przystosowania aplikacji do jej efektywnego wykonania w środowisku CLUSTERIX Konstrukcja komunikatora w MPICH-G2 może być wykorzystana w celu uwzględnienia hierarchicznej architektury systemu, umożliwiając adaptację zachowania aplikacji do właściwości takiej architektury

System NuscaS – zrównoleglanie obliczeń

Równoległe rozwiązywanie układu równań (1) Zastosowano metodę sprzężonych gradientów Algorytm zaproponowany przez Meisela i Meyera z jednym punktem synchronizacji Zaimplementowano nakładanie się w czasie operacji obliczeniowych i komunikacyjnych

Równoległe rozwiązywanie układu równań (2)

Wyniki wydajnościowe (1)

Wyniki wydajnościowe (2)

Podsumowanie (1) W chwili obecnej pierwsza wersja oprogramowania zarządzającego dla systemu CLUSTERIX jest już dostępna Trwa intensywne testowanie modułów oprogramowania i ich współdziałania Demo na SC’05 Bardzo istotne dla nas: - przyciągnięcie perspektywicznych użytkowników z nowymi aplikacjami - włączenie nowych klastrów dynamicznych - działalność szkoleniowa

Podsumowanie (2) Pokazano że środowisko CLUSTERIX jest wydajną platformą do wykonywania obliczeń numerycznych Pełne wykorzystanie jego potencjału przez meta-aplikacje wymaga w większości przypadków uwzględnienia jego hierarchicznej struktury Plany na najbliższą przyszłość (NuscaS) - wersja równoległa systemu NuscaS 3D - checkpointing - wdrożenie kompleksowej aplikacji z równoległością na wielu poziomach przeznaczonej do modelowania pękania odlewów na gorąco

Hot Tearing modeling ... Manager module Microscopic application Solidification application (parallel application using MPI) Manager module Stress application (parallel application using MPI) ... Microscopic application (sequential) Microscopic application (sequential) Microscopic application (sequential) Microscopic application (sequential)

www: https://clusterix.pl Dziękuję za uwagę ! www: https://clusterix.pl Roman Wyrzykowski roman@icis.pcz.pl