Komputerowa analiza sieci genowych Agnieszka Olszewska Jacek Ławrynowicz Promotor: prof. Krzysztof Giaro
Cele pracy Poznanie metod analizy sieci Wytworzenie oprogramowania do komputerowej analizy sieci Analiza przykładowych sieci przy pomocy wytworzonego oprogramowania
Analizowane sieci 1/2 Sieci biologiczne: Sieci regulacji genowych E. coli Sieci oddziaływań białkowych H. pylori, C. elegans Sztucznie wyewoluowane sieci regulacji genowych E. Coli – RegulonDB, reszta DIP 40 populacji, 300 sieci, 7v 4 populacje 300 sieci, 9v
Analizowane sieci 2/2 Sieci społeczne Sieci technologiczne Sieci losowe: Model Erdős-Rényi Model Barabási-Albert Model małego świata Graf Kroneckera
Parametry sieci Poziomy analizy sieci: Pojedyncza sieć Populacja sieci Zbiór populacji sieci Parametry skalarne, wektorowe, statystyczne
Parametry – pojedyncza sieć Stopień wierzchołka (rozkład)
Parametry – pojedyncza sieć Współczynnik klasteryzacji Rozkład – Średnia 0,02 – GRN E. coli 0,28 – sieć BA
Parametry - pojedyncza sieć Współczynnik selektywności Sieć Współczynnik selektywności sieci rzeczywistej Średni współczynnik selektywności 100 sieci losowych o analogicznej wielkości Sieć regulacji genowych E. coli -0,33 Sieć interakcji białkowych C. elegans -0,16 -0,005 Sieć interakcji białkowych H. Pylori -0,22 -0,004 Sieć WWW STUBA 0,73 0,002 Sieć społeczna WikiVote 0,1
Parametry – zbiór populacji Średnica Ścieżka charakterystyczna
Parametry – zbiór populacji Współczynnik selektywności Współczynnik klasteryzacji
Porównywanie sieci Porównywanie parametrów sieci 0,06 -0,16 4,6 15 Współczynnik klasteryzacji Współczynnik selektywności Średnica Ścieżka charakterystyczna Sieć interakcji białkowych C. elegans 0,06 -0,16 4,6 15 Sieć interakcji białkowych H. pylori 0,08 -0,22 4,95 14
Porównywanie sieci Graflety Rozkłady stopni grafletów Wartości średnie Ocena metody Typ średniej Wartość średniej Średnia arytmetyczna 0,596 Średnia geometryczna