Znany jest on jako pisarz, tłumacz łacińskich tekstów, a także jako autor pierwszego polskiego przekładu Biblii.
Jednocześnie prowadził badania nad ortografiką polską, zakończone wydaniem opracowania pt. Ortografija polska. Stworzył jako pierwszy jednolity system ortograficzny. Dzieło składa się z trzech części i obejmuje: wstęp, spis 51 liter alfabetu, objaśnienia do alfabetu poparte przykładami użycia poszczególnych liter w wyrazach. Zasady używania języka polskiego opracowane przez Stanisława Murzynowskiego zostały z niewielkimi zmianami przejęte przez późniejszych wydawców w XVI wieku. Zmarł w Królewcu.
Stanisław Murzynowski został wybrany patronem muzeum historii najbliższej okolicy w Murzynowie. W pobliżu Mazowieckiego Obserwatorium Geograficznego w Murzynowie znajduje się głaz upamiętniający jego postać (Polski Słownik Biograficzny, 1977).