http://bio5.fizyka.amu.edu.pl/ http://www.amu.edu.pl/~zbm Kierownik: prof. dr hab. Adam Patkowski patkowsk@amu.edu.pl Web”master” dr Jacek Gapiński gapinski@amu.edu.pl
Zakład Biofizyki Molekularnej
Badanie białek przetwarzających energię światła w procesie fotosyntezy 3 prace magisterskie opieka naukowa: dr Krzysztof Gibasiewicz (krzyszgi@amu.edu.pl) mgr Wojciech Giera mgr Maria Pajzderska promotor: prof. Andrzej Dobek Zakład Biofizyki Molekularnej
Motywacja prowadzonych badań Dokładne poznanie funkcjonowania biologicznych układów przetwarzających energię światła. Uzyskana wiedza ma służyć wykorzystaniu odnawialnego źródła energii, jakim jest światło, na potrzeby człowieka.
TEMAT 1: Izolacja i charakterystyka spektroskopowa fotosystemu I z zielonego glonu Chlamydomonas reinhardtii. Jednokomórkowy glon Chlamydomonas reinhardtii. Fotosystem I - struktura krytalograficzna
TEMAT 1: Izolacja i charakterystyka spektroskopowa fotosystemu I z zielonego glonu Chlamydomonas reinhardtii. Charakter pracy : eksperymentalny, biologiczno-spektroskopowy Biologia = hodowla + izolacja (współpraca z Wydziałem Biologii UAM) Fizyka = stacjonarna i ultraszybka spektroskopia laserowa (współpraca z CBUSL i Uniwersytetem w Amsterdamie)
TEMAT 2: Badanie wpływu stanu uprotonowania aminokwasów na szybkość przeniesienia elektronu wewnątrz białka. Charakter pracy : eksperymentalno - obliczeniowy 5 ps 10 ns 200 ps
TEMAT 3: Badanie dyfuzji białek w błonach lipidowych. Charakter pracy : eksperymentalny
Metody nieliniowe w badaniach biomakromolekuł 2 prace magisterskie Optyczny efekt Kerra w roztworach NA (tRNA, DNA) Magnetooptyczne badania polisacharydów i białek promotor: prof. Andrzej Dobek Ferrytyna tRNA
Badanie cytokinin dr hab Badanie cytokinin dr hab. Genowefa Ślósarek Zakład Biofizyki Molekularnej
Cytokininy R H hormony roślinne w postaci nukleotydów wbudowane w cząsteczki tRNA związki o znaczeniu farmaceutycznym H R
Struktura krystaliczna kinetyny kinetyna
Tematy prac magisterskich Oddziaływanie cytokinin z metalami krystalizacja cytokinin z metalami, głównie Cu2+; analiza oddziaływań cytokinina – metal – spektroskopia elektronowa, spektroskopia oscylacyjna Kryształy cytokinin i innych cząsteczek krystalizacja cytokinin z innymi zasadami nukleinowymi, krystalizacja cytokinin z aminokwasami; badanie wiązań wodorowych; analiza warunków krystalizacji analiza dynamiki molekularnej metodami spektroskopii oscylacyjnej poszukiwanie przemian fazowych;
Sprawdzanie stosowalności uogólnionego prawa Einsteina-Stokesa Sprawdzanie stosowalności uogólnionego prawa Einsteina-Stokesa. Pomiary mikro- i makro-lepkości w różnych ośrodkach. Promotor: prof. dr hab. Adam Patkowski Opiekunowie: dr Jacek Gapiński, dr Ewa Banachowicz
f = 6R, Prawo Einsteina dotyczące dyfuzji swobodnej Opór ruchu = f v Podana przez Stokesa postać wzoru na współczynnik f dla kuli f = 6R, gdzie to lepkość rozpuszczalnika, a R to promień kuli. Wzór Einsteina-Stokesa: W przypadku cieczy złożonych (niejednorodnych zawiesin) lub przechłodzonych okazuje się, że wzór ten przestaje działać w świecie mikro, jeśli stosować lepkość rozpuszczalnika. Uogólnie-nie prawa E-S polega na wprowadzeniu pojęcia mikrolepkości.
<x2>(t) = 6 D t Zakład Biofizyki Molekularnej http://bio5.fizyka.amu.edu.pl Dyfuzja swobodna (Einstein) <x2>(t) = 6 D t Spektroskopia kore-lacji fluorescencji (FCS) Dynamika polimerów/ biopolimerów/koloidów w roztworach FCS mierzy czas dyfuzji sondy przez ognisko mikroskopu konfokalnego –Zalety: Oświetlona objętość: ~0.15 fl (femtolitr), Objętość próbki: >20 l (parowanie), Stężenie próbki: ~10 nM, Wysoka selektywność (sonda fluorescencyjna).
Określenie wpływu struktury ośrodka na dyfuzję
Zakład Biofizyki Molekularnej Sprawdzanie stosowalności uogólnionego prawa Einsteina-Stokesa. Pomiary mikro- i makro-lepkości w różnych ośrodkach. Oddziałujące układy koloidalne. Pomiary techniką FCS. Śledzenie cząsteczek koloidowych przy pomocy mikroskopu i kamery filmowej. Pomiar lepkości cieczy przechłodzonych w zależności od temperatury przy pomocy FCS. Pomiar lepkości cieczy przechłodzonych w zależności od ciśnienia przy pomocy FCS. W tym zakresie mamy rozwiniętą współpracę krajową (ICHF PAN prof. R.Hołyst) międzynarodową (USA, Niemcy, Francja).
http://bio5.fizyka.amu.edu.pl/ http://www.amu.edu.pl/~zbm Kierownik: prof. dr hab. Adam Patkowski patkowsk@amu.edu.pl Web”master” dr Jacek Gapiński gapinski@amu.edu.pl