Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
Typy strukturalne Typ tablicowy.
Advertisements

Algorytmy – c.d. złożoność algorytmów struktury danych
Algorytmy – c.d. struktury danych złożoność algorytmów
Grafy spełniające nierówność Γ(G) < IR(G)
ALGORYTMY GRAFOWE.
Homologia, Rozdział I „Przegląd” Homologia, Rozdział 1.
Krzysztof Skabek, Przemysław Kowalski
Algorytm Dijkstry (przykład)
Metody badań strukturalnych w biotechnologii
Instrukcje strukturalne
Przekształcenia afiniczne
Reakcje chemiczne Krystyna Sitko.
-skeletony w przestrzeniach R 2 i R 3 Mirosław Kowaluk Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytet Warszawski.
PIERWIASTKI I ZWIĄZKI CHEMICZNE
Interaktywny edytor terenu
WYKŁAD 7. Spójność i rozpięte drzewa
WYKŁAD 1. Grafy są wokół nas. Pojęcia wstępne.
WYKŁAD 4. Skojarzenia Skojarzenie w grafie G to niezależny zbiór krawędzi (rozłączne, bez wspólnych konców). Skojarzenie M w G traktujemy jak podgraf.
GRAFY PLANARNE To grafy, które można narysować na płaszczyźnie tak, by krawędzie nie przecinały się (poza swoimi końcami). Na przykład K_4, ale nie K_5.
WYKŁAD 4. Skojarzenia Skojarzenie w grafie G to niezależny zbiór krawędzi (rozłączne, bez wspólnych konców). Skojarzenie M w G traktujemy jak podgraf G.
Promotor: dr inż. Leszek Koszałka Autor: Markuszewski Kamil
Macierz incydencji Macierzą incydencji grafu skierowanego D = (V, A), gdzie V = {1, ..., n} oraz A = {a1, ..., am}, nazywamy macierz I(D) = [aij]i=1,...,n,
Algorytmy grafowe Reprezentacja w pamięci
Hipergrafy Hipergraf jest rozszerzeniem pojęcia grafu. Hipergraf różni się od grafu nieskierowanego tym, że każda hiperkrawędź może być incydentna do dowolnej.
Alkeny Hybrydyzacja sp2 Izomery geometryczne cis vs trans & E vs Z
Komputerowa analiza sieci genowych
WYKŁAD 7. Spójność i rozpięte drzewa Graf jest spójny, gdy dla każdego podziału V na dwa rozłączne podzbiory A i B istnieje krawędź z A do B. Definicja.
Matematyka.
Modele (graficznej reprezentacji) danych przestrzennych
Mieszanina a związki chemiczne
Kod Graya.
O relacjach i algorytmach
Dane do obliczeń.
Podstawy programowania
Podstawowe pojęcia i problemy związane z przetwarzaniem plików graficznych.
WZORY SUMARYCZNE I STRUKTURALNE PROSTYCH ZWIĄZKÓW CHEMICZNYCH
IV OTWARTE MISTRZOSTWA OPOLA W PROGRAMOWANIU ZESPOŁOWYM
Algorytmy i struktury danych
IZOMERIA ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH Kliknij aby przejść dalej.
Reprezentacja grafów i operacje na grafach na przykładzie algorytmu Dijkstry i algorytmu na odnajdywanie Silnych Spójnych Składowych Temat Opracowali:
Rodzaje, przechodzenie grafu
Materiał edukacyjny wytworzony w ramach projektu „Scholaris - portal wiedzy dla nauczycieli” współfinansowanego przez Unię Europejską w ramach Europejskiego.
Wybrane zagadnienia relacyjnych baz danych
Grafika komputerowa Jest to dziedzina rozwijająca się niezwykle dynamicznie, a jednocześnie wymagająca znacznej mocy obliczeniowej. Łatwo możemy to zaobserwować,
Wykonali -Max Barbucha -Max Kozłowski -Maciek Rutkowski.
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski 1 informatyka +
Algorytmy i Struktury Danych
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski 1 informatyka +
Grafika i komunikacja człowieka z komputerem
WIELORÓWNANIOWE MODELE EKONOMETRYCZNE
Algorytmy i Struktury Danych Grafy
Czy komputery zabiją genomikę?. Problemy Ogromne ilości danych do przechowywania Zbyt słabe komputery aby „łączyć” sekwencje Nieoptymalne formaty danych.
Literatura podstawowa
Grafy.
Aplikacja TraKo Zespół Zadaniowy ds. LMN w LP. 2 Powierzchnie odniesienia: geoida i elipsoida.
Zapis cyfrowy. Technika cyfrowa W technice cyfrowej sygnał przetwarzany jest z naturalnej postaci do reprezentacji numerycznej, czyli ciągu dyskretnych.
Izomeria związków organicznych
W jaki sposób mogą łączyć się atomy niemetali?
Nowy Standard Leśnej Mapy Numerycznej Rogów, 14 września 2010.
(I cz.) W jaki sposób można opisać budowę cząsteczki?
Działania na grafach Autor: Anna Targońska.
Algorytm Dijkstry Podano graf Zdefiniowano jego listę sąsiedztwa 1 2 3
Wiązanie kowalencyjne spolaryzowane
Moment dipolowy moment dipolowy wiązania, moment dipolowy cząsteczki,
Materiał edukacyjny wytworzony w ramach projektu „Scholaris - portal wiedzy dla nauczycieli” współfinansowanego przez Unię Europejską w ramach Europejskiego.
Indeksy.
Algorytmy i struktury danych
ALGORYTMY I STRUKTURY DANYCH
MNK – podejście algebraiczne
Wiązanie kowalencyjne (atomowe)
Zapis prezentacji:

Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki

Macierzowy system kodowania konstytucji cząsteczki Algebraicznym sposobem kodowania grafów molekularnych jest zapis struktury związku chemicznego w postaci macierzy Numeryczna reprezentacja grafu molekularnego w postaci macierzy zależna jest od sposobu kodowania atomów i łączących je wiązań chemicznych Rozpowszechniony jest zapis w postaci macierzy sąsiedztwa, odległości, incydencji lub wiązań Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Grafy cząsteczek chemicznych Struktura 2D cząsteczki paracetamolu Reprezentacja struktury cząsteczki paracetamolu w postaci dwuwymiarowego grafu molekularnego wraz z numeracją atomów Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz sąsiedztwa A(G) eij – element macierzy E(G) – zbiór wiązań (krawędzi grafu) Macierz sąsiedztwa A grafu molekularnego G złożonego z n atomów (wierzchołków) to symetryczna macierz kwadratowa A(G) o wymiarach n  n Wartość 1 wskazuje na wiązanie (krawędź eij) pomiędzy atomami i i j; w przypadku braku wiązania na danej pozycji występuje wartość 0 Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz sąsiedztwa dla cząsteczki paracetamolu Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz odległości D(G) dij – najkrótsza geometryczna lub topologiczna miara odległości pomiędzy atomami i i j Macierz odległości D grafu molekularnego G o n atomach to symetryczna macierz kwadratowa D(G) o wymiarach n  n Jednostką odległości geometrycznej (3D) jest Å (10-10m), zaś topologicznej najkrótsza ścieżka (liczba wiązań) pomiędzy atomami i i j Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz odległości topologicznej dla cząsteczki paracetamolu Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz wiązań B(G) bij – numeryczna reprezentacja rodzaju wiązania pomiędzy atomami i i j Macierz wiązań B(G) to symetryczna, kwadratowa tablica o wymiarach n  n Wartości bij – 1 koduje wiązanie pojedyncze, 2 podwójne itd. Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Macierz wiązań dla cząsteczki paracetamolu Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Formaty wymiany informacji strukturalnej Przetwarzanie, przechowywanie i przesyłanie danych wymaga zdefiniowania medium pośredniczącego – pliku MDL Molfile - ogólnie akceptowany format wymiany informacji strukturalnej Inne popularne formaty SDfile (ang. structure data file) (ang. protein data base) CIF (ang. crystalographic interchange format) Standardy wymiany infromacji strukturalnej

Standardy wymiany infromacji strukturalnej Wybrane formaty plików zawierających informacje strukturalne dla cząsteczki paracetamolu Standardy wymiany infromacji strukturalnej