Aplikacja umożliwiająca projektowanie sztucznych cząsteczek małych regulatorowych RNA Promotor: Prof. dr hab. inż. Jacek Błażewicz Rafał Flieger Tomasz.

Prezentacja na temat: "Aplikacja umożliwiająca projektowanie sztucznych cząsteczek małych regulatorowych RNA Promotor: Prof. dr hab. inż. Jacek Błażewicz Rafał Flieger Tomasz."— Zapis prezentacji:

1 Aplikacja umożliwiająca projektowanie sztucznych cząsteczek małych regulatorowych RNA Promotor: Prof. dr hab. inż. Jacek Błażewicz Rafał Flieger Tomasz Karowski

2 Lorem ipsum dolor sit amet consectetur adipisicing elit sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua Duis aute irure dolor Excepteur sint occaecat cupidatat sunt in culpa qui officia Agenda

3 Zarys   „Wyłączanie”  Mutageneza Minusy: Losowość miejsca modyfikacji DNA Liczne kopie niektórych genów Modyfikacje w komórkach zarodkowych Nieodwracalność zmian, niewrażliwość na zmianę warunków  „Wyciszanie” genów 

4 „Wyciszanie” genów Krótki fragment RNA Przyłączony do mRNA powstałwgo genu, stanowi przeszkodę lub kieruje do degradacji Zalety: Możliwość pracy z org. dojrzałymi Działa na wszystkie kopie Utrzymanie org. przy życiu Wyciszenie trwałe lub przejściowe wady: Precyzja

5 Krótkie RNA MicroRNA 20-25 elementowe odcinki RNA U roślin zdefinowano ponad 4500:  Rola Różnicowanie organów, morfologia liścia, tożsamość organów, własna biogeneza, … artificial MicroRNA- amiRNA

6 Zakres pracy  Opracowanie koncepcji algorytmu umożliwiającego projektowanie sztucznych cząsteczek małych regulatorowych RNA  Implementacja aplikacji wyk. algorytm  Eksperyment obliczeniowy  Przygotowanie bazy danych

7 Założenia/ograniczenia Aplikacja GUI Import dużej ilości danych Ocena jakościowa/iloś ciowa danych Edycja danych wejściowych UNAFold- zewnętrza aplikacja Czasochłonne Operacja na dużej ilości danych Prezentacja w formie tabelarycznej /graficznej Elastyczna architektura Parametryzacja działania aplikacji

8 Diagram użycia aplikacji

9 Technologie  Aplikacja desktopowa .NET 4.0  WPF  Perl, ActivePerl

10 Architektura- MVVM