Konwersatorium Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN Statystyka w medycynie.

Prezentacja na temat: "Konwersatorium Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN Statystyka w medycynie."— Zapis prezentacji:

1 Konwersatorium Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN Statystyka w medycynie

2 Plan zajęć: 1. Wprowadzenie do R – przypomnienie. 2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2. 3. Tabele liczebności, iloraz szans, test chi-kwadrat, dokładny test Fishera - zastosowanie w genetyce. 4. Statystyki parametryczne, test t, ANOVA, wartość P – zastosowanie w biologii. 5. Problem wielokrotnego testowania (metody korekcji) – zastosowanie w genomice. 6. Regresja liniowa. 7. Klasyfikatory – zastosowanie w diagnostyce. 8. Ocena jakości klasyfikatorów (ROC) – zastosowanie w epidemiologii. 9. Stratyfikacja populacji, błąd systematyczny, dobór próby. 10. Planowanie eksperymentów biomedycznych.

3 Poszukiwanie genów związanych z działaniem substancji uzależniających oraz poznanie dynamiki zmian ekspresji genomu w mózgu po ich podaniu.

4 Schemat doświadczenia Do doświadczenia wykorzystano sześć substancji: kok, met Tkankę, która stanowiło prązkowie pobrano w czterech punktach czasowych

5 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

6

7 Zestaw klatek do pomiaru aktywności motorycznej myszy

8 Czas pomiaru n=5 SEM Podanie substancji

9 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

10 Wpływ podania substancji uzależniających na zachowanie myszy 1 podanie3 podania

11 Długotrwałe efekty substancji nagradzających Uzależnienie -sensytyzacja (np. lokomotoryczna), -tolerancja (np. przeciwbólowa), -zależność fizyczna (np. opiatowa).

12 Drug Pharmacological targets Clinical Group 1Methamphetamine (MET)NET / DAT - transportersPsychostimulant 2Cocaine (COC)DAT / NET / SERT – transportersPsychostimulant 3Nicotine (NIC)n-AChR - receptorPsychostimulant 4Heroin (HER)Opioid - receptorsAnalgesic 5Morphine (MOR)Opioid – receptorsAnalgesic 6Ethanol (ETO)GABAA - receptorAnxiolytic/Analgesic Miejsca działania substancji uzależniających

13 Neurobiologiczne podstawy uzależnień Plastyczność układu nagrody

14 Molekularne podstawy neuroplastyczności Receptor dla neuroprzekaźnika Przekazywanie sygnału wewnątrz komórki Zmiany aktywności czynników transkrypcyjnych Ekspresja genów

15 Transkrypcja genów - 20-25 tyś. genów; - regulowana przez czynniki transkrypcyjne; - profil ekspresji - charakterystyczny dla typu komórki Pomiar abundancji transkryptów

16 Transkrypcja genów - 20-25 tyś. genów - regulowana przez czynniki transkrypcyjne Pomiar abundancji transkryptów

17 Profilowanie ekspresji genów przy pomocy mikromacierzy DNA

18 Saline/Vehicle Naive 60 min120 min240 min480 min Drug injection Brain tissue collection C57BL/6J ~100 Illumina BeadArrays Mouse 6 Whole Genome 1 2 3 4 STRIATUM 5 Plan eksperymentu

19 Profilowanie ekspresji genów DANE: 6 – substancji + 2 grupy kontrolne 4 - punkty czasowe (1, 2, 4 i 8h od podania substancji) 3 - powtórzenia biologiczne (połączone tkanki od 2 zwierząt 48358 – wyników pomiaru ZADANIE: Identyfikacja genów ulegających zmianą ekspresji po podaniu leków.

20 Wpływ podania substancji uzależniających na transkryptom prążkowia Zidentyfikowane transkrypty przedstawiono na tzw. Heatmapie. Wiersze to... koleumny to. Na kazdy punkt trzy. Na kazda substancje cztery punkty czasowe Względny poziom transkryptu przedstawiono kolorem. Czerwony wysoki, niebieski niski Badaliśmy jednorazowe podanie, ktore wywoluja zmiany w fizjologii neuronow