Podstawy i zastosowania bioinformatyki II Marek Kudła.

Prezentacja na temat: "Podstawy i zastosowania bioinformatyki II Marek Kudła."— Zapis prezentacji:

1 Podstawy i zastosowania bioinformatyki II Marek Kudła

2 BLAST

3 Jak działa BLAST? BAZA DANYCH podobne np. AGI AGL AGV niepodobny AGI np. FGT

4 BLAST Sekwencja białkowa Sekwencja DNA blastn blastp blastx tblastn tblastx

5

6 Pfam – Protein families Białka można grupować w rodziny na podstawie podobieństwa JEDNAK Często można wyróżnić określony motyw – domenę, czy sekwencję peptydową, która występuje u różnych, niespokrewnionych ze sobą pod innym względem białek. Taka domena często ma określoną specyficzną funkcję, np. aktywność helikazy, czy rybonukleazy

7 Baza danych Pfam zawiera informacje o takich domenach – opis funkcjonalny domeny, linki do struktur krystalograficznych oraz prawdopodobną sekwencję domeny w postaci multiple alignment lub Position Specific Score Matrix Znanych jest 7600 takich domen. 74% białek posiada przynajmniej jedną domenę w bazie Pfam.

8

9 Multiple alignment dla domen

10 Position Specific Score Matrix Pozycja 1: V 0,3 ; G 0,02 ; L 0,68 Pozycja 2: L 0,6 ; M 0,2 ; C 0,2 Pozycja 3: D 0,1 ; F 0,01 ; G 0,01 ; H 0,88 ……… Pozycja N: A 0,99 ; G 0,01

11

12 PSI-BLAST