Ocena wartości diagnostycznej testu – obliczanie czułości, swoistości, wartości predykcyjnych testu. Krzywe ROC. Anna Sepioło gr. B III OAM.

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
BADANIE KORELACJI ZMIENNYCH
Advertisements

Krzywe kalibracyjne Anna Kolczyk gr. B2.
Ocena dokładności i trafności prognoz
Joanna Sawicka Wydział Nauk Ekonomicznych, Uniwersytet Warszawski
Statystyczna kontrola jakości badań laboratoryjnych wg: W.Gernand Podstawy kontroli jakości badań laboratoryjnych.
Pochodna Pochodna  funkcji y = f(x)  określona jest jako granica stosunku przyrostu wartości funkcji y do odpowiadającego mu przyrostu zmiennej niezależnej.
Elektrostatyka w przykładach
Kinematyka punktu materialnego
materiał specjalny Kwartalnika Edukacja Biologiczna i Środowiskowa
Metoda simpleks Simpleks jest uniwersalną metodą rozwiązywania zadań programowania liniowego. Jest to metoda iteracyjnego poprawiania wstępnego rozwiązania.
Rola badań biochemicznych we wczesnym wykrywaniu nowotworów złośliwych
Badania operacyjne. Wykład 1
Aleksandra Juszkiewicz, Jacek Jancelewicz, Anna Raczkiewicz, Małgorzata Tłustochowicz, Witold Tłustochowicz Przydatność badania funkcji tarczycy i obecności.
Jak mierzyć asymetrię zjawiska?
Graficzna prezentacja danych Wykład 2 dr Małgorzata Radziukiewicz
Funkcja produkcji.
Statystyka w doświadczalnictwie
Wykład 3 Wzór Bayesa – wpływ rozkładu a priori.
Metoda simpleks opracowanie na podstawie „Metody wspomagające podejmowanie decyzji w zarządzaniu” D. Witkowska, Menadżer Łódź Simpleks jest uniwersalną.
OPORNOŚĆ HYDRAULICZNA, CHARAKTERYSTYKA PRZEPŁYWU
Metody biofizyczne w diagnostyce stanów zagrożenia płodu.
Teoria wyboru konsumenta
Średnie i miary zmienności
DIAGNOSTYKA LABORATORYJNA
Co to są rozkłady normalne?
AGH Wydział Zarządzania
analiza dynamiki zjawisk Szeregi czasowe
Hipotezy statystyczne
Konstrukcja, estymacja parametrów
Seminarium 2 Krzywe kalibracyjne – rodzaje, wyznaczanie, obliczanie wyników Równanie regresji liniowej Współczynnik korelacji.
Anna Mueck grupa A/B, OAM
Analiza współzależności cech statystycznych
Elementy Rachunku Prawdopodobieństwa i Statystyki
BADANIE STATYSTYCZNE Badanie statystyczne to proces pozyskiwania danych na temat rozkładu cechy statystycznej w populacji. Badanie może mieć charakter:
na podstawie materiału – test z użyciem komputerowo generowanych prób
KARTA RUCHOMEJ ŚREDNIEJ MA
Prognozowanie z wykorzystaniem modeli ekonometrycznych
WYNIKU POMIARU (ANALIZY)
Prezentacja dla klasy III gimnazjum
Właściwości testów diagnostycznych
Diagnostyka laboratoryjna nowotworów
FUNKCJE Opracował: Karol Kara.
MECHANIKA 2 Wykład Nr 10 MOMENT BEZWŁADNOŚCI.
Regresja wieloraka.
Magdalena Wawrzyk Ocena wartości badania USG w kwalifikacji do zabiegu operacyjnego ostrego zapalenia wyrostka robaczkowego u dzieci Kierownik Kliniki:
FUNKCJE Pojęcie funkcji
Co to jest dystrybuanta?
Dopasowanie rozkładów
Krzywe ROC Ocena trafności testu diagnostycznego
Wnioskowanie statystyczne
Metody Matematyczne w Inżynierii Chemicznej Podstawy obliczeń statystycznych.
Analiza regresji wielokrotnej c.d.
JAKOŚĆ TECHNICZNA WĘGLA
MODELOWANIE ZMIENNOŚCI CEN AKCJI
Wykład Rozwinięcie potencjału znanego rozkładu ładunków na szereg momentów multipolowych w układzie sferycznym Rozwinięcia tego można dokonać stosując.
EWD gimnazjalne Czym jest metoda edukacyjnej wartości dodanej (EWD)? Efektywność pracy szkoły, przed kilku laty, oceniano jedynie na podstawie wyników.
Weryfikacja hipotez statystycznych dr hab. Mieczysław Kowerski
Podstawowe pojęcia i terminy stosowane w statystyce
Statystyczna analiza danych w praktyce
Jak mierzyć asymetrię zjawiska? Wykład 5. Miary jednej cechy  Miary poziomu  Miary dyspersji (zmienności, zróżnicowania, rozproszenia)  Miary asymetrii.
Statystyczna analiza danych
Statystyczna analiza danych
ze statystyki opisowej
Figury płaskie Układ współrzędnych.
Halina Klimczak Katedra Geodezji i Fotogrametrii Akademia Rolnicza we Wrocławiu WYKŁAD 2 ZMIENNE GRAFICZNE SKALA CIĄGŁA I SKOKOWA.
Dipol elektryczny Układ dwóch ładunków tej samej wielkości i o przeciwnych znakach umieszczonych w pewnej odległości od siebie. Linie sił pola pochodzącego.
Matematyka przed egzaminem czyli samouczek dla każdego
Tensor naprężeń Cauchyego
Podstawowe własności funkcji
Wstęp do regresji logistycznej
Zapis prezentacji:

Ocena wartości diagnostycznej testu – obliczanie czułości, swoistości, wartości predykcyjnych testu. Krzywe ROC. Anna Sepioło gr. B III OAM

Opracowanie zakresu wartości referencyjnych Dobranie grupy kontrolnej reprezentatywnej dla danej populacji Badanie próbek referencyjnych – otrzymujemy wartości referencyjne Opracowanie statystyczne wyników Obliczanie górnej i dolnej wartości referencyjnej – wyznaczenie przedziału referencyjnego zawierającego zwykle 95% wartości referencyjnych

Zbiór wartości prawidłowych cechuje rozproszenie (dyspersja) Zbiór wartości prawidłowych cechuje rozproszenie (dyspersja). Ponieważ przy przejściu od stanu zdrowia do stanu choroby najczęściej obserwuje się stopniowe zmiany wartości prawidłowych do nieprawidłowych rozgraniczenie wartości mierzonych na właściwe dla grupy chorych i grupy zdrowych musi mieć charakter umowny. Chorzy Zdrowi

Wartość graniczna (wartość odcięcia) – kryterium rozdzielające wyniki prawidłowe od wyników uznanych za nieprawidłowe Zawsze pewna ilość osób zdrowych będzie mieć wartości mierzonego parametru poza wartością graniczną W grupie osób chorych pewna ilość badanych będzie mieć wartości mierzone poniżej wartości granicznej, a więc mieszczące się w zakresie referencyjnym

Chorzy Zdrowi TP=PD – wyniki prawdziwie dodadnie TN=PU – wyniki prawdziwie ujemne FP=FD – wyniki fałszywie dodatnie FN=FU – wyniki fałszywie ujemne Chorzy Zdrowi

Podstawowe parametry testu diagnostycznego Czułość Specyficzność Wartości predykcyjne

Czułość diagnostyczna Stosunek wyników prawdziwie dodatnich do sumy prawdziwie dodatnich i fałszywie ujemnych Określa zdolność testu do wykrywania osób chorych Odnosi się tylko do populacji osób chorych czułość

Swoistość diagnostyczna Stosunek wyników prawdziwie ujemnych do sumy prawdziwie ujemnych i fałszywie dodatnich Określa zdolność testu do wykrywania osób zdrowych (poprawnego wykluczenia choroby) Odnosi się tylko do populacji osób zdrowych swoistość

Wartość predykcyjna dodatnia PPV Stosunek wyników prawdziwie dodatnich do sumy wyników prawdziwie dodatnich i fałszywie dodatnich (wszystkich wyników dodatnich) Proporcja osób rzeczywiście chorych wśród osób z dodatnim wynikiem testu wartość predykcyjna dodatnia

Wartość predykcyjna dodatnia PPV Prawdopodobieństwo, że osobnik miał chorobę mając pozytywny wynik testu Jeśli więc badana osoba otrzymała pozytywny wynik testu, to PPV daje jej informację na ile może być pewna, że cierpi na daną chorobę

Wartość predykcyjna ujemna NPV Stosunek wyników prawdziwie ujemnych do sumy wyników prawdziwie ujemnych i fałszywie ujemnych (wszystkich wyników ujemnych) Proporcja osób zdrowych wśród osób z ujemnym wynikiem testu wartość predykcyjna ujemna

Wartość predykcyjna ujemna NPV Prawdopodobieństwo, że osobnik nie miał choroby mając negatywny wynik testu Jeśli więc badana osoba otrzymała negatywny wynik testu, to NPV daje jej informację na ile może być pewna, że nie cierpi na daną chorobę

Wiarygodność testu wiarygodność Stopień, w jakim wyniki badania odzwierciedlają rzeczywistość Odsetek pacjentów prawidłowo zakwalifikowanych jako zdrowi lub jako chorzy wiarygodność

Kryteria ustalania wartości decyzyjnej Cel badania (przesiewowe, potwierdzające) „strata społeczna” Częstość choroby w populacji

Przesunięcie punktu odcięcia w lewo ↑ czułość ↓ swoistość Kiedy zależy nam na wykryciu wszystkich osób chorych, np. badania przesiewowe (np. wykrywanie fenyloketonurii). Zdrowi Chorzy

Przesunięcie punktu odcięcia w prawo ↓ czułość ↑ swoistość Kiedy zależy nam na wykluczeniu wszystkich osób zdrowych, np. jeśli trzeba zdecydować o bardzo inwazyjnym leczeniu. Zdrowi Chorzy

Krzywe ROC Potrzebny jest „złoty środek” aby dobrze zaklasyfikować chorych i zdrowych Powinna być zbliżona liczba chorych i zdrowych Zdrowi i chorzy powinni reprezentować populację, dla której wykonuje się oznaczenia

Krzywe ROC ang. Receiver Operating Characteristic – krzywa charakterystyki operatora odbiornika Zależność pomiędzy czułością a (1-swoistością) Cel: ustalenie wartości decyzyjnej określonej przez konkretny punkt decyzyjny lub powierzchnię pod krzywą

Dla każdego z możliwych punktów odcięcia obliczamy czułość i specyficzność, a następnie zaznaczamy otrzymane wyniki na wykresie. Zaznaczamy je w układzie współrzędnych, gdzie na osi odciętych jest (1-swoistość), a na osi rzędnych czułość.

Chorzy Zdrowi

Optymalnym punktem odcięcia jest punkt krzywej ROC znajdujący się najbliżej punktu o współrzędnych (0,1). Punkt o współrzędnych (0,1) to punkt o czułości równej 1 i swoistości równej 1.

Idealny kształt krzywej ROC Chorzy Zdrowi

Najgorszy kształt krzywej ROC Chorzy Zdrowi

Pole pod krzywą (AUC) Bardzo popularnym podejściem jest wyliczanie pola pod wykresem krzywej ROC, oznaczanego jako AUC (area under curve). Jest to wskaźnik mocy diagnostycznej testu. Wartość wskaźnika AUC przyjmuje wartości z przedziału [0,1]; im większa, tym lepszy model. Większość testów używanych w diagnostyce reprezentuje moc diagnostyczną wyrażającą się wielkościami AUC pomiędzy 0,8 i 0,95. AUC

Wartość predykcyjna jest intuicyjnym wskaźnikiem wykonania testu, ale zależy od częstości występowania choroby. Częstość występowania choroby w populacji stosuje się, aby uzmysłowić, że test nie będzie taki sam po zastosowaniu w rzeczywistej sytuacji klinicznej.

Wpływ częstości choroby na wartość diagnostyczną testu Prevalence (częstość) – proporcja ludzi z chorobą w danej populacji w szczególnym momencie czasu. Incidence (nowe przypadki) – liczba nowych przypadków choroby pojawiających się w danym okresie czasu (n/1000/rok).

Odds ratio (iloraz prawdopodobieństwa) – prawdopodobieństwo obecności danej choroby podzielone przez prawdopodobieństwo jej nieobecności. Likehood ratio (iloraz wiarygodności) – prawdopodobieństwo pojawienia się danego wyniku (gdy choroba jest obecna) podzielone przez prawdopodobieństwo tego samego wyniku gdy nie ma choroby.

Dziękuję za uwagę 