Typy analiz z wykorzystaniem mikromacierzy

Slides:



Advertisements
Podobne prezentacje
Polimorfizmy genu TNF- u chorych na reumatoidalne zapalenie stawów
Advertisements

Otrzymywanie i charakteryzacja błon biomimetycznych na stałym podłożu
Biotechnologia zespół technologii, służących do wytwarzania użytecznych, żywych organizmów lub substancji pochodzących z organizmów lub ich części. Inaczej.
Identyfikacja taksonomiczna mikroorganizmów
Cykl przemian termodynamicznych
Uniwersytet Warszawski
Współczesne metody analiz genetycznych
The QBC VetAutoread.
Czułość pomiarów NMR.
GENOMIKA FUNKCJONALNA U ROŚLIN
Polimerazy RNA zależne od RNA, wirusy i wyciszanie RNA
Pomiary koncentracji radiowęgla z wykorzystaniem liczników proporcjonalnych wypełnionych CO 2.
RNA i transkrypcja u eukariontów
Doc.dr hab. Piotr Garstecki Dr Adam Samborski
Etap 9: Określenie przydatności do oceny narażenia na promieniowanie jonizujące zmian transkryptomu w komórkach krwi obwodowej Dr Kamil Brzóska Centrum.
WIRUSY.
Kwasy nukleinowe jako leki
Kwasy nukleinowe jako leki
Magdalena Maj-Żurawska
Wpływ szybkości przepływu próbki Analiza wód naturalnych
Fenotyp zwierząt: bez miary, wagi i ultrasonografu
Selekcja - nowe perspektywy
Nowe warianty selekcji z wykorzystaniem markerów genetycznych
Lupinus angustifolius
Uniwersytet Warszawski
Koncepcja Mobilnej Stacji Płukania sieci wodociągowej
METODY MODELOWANIA CZĄSTECZKOWEGO
Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN
Dr Ewa Stępień Techniki biologii molekularnej Kurs doskonalący Diagnostyka Laboratoryjna 2010.
Aula IChF PAN, W-wa, ul. Kasprzaka 44/52
Definicje Czujnik – element systemu pomiarowego dokonujący fizycznego przetworzenia mierzonej wielkości nieelektrycznej na wielkość elektryczną, Czujnik.
Podsumowanie – wykład 3 1. Technologia DNA
Przygotowanie podłoża
Podsumowanie – wykład 4 Metoda amplifikacji 3’i 5’ końców cDNA (RACE PCR) Wektory plazmidowe do klonowania – test selekscyjny białych i niebieskich kolonii.
Zdalna identyfikacja systemów operacyjnych i komputerów Nowe techniki oparte na błędach zegarów 3 kwietnia 2005 Opracował: Paweł Pokrywka Promotor: dr.
Konwersatorium Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN Statystyka w medycynie.
MINIMALIZACJA BŁĘDÓW W RECEPTURZE APTECZNEJ
Edgar OSTROWSKI, Jan KĘDZIERSKI
Podsumowanie - wykład 2 Struktura kwasów nukleinowych ( DNA i RNA)
Endogenna transkrypcja zachodzi w 1-komórkowym zarodku myszy
Organizmy zmodyfikowane genetycznie
Patrycja Chworak Grupa 4
Metody biologii molekularnej roślin
Dr h.c. prof. dr inż. Leszek A. Dobrzański
POLIMERAZY RNA Biorą udział w syntezie RNA na matrycy DNA- transkrypcji Początek i koniec transkrypcji regulują sekwencje DNA i wiążące się do nich białka.
Regulacja ekspresji genu
DRUK WYPUKŁY Prezentacja dla klas VI SP i I-III Gim.
OLIGONUKLEOTYDY ANTYSENSOWNE (ASO)
Tworzenie konstruktów ekspresyjnych siRNA. Metody wprowadzania siRNA siRNA Vector [DNA]
Treści multimedialne - kodowanie, przetwarzanie, prezentacja Odtwarzanie treści multimedialnych Andrzej Majkowski informatyka +
Katedra Inżynierii Produkcji
ZASTOSOWANIE SPEKTROSKOPII NMR W MEDYCYNIE
Metody badań molekularnych
DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA
(acquired immune deficiency syndrome)
Entropia gazu doskonałego
DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA
Markery genetyczne w hodowli zwierząt
2.22. Procesy i zasady kodowania informacji genetycznej
Biologia molekularna – dziedzina biologii zajmująca się badaniem struktury i funkcji makromolekuł, przede wszystkim białek i kwasów nukleinowych Makromolekuła.
Związek między polimorfizmem C/T genu osteopontyny i przyrostem masy ciała młodego bydła rasy polskiej holsztyńsko - fryzyjskiej Czarnik Urszula, Pareek.
Metody pomiaru temperatury Monika Krawiecka GiG I mgr, gr I Kraków,
1.22. Odczytywanie informacji genetycznej – przepis na białko
Wydział Chemiczny, Politechnika Warszawska Edyta Molga, Arleta Madej, Anna Łuczak, Sylwia Dudek Opiekun grupy: dr hab. inż. Wanda Ziemkowska Charakterystyka.
Bioinformatyczna analiza danych
Wstęp Wyniki Cel Wnioski
Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej
MIKROSKOP ŚWIETLNY.
Rafał Zakrzewski kl. II ASP
Zapis prezentacji:

Typy analiz z wykorzystaniem mikromacierzy Ekspresja genów Detekcja mutacji i polimorfizmów Genotypowanie (SNP)

Dwie platformy badań mikromacierzowych Mikromacierze oligonukleotydowe Mikromacierze cDNA

Eksperyment na dwóch platformach badan mikromacierzowych

Charakterystyka sond stosowanych do konstrukcji mikromacierzy Komplementarne do konca 3’ transkryptu Bez sekwencji palindromowych Unikatowe czesci danego transkryptu do selektywnego rozróznienia transkryptów niewiele rózniacych sie od siebie: •Geny blisko spokrewnione ze soba •Geny z jednej rodziny genowej •Warianty alternatywnego skladania mRNA

Podłoża mikromacierzy Sztywne Podatne na chemiczne modyfikacje powierzchni Roztwór sondy nie powinien wnikac w podloze ani dyfundowac w nim O niskiej fluorescencji Plastik, szklo pokryte polilizyna lub aminosilanem Podloza pokryte nitroceluloza, nylonem, zelem, filtry nylonowe Modyfikacje powierzchni podloza w celu zwiekszenia zdolnosci absorbowania sondy

Techniki nanoszenia sond na mikromacierz Techniki kontaktowe Narzedzia: igly, pincety, kapilary Objetosc nanoszona na powierzchnie od kilku do wielu nanolitrów Srednica punktu 100-250µm Techniki bezkontaktowe Ink-jet Z wysoko rozdzielcza strzykawka polaczona z mikrosolenoidowym zaworem

Nanoszenie sond na powierzchnie mikromacierzy

Synteza fotolitograficzna in situ sond oligonukleotydowych typu GeneChip Affymetrix

Błędy na różnych etapach eksperymentu Nanoszenie próbek; różna wydajność nakładania mechaniczne zużycie końcówek różne temperatury i wilgotność PCR różna wydajność Przygotowanie sond odwrotna transkrypcja i znakowanie są etapami które trudno kontrolować degradacja RNA

Błędy na różnych etapach eksperymentu Przygotowanie podłoża Skanowanie i analiza danych inna częstość znakowania przez różne barwniki fluorescencyjne wysycenie pomiaru lokalizacja próbek

Zliczanie pikseli

Różne barwniki - różne intensywności