Biologiczne bazy danych
Tablica PAM250
Tablica BLOSUM62
Podstawowe bazy sekwencji European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury. National Center for Biotechnology Information (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) -- ogólne źródło informacji dotyczącej biologii molekularnej. Wiele baz danych, np. genom człowieka.
Podstawowe bazy sekwencji, c.d. SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/) -- baza białek wraz z opisami. DNA Data Bank of Japan (http://www.ddbj.nig.ac.jp) -- analiza genomów, baza białek wraz z ich strukturą.
Jest dużo innych baz w internecie ... Clusters of Ortologous Groups of Proteins (COGs) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) -- klastry białek będących ortologami (podobne, ale z różnych gatunków). Baza kompletnych genomów (http://www. genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)
Jak wyglądają rekordy w bazach danych? Hemoglobina: w PDB (1HGA); w EBI (P01922); SWISSPROT (P01922).
Eksperyment: hemoglobina (P01922) – poszukujemy podobnych w: Wirusy; Archea; Bakterie; Eukarioty. (kilka organizmów)
Wielokrotne uliniowienia Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz. Uliniowienie kilku białek hemoglobiny. Uliniowienie globin (według bazy Pfam).
Porównanie hemoglobiny człowieka i ... Szympansa ; Goryla ; Myszy ; Szczura ; Muszki owocowej.